「統合コマンド」の版間の差分

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(CTFの補正)
(3次元再構成)
 
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====[[CTF補正|CTFの補正]]====
 
====[[CTF補正|CTFの補正]]====
 
複数の[[tiff]]ファイルに[[CTF補正]]を行う: ([[:Media:Makefile-CTFCorrection.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection1/ 全ファイル])<br>
 
複数の[[tiff]]ファイルに[[CTF補正]]を行う: ([[:Media:Makefile-CTFCorrection.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection1/ 全ファイル])<br>
*使用方法: [[CTF補正#CTFCorrection]]<br>
+
*使用方法: [[CTF補正#例1 Makefileを使ったCTF補正]]<br>
 +
入力ファイルを作成して[[CTF補正]]を行う: ([[:Media:Makefile-CTFCorrection2.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection2/ 全ファイル])<br>
 +
*使用方法1: [[CTF補正#例2 Makefileを使ったCTF補正2]]<br>
 +
*使用方法2: [[CTF補正#例3 ジーメンススターでCTFの影響を確認する]]<br>
 +
*使用方法3: [[CTF補正#例4 ノイズを含んだ画像でのCTFの影響]]<br>
 +
同一視野でデフォーカス毎のCTF補正画像を比較する:  ([[:Media:Makefile-CTFCorrection4.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection4/ 全ファイル])<br>
 +
上記のコマンドには右記のコマンドも必要です。 ([[:Media:Makefile-LoopCommand.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/TIPS/LoopCommand/ 全ファイル])
 +
*使用方法: [[CTF補正#例5 デフォーカス毎の画像の違い]]<br>
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同一視野でデフォーカスの異なる入力ファイルを2つ作成して[[CTF補正]]を行う: ([[:Media:Makefile-CTFCorrection3.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection3/ 全ファイル])<br>
 +
*使用方法1: [[CTF補正#例6 デフォーカスの異なる画像の平均化]]<br>
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*使用方法2: [[CTF補正#例7 デフォーカスの異なる画像の平均化2]]<br>
 
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ラドン変換を利用した場合: ([[:Media:Makefile-Radon.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/3DReconstructionRadon/ 全ファイル])<br>
 
ラドン変換を利用した場合: ([[:Media:Makefile-Radon.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/3DReconstructionRadon/ 全ファイル])<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例6 (ラドン変換)]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例6 (ラドン変換)]]<br>
 +
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[[PIONE]]の[[パッケージ]]によるコマンド:
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([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SampleCode/PIONE/Advanced1 PIONEパッケージ]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/base/blobs/master/Integration/SingleParticle/Makefile-fromKanae?export=raw 元Makefile])<br>
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*使用方法: [[PIONEチュートリアル#応用4(単粒子解析)]]
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*補足: [[電子顕微鏡画像]](.roi)ファイルから[[参照画像]]の2Dスタック(.stack)を利用して3次元画像を作成する。<br>
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*補足2: 相関マップ作成の際にサイズを1/8にした画像を用いることで時間短縮を可能としている。<br>
 
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2015年1月27日 (火) 05:38時点における最新版

統合コマンド一覧 

Eosが提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつPIONEでの記述も提供します。

画像補正

CTFの補正

複数のtiffファイルにCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)

入力ファイルを作成してCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)

同一視野でデフォーカス毎のCTF補正画像を比較する: (Makefileのみ) (全ファイル)
上記のコマンドには右記のコマンドも必要です。 (Makefileのみ) (全ファイル)

同一視野でデフォーカスの異なる入力ファイルを2つ作成してCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)


単粒子解析

2次元画像の分類(クラスター解析)と平均像の獲得

クラスター解析

実行例1: (Makefileのみ) (全ファイル)


リファレンスがある場合の3次元再構成

参照像の作成

PCAを使った場合: (Makefileのみ) (全ファイル)

PDBファイルを使った場合: (Makefileのみ) (全ファイル)


3次元再構成

mrc2Dto3Dを使用した場合: (Makefileのみ) (全ファイル)

ラドン変換を利用した場合: (Makefileのみ) (全ファイル)


PIONEパッケージによるコマンド: (PIONEパッケージ) (元Makefile)


3次元再構成の繰り返し処理

1軸回転: (Makefileのみ) (全ファイル)

1軸回転(角度情報偏り改善ver.): (Makefileのみ) (全ファイル)

2軸回転(角度情報偏り改善ver.): (Makefileのみ) (全ファイル)


らせん単粒子解析


電子線トモグラフィー

複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法

3次元再構成(1軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)

ファイン・アラインメント: (Makefileのみ) (全ファイル)

ファイン・アラインメント(繰り返し): (Makefileのみ) (全ファイル)

3次元再構成(2軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)

3次元再構成(ラドン変換): (Makefileのみ) (全ファイル)

セグメンテーションとサブトモグラム

1軸傾斜: (Makefileのみ) (全ファイル)

2軸傾斜: (Makefileのみ) (全ファイル)


らせん対称性解析

らせん対称性を利用した3次元再構成


2次元画像処理


3次元画像処理


分解能解析


FRET解析


モデリング