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| + | *使用方法: [[PIONEチュートリアル#応用４（単粒子解析）]] | ||
| + | *補足: [[電子顕微鏡画像]](.roi)ファイルから[[参照画像]]の2Dスタック(.stack)を利用して３次元画像を作成する。<br> | ||
| + | *補足2: 相関マップ作成の際にサイズを1/8にした画像を用いることで時間短縮を可能としている。<br> | ||
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2015年1月27日 (火) 05:38時点における最新版
目次
統合コマンド一覧
Eosが提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつPIONEでの記述も提供します。
画像補正
CTFの補正
複数のtiffファイルにCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)
入力ファイルを作成してCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法1: CTF補正#例2 Makefileを使ったCTF補正2
- 使用方法2: CTF補正#例3 ジーメンススターでCTFの影響を確認する
- 使用方法3: CTF補正#例4 ノイズを含んだ画像でのCTFの影響
同一視野でデフォーカス毎のCTF補正画像を比較する: (Makefileのみ) (全ファイル)
上記のコマンドには右記のコマンドも必要です。 (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: CTF補正#例5 デフォーカス毎の画像の違い
同一視野でデフォーカスの異なる入力ファイルを2つ作成してCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法1: CTF補正#例6 デフォーカスの異なる画像の平均化
- 使用方法2: CTF補正#例7 デフォーカスの異なる画像の平均化2
単粒子解析
２次元画像の分類（クラスター解析）と平均像の獲得
クラスター解析
実行例1: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#クラスター解析(コマンド例は段落末尾に記載)
リファレンスがある場合の３次元再構成
参照像の作成
PCAを使った場合: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合(上段)
PDBファイルを使った場合: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合(下段)
３次元再構成
mrc2Dto3Dを使用した場合: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#３次元像を再構成する
- 補足:参照付投影角度決定#演習に利用したMakefileの内容を少し変更している。
ラドン変換を利用した場合: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#実行例6 (ラドン変換)
PIONEのパッケージによるコマンド:
(PIONEパッケージ) (元Makefile)
- 使用方法: PIONEチュートリアル#応用４（単粒子解析）
- 補足: 電子顕微鏡画像(.roi)ファイルから参照画像の2Dスタック(.stack)を利用して３次元画像を作成する。
- 補足2: 相関マップ作成の際にサイズを1/8にした画像を用いることで時間短縮を可能としている。
３次元再構成の繰り返し処理
1軸回転: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#実行例1(1軸回転)
- 旧バージョン:Media:Mediafile-Reconstrucion1.zip
- 旧バージョン2:Media:Makefile-Reconstruction.zip(上記と全く同じファイル)
1軸回転(角度情報偏り改善ver.): (Makefileのみ) (全ファイル)
2軸回転(角度情報偏り改善ver.): (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#実行例3(２軸回転)
- 旧バージョン: Media:Mediafile-Reconstrucion3.zip(参照像の体積調整などに未対応)
らせん単粒子解析
電子線トモグラフィー
複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法
３次元再構成(1軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法1(前処理): 電子線トモグラフィー#前処理(窓関数)
- 使用方法2(位置合わせ): 電子線トモグラフィー#位置合わせ
- 使用方法3(３次元再構成): 電子線トモグラフィー#実行例1(1軸傾斜での再構成)
ファイン・アラインメント: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 電子線トモグラフィー#実行例1(傾斜軸の調整)
ファイン・アラインメント(繰り返し): (Makefileのみ) (全ファイル)
３次元再構成(2軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法1: 電子線トモグラフィー#実行例2(2軸傾斜での再構成)
- 使用方法2(Double): 電子線トモグラフィー#実行例3(Doubleを使用した2軸傾斜での再構成)
３次元再構成(ラドン変換): (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 電子線トモグラフィー#ラドン変換を使った３次元再構成で実行
- 旧バージョン: Media:Makefile-Tomogram3.zip(ファイルからの角度情報の読み出しに未対応)
セグメンテーションとサブトモグラム
1軸傾斜: (Makefileのみ) (全ファイル)
2軸傾斜: (Makefileのみ) (全ファイル)
らせん対称性解析
らせん対称性を利用した3次元再構成
２次元画像処理
3次元画像処理
分解能解析
FRET解析
モデリング
