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[[Eos]]が提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつ[[PIONE]]での記述も提供します。 | [[Eos]]が提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつ[[PIONE]]での記述も提供します。 | ||
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+ | 複数の[[tiff]]ファイルに[[CTF補正]]を行う: ([[:Media:Makefile-CTFCorrection.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection1/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法: [[CTF補正#例1 Makefileを使ったCTF補正]]<br> | ||
+ | 入力ファイルを作成して[[CTF補正]]を行う: ([[:Media:Makefile-CTFCorrection2.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection2/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法1: [[CTF補正#例2 Makefileを使ったCTF補正2]]<br> | ||
+ | *使用方法2: [[CTF補正#例3 ジーメンススターでCTFの影響を確認する]]<br> | ||
+ | *使用方法3: [[CTF補正#例4 ノイズを含んだ画像でのCTFの影響]]<br> | ||
+ | 同一視野でデフォーカス毎のCTF補正画像を比較する: ([[:Media:Makefile-CTFCorrection4.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection4/ 全ファイル])<br> | ||
+ | 上記のコマンドには右記のコマンドも必要です。 ([[:Media:Makefile-LoopCommand.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/TIPS/LoopCommand/ 全ファイル]) | ||
+ | *使用方法: [[CTF補正#例5 デフォーカス毎の画像の違い]]<br> | ||
+ | 同一視野でデフォーカスの異なる入力ファイルを2つ作成して[[CTF補正]]を行う: ([[:Media:Makefile-CTFCorrection3.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection3/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法1: [[CTF補正#例6 デフォーカスの異なる画像の平均化]]<br> | ||
+ | *使用方法2: [[CTF補正#例7 デフォーカスの異なる画像の平均化2]]<br> | ||
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− | + | ===[[単粒子解析]]=== | |
+ | ====[[2次元画像の分類|2次元画像の分類(クラスター解析)と平均像の獲得]]==== | ||
+ | =====[[クラスター解析]]===== | ||
+ | 実行例1: ([[:Media:Makefile-Cluster.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/2DClustering/2DClustering1/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法: [[単粒子解析#クラスター解析]](コマンド例は段落末尾に記載)<br> | ||
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− | + | ====[[3次元再構成1|リファレンスがある場合の3次元再構成]]==== | |
+ | =====参照像の作成===== | ||
+ | PCAを使った場合: ([[:Media:Makefile-Ref.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/Reference0/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法: [[単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合]](上段)<br> | ||
− | + | PDBファイルを使った場合: ([[:Media:Makefile-Ref1.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/Reference1/ 全ファイル])<br> | |
+ | *使用方法: [[単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合]](下段)<br> | ||
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− | + | =====3次元再構成===== | |
+ | [[mrc2Dto3D]]を使用した場合: ([[:Media:Mediafile-Reconstrucion.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/3DReconstruction/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法: [[単粒子解析#3次元像を再構成する]]<br> | ||
+ | *補足:[[参照付投影角度決定#演習に利用したMakefile]]の内容を少し変更している。<br> | ||
− | + | ラドン変換を利用した場合: ([[:Media:Makefile-Radon.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/3DReconstructionRadon/ 全ファイル])<br> | |
+ | *使用方法: [[単粒子解析#実行例6 (ラドン変換)]]<br> | ||
+ | <br> | ||
− | + | [[PIONE]]の[[パッケージ]]によるコマンド: | |
+ | ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SampleCode/PIONE/Advanced1 PIONEパッケージ]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/base/blobs/master/Integration/SingleParticle/Makefile-fromKanae?export=raw 元Makefile])<br> | ||
+ | *使用方法: [[PIONEチュートリアル#応用4(単粒子解析)]] | ||
+ | *補足: [[電子顕微鏡画像]](.roi)ファイルから[[参照画像]]の2Dスタック(.stack)を利用して3次元画像を作成する。<br> | ||
+ | *補足2: 相関マップ作成の際にサイズを1/8にした画像を用いることで時間短縮を可能としている。<br> | ||
+ | <br> | ||
− | + | =====3次元再構成の繰り返し処理===== | |
+ | 1軸回転: ([[:Media:Mediafile-Reconstrucion0.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/3DReconstruction0/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法: [[単粒子解析#実行例1(1軸回転)]]<br> | ||
+ | *旧バージョン:[[:Media:Mediafile-Reconstrucion1.zip]] | ||
+ | *旧バージョン2:[[:Media:Makefile-Reconstruction.zip]](上記と全く同じファイル) | ||
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+ | 1軸回転(角度情報偏り改善ver.): ([[:Media:Makefile-Reconstrucion1.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/3DReconstruction1/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法: [[単粒子解析#実行例2(相関値を正規化して角度情報を得る)]]<br> | ||
+ | |||
+ | 2軸回転(角度情報偏り改善ver.): ([[:Media:Mediafile-Reconstrucion4.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/3DReconstruction4/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法: [[単粒子解析#実行例3(2軸回転)]]<br> | ||
+ | *旧バージョン: [[:Media:Mediafile-Reconstrucion3.zip]](参照像の体積調整などに未対応) | ||
+ | <br> | ||
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+ | ====[[3次元再構成2|らせん単粒子解析]]==== | ||
+ | <br> | ||
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+ | ===[[電子線トモグラフィー]]=== | ||
+ | ====[[3次元再構成3|複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法]]==== | ||
+ | 3次元再構成(1軸傾斜): ([[:Media:Makefile-Tomogram.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography0/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法1(前処理): [[電子線トモグラフィー#前処理(窓関数)]]<br> | ||
+ | *使用方法2(位置合わせ): [[電子線トモグラフィー#位置合わせ]]<br> | ||
+ | *使用方法3(3次元再構成): [[電子線トモグラフィー#実行例1(1軸傾斜での再構成)]]<br> | ||
+ | |||
+ | ファイン・アラインメント: ([[:Media:Makefile-Tomogram1.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography1/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法: [[電子線トモグラフィー#実行例1(傾斜軸の調整)]]<br> | ||
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+ | ファイン・アラインメント(繰り返し): ([[:Media:Makefile-Tomogram2.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography2/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法: [[電子線トモグラフィー#実行例2(傾斜軸の繰り返し調整)]]<br> | ||
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+ | 3次元再構成(2軸傾斜): ([[:Media:Makefile-Tomogram6.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography6/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法1: [[電子線トモグラフィー#実行例2(2軸傾斜での再構成)]]<br> | ||
+ | *使用方法2(Double): [[電子線トモグラフィー#実行例3(Doubleを使用した2軸傾斜での再構成)]]<br> | ||
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+ | 3次元再構成(ラドン変換): ([[:Media:Makefile-Tomogram7.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography7/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法: [[電子線トモグラフィー#ラドン変換を使った3次元再構成で実行]]<br> | ||
+ | *旧バージョン: [[:Media:Makefile-Tomogram3.zip]](ファイルからの角度情報の読み出しに未対応)<br> | ||
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+ | ====セグメンテーションとサブトモグラム==== | ||
+ | 1軸傾斜: ([[:Media:Makefile-Tomogram4.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography4/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法: [[電子線トモグラフィー#実行例1(1軸傾斜のサブトモグラム)]]<br> | ||
+ | |||
+ | 2軸傾斜: ([[:Media:Makefile-Tomogram5.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography5/ 全ファイル])<br> | ||
+ | *使用方法: [[電子線トモグラフィー#実行例2(2軸傾斜のサブトモグラム)]]<br> | ||
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+ | <br> | ||
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+ | ===[[らせん対称性解析]]=== | ||
+ | ====[[3次元再構成4|らせん対称性を利用した3次元再構成]]==== | ||
+ | <br> | ||
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+ | ===[[2次元画像処理]]=== | ||
+ | <br> | ||
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+ | ===[[3次元画像処理]]=== | ||
+ | <br> | ||
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+ | ===[[分解能解析]]=== | ||
+ | <br> | ||
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+ | ===[[FRET解析]]=== | ||
+ | <br> | ||
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+ | ===[[モデリング]]=== | ||
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2015年1月27日 (火) 05:38時点における最新版
目次
統合コマンド一覧
Eosが提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつPIONEでの記述も提供します。
画像補正
CTFの補正
複数のtiffファイルにCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)
入力ファイルを作成してCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法1: CTF補正#例2 Makefileを使ったCTF補正2
- 使用方法2: CTF補正#例3 ジーメンススターでCTFの影響を確認する
- 使用方法3: CTF補正#例4 ノイズを含んだ画像でのCTFの影響
同一視野でデフォーカス毎のCTF補正画像を比較する: (Makefileのみ) (全ファイル)
上記のコマンドには右記のコマンドも必要です。 (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: CTF補正#例5 デフォーカス毎の画像の違い
同一視野でデフォーカスの異なる入力ファイルを2つ作成してCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法1: CTF補正#例6 デフォーカスの異なる画像の平均化
- 使用方法2: CTF補正#例7 デフォーカスの異なる画像の平均化2
単粒子解析
2次元画像の分類(クラスター解析)と平均像の獲得
クラスター解析
実行例1: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#クラスター解析(コマンド例は段落末尾に記載)
リファレンスがある場合の3次元再構成
参照像の作成
PCAを使った場合: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合(上段)
PDBファイルを使った場合: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合(下段)
3次元再構成
mrc2Dto3Dを使用した場合: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#3次元像を再構成する
- 補足:参照付投影角度決定#演習に利用したMakefileの内容を少し変更している。
ラドン変換を利用した場合: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#実行例6 (ラドン変換)
PIONEのパッケージによるコマンド:
(PIONEパッケージ) (元Makefile)
- 使用方法: PIONEチュートリアル#応用4(単粒子解析)
- 補足: 電子顕微鏡画像(.roi)ファイルから参照画像の2Dスタック(.stack)を利用して3次元画像を作成する。
- 補足2: 相関マップ作成の際にサイズを1/8にした画像を用いることで時間短縮を可能としている。
3次元再構成の繰り返し処理
1軸回転: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#実行例1(1軸回転)
- 旧バージョン:Media:Mediafile-Reconstrucion1.zip
- 旧バージョン2:Media:Makefile-Reconstruction.zip(上記と全く同じファイル)
1軸回転(角度情報偏り改善ver.): (Makefileのみ) (全ファイル)
2軸回転(角度情報偏り改善ver.): (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 単粒子解析#実行例3(2軸回転)
- 旧バージョン: Media:Mediafile-Reconstrucion3.zip(参照像の体積調整などに未対応)
らせん単粒子解析
電子線トモグラフィー
複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法
3次元再構成(1軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法1(前処理): 電子線トモグラフィー#前処理(窓関数)
- 使用方法2(位置合わせ): 電子線トモグラフィー#位置合わせ
- 使用方法3(3次元再構成): 電子線トモグラフィー#実行例1(1軸傾斜での再構成)
ファイン・アラインメント: (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 電子線トモグラフィー#実行例1(傾斜軸の調整)
ファイン・アラインメント(繰り返し): (Makefileのみ) (全ファイル)
3次元再構成(2軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法1: 電子線トモグラフィー#実行例2(2軸傾斜での再構成)
- 使用方法2(Double): 電子線トモグラフィー#実行例3(Doubleを使用した2軸傾斜での再構成)
3次元再構成(ラドン変換): (Makefileのみ) (全ファイル)
- 使用方法: 電子線トモグラフィー#ラドン変換を使った3次元再構成で実行
- 旧バージョン: Media:Makefile-Tomogram3.zip(ファイルからの角度情報の読み出しに未対応)
セグメンテーションとサブトモグラム
1軸傾斜: (Makefileのみ) (全ファイル)
2軸傾斜: (Makefileのみ) (全ファイル)
らせん対称性解析
らせん対称性を利用した3次元再構成
2次元画像処理
3次元画像処理
分解能解析
FRET解析
モデリング