統合コマンド

提供: Eospedia
2015年1月27日 (火) 03:00時点におけるKinoshita (トーク | 投稿記録)による版

移動: 案内検索

統合コマンド一覧 

Eosが提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつPIONEでの記述も提供します。

画像補正

CTFの補正

複数のtiffファイルにCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)

入力ファイルを作成してCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)

同一視野でデフォーカス毎のCTF補正画像を比較する: (Makefileのみ) (全ファイル)
上記のコマンドには右記のコマンドも必要です。 (Makefileのみ) (全ファイル)

同一視野でデフォーカスの異なる入力ファイルを2つ作成してCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)


単粒子解析

2次元画像の分類(クラスター解析)と平均像の獲得

クラスター解析

実行例1: (Makefileのみ) (全ファイル)


リファレンスがある場合の3次元再構成

参照像の作成

PCAを使った場合: (Makefileのみ) (全ファイル)

PDBファイルを使った場合: (Makefileのみ) (全ファイル)


3次元再構成

mrc2Dto3Dを使用した場合: (Makefileのみ) (全ファイル)

ラドン変換を利用した場合: (Makefileのみ) (全ファイル)


PIONEパッケージによるコマンド: (PIONEパッケージ) (元Makefile)
電子顕微鏡画像(.roi)ファイルから参照画像の2Dスタック(.stack)を利用して、3種類(3d: 1/8, 3dwhole: 1/1, 3d4s: 1/4)の3次元画像を作成する。

3次元再構成の繰り返し処理

1軸回転: (Makefileのみ) (全ファイル)

1軸回転(角度情報偏り改善ver.): (Makefileのみ) (全ファイル)

2軸回転(角度情報偏り改善ver.): (Makefileのみ) (全ファイル)


らせん単粒子解析


電子線トモグラフィー

複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法

3次元再構成(1軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)

ファイン・アラインメント: (Makefileのみ) (全ファイル)

ファイン・アラインメント(繰り返し): (Makefileのみ) (全ファイル)

3次元再構成(2軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)

3次元再構成(ラドン変換): (Makefileのみ) (全ファイル)

セグメンテーションとサブトモグラム

1軸傾斜: (Makefileのみ) (全ファイル)

2軸傾斜: (Makefileのみ) (全ファイル)


らせん対称性解析

らせん対称性を利用した3次元再構成


2次元画像処理


3次元画像処理


分解能解析


FRET解析


モデリング