|
|
行518: |
行518: |
| </tr> | | </tr> |
| </table> | | </table> |
− | <br>
| |
− |
| |
− | ====逆投影の方法による3次元像の違い====
| |
− | <div> 同じ2次元画像を入力データとして、3次元像の違いを見ていきます。</div>
| |
− | <br>
| |
− |
| |
− | =====1軸回転=====
| |
− | ======入力ファイル======
| |
− | [[Media:Input-BP-3.zip|こちらのファイル]](makefile込み)を入力ファイルとします。
| |
− | <br>
| |
− |
| |
− | ======mrc2Dto3D======
| |
− | <div>[[mrc2Dto3D]]はオプション-m, -SIRTなどで3次元再構成の方法を設定できます。</div>
| |
− | <div>makefileでの設定項目</div>
| |
− | <pre>
| |
− | IN_3D_TIFF_EXT=3d : 3次元画像をtiffにする
| |
− | PRJ_MODE=0 : -mの値
| |
− | </pre>
| |
− | <div>makefileでのコマンド</div>
| |
− | <pre>
| |
− | make 3D
| |
− | make 3DTiff
| |
− | </pre>
| |
− | <table border="1">
| |
− | <tr>
| |
− | <th>方法</th>
| |
− | <th>対応オプション</th>
| |
− | <th>xy平面</th>
| |
− | <th>yz平面</th>
| |
− | <th>zx平面</th>
| |
− | <th>全体</th>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影</td>
| |
− | <td>-m 0</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-0-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-0-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-0-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-0.gif]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>フィルタ逆投影</td>
| |
− | <td>-m 1</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-1-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-1-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-1-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-1.gif]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | </table>
| |
− | <br>
| |
− |
| |
− | <div>SIRTを用いると3次元画像が鮮明になりますが、yz平面はブレたままです。</div>
| |
− | <div>makefileでの設定項目</div>
| |
− | <pre>
| |
− | #SIRT=-SIRT -max 30 -rms 0.0 : -maxで繰り返し回数、-SIRT無しのときはコメントアウト
| |
− | </pre>
| |
− | <table border="1">
| |
− | <tr>
| |
− | <th>逆投影法 / 繰り返し回数</th>
| |
− | <td>なし</td>
| |
− | <td>3</td>
| |
− | <td>5</td>
| |
− | <td>10</td>
| |
− | <td>30</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影(xy平面)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-0-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-2-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-4-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-6-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-8-0.png]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影(yz平面)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-0-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-2-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-4-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-6-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-8-1.png]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影(zx平面)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-0-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-2-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-4-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-6-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-8-2.png]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影(全体)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-0.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-2.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-4.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-6.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-8.gif]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>フィルタ逆投影(xy平面)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-1-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-3-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-5-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-7-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-9-0.png]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>フィルタ逆投影(yz平面)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-1-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-3-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-5-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-7-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-9-1.png]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>フィルタ逆投影(zx平面)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-1-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-3-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-5-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-7-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-9-2.png]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>フィルタ逆投影(全体)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-1.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-3.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-5.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-7.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TBP-9.gif]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | </table>
| |
− | <br>
| |
− |
| |
− | ======逆ラドン変換======
| |
− | <div>[[mrcImageInverseRadonTransform]]は-mなどで逆投影方法を設定できます。</div>
| |
− | <div>makefileでの設定項目</div>
| |
− | <pre>
| |
− | IN_3D_TIFF_EXT=3dr : 3次元画像をtiffにする
| |
− | RBP_MODE=1 : -mの値
| |
− | #R_MAX=-Rmax 0.1 : ハイパスフィルタ閾値
| |
− | #R_MIN=-Rmin 0.05 : ローパスフィルタ閾値
| |
− | #THRES=-T 10 : m=5のみ使用
| |
− | </pre>
| |
− | <div>makefileでのコマンド</div>
| |
− | <pre>
| |
− | make Radon3D
| |
− | make 3DTiff
| |
− | </pre>
| |
− | <table border="1">
| |
− | <tr>
| |
− | <th>方法</th>
| |
− | <th>対応オプション</th>
| |
− | <th>xy平面</th>
| |
− | <th>yz平面</th>
| |
− | <th>zx平面</th>
| |
− | <th>全体</th>
| |
− | <th>補足</th>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影</td>
| |
− | <td>-m 1</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-1-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-1-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-1-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-1.gif]]</td>
| |
− | <td></td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>重み付き逆投影</td>
| |
− | <td>-m 2</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-2-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-2-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-2-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-2.gif]]</td>
| |
− | <td></td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>重み付き逆投影(フィルタあり)</td>
| |
− | <td>-m 3</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-3-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-3-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-3-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-3.gif]]</td>
| |
− | <td>-Rmin 0.05 -Rmax 0.1</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>NearestCountRWeightedBackProjection</td>
| |
− | <td>-m 4</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-4-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-4-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-4-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-4.gif]]</td>
| |
− | <td>-Rmin 0.05 -Rmax 0.1</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>WeightedCountRWeightedBackProjection</td>
| |
− | <td>-m 5</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-5-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-5-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-5-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-5.gif]]</td>
| |
− | <td>-Rmin 0.05 -Rmax 0.1 -T 1</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影(フィルタあり)</td>
| |
− | <td>-m 6</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-6-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-6-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-6-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-TRBP-6.gif]]</td>
| |
− | <td>-Rmin 0.05 -Rmax 0.1</td>
| |
− | </tr>
| |
− | </table>
| |
− | <br>
| |
− |
| |
− | =====2軸回転=====
| |
− | <div> 2軸回転したデータで同様の処理を行い、違いを見ていきます。</div>
| |
− | <br>
| |
− |
| |
− | ======入力ファイル======
| |
− | [[Media:Input-BP-4.zip|こちらのファイル]](makefile込み)を入力ファイルとします。
| |
− | <br>
| |
− |
| |
− | ======mrc2Dto3D======
| |
− | <table border="1">
| |
− | <tr>
| |
− | <th>方法</th>
| |
− | <th>対応オプション</th>
| |
− | <th>xy平面</th>
| |
− | <th>yz平面</th>
| |
− | <th>zx平面</th>
| |
− | <th>全体</th>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影</td>
| |
− | <td>-m 0</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-0-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-0-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-0-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-0.gif]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>フィルタ逆投影</td>
| |
− | <td>-m 1</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-1-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-1-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-1-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-0.gif]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | </table>
| |
− | <br>
| |
− |
| |
− | <div>1軸回転のときよりSIRTの効果は大きくなります。</div>
| |
− | <table border="1">
| |
− | <tr>
| |
− | <th>逆投影法 / 繰り返し回数</th>
| |
− | <td>なし</td>
| |
− | <td>3</td>
| |
− | <td>5</td>
| |
− | <td>10</td>
| |
− | <td>30</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影(xy平面)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-0-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-2-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-4-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-6-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-8-0.png]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影(yz平面)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-0-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-2-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-4-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-6-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-8-1.png]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影(zx平面)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-0-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-2-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-4-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-6-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-8-2.png]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影(全体)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-0.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-2.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-4.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-6.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-8.gif]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>フィルタ逆投影(xy平面)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-1-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-3-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-5-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-7-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-9-0.png]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>フィルタ逆投影(yz平面)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-1-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-3-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-5-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-7-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-9-1.png]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>フィルタ逆投影(zx平面)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-1-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-3-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-5-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-7-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-9-2.png]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>フィルタ逆投影(全体)</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-1.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-3.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-5.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-7.gif]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2BP-9.gif]]</td>
| |
− | </tr>
| |
− | </table>
| |
− | <br>
| |
− |
| |
− | ======逆ラドン変換======
| |
− | <table border="1">
| |
− | <tr>
| |
− | <th>方法</th>
| |
− | <th>対応オプション</th>
| |
− | <th>xy平面</th>
| |
− | <th>yz平面</th>
| |
− | <th>zx平面</th>
| |
− | <th>全体</th>
| |
− | <th>補足</th>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影</td>
| |
− | <td>-m 1</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-1-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-1-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-1-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-1.gif]]</td>
| |
− | <td></td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>重み付き逆投影</td>
| |
− | <td>-m 2</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-2-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-2-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-2-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-2.gif]]</td>
| |
− | <td></td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>重み付き逆投影(フィルタあり)</td>
| |
− | <td>-m 3</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-3-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-3-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-3-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-3.gif]]</td>
| |
− | <td>-Rmin 0.05 -Rmax 0.1</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>NearestCountRWeightedBackProjection</td>
| |
− | <td>-m 4</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-4-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-4-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-4-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-4.gif]]</td>
| |
− | <td>-Rmin 0.05 -Rmax 0.1</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>WeightedCountRWeightedBackProjection</td>
| |
− | <td>-m 5</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-5-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-5-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-5-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-5.gif]]</td>
| |
− | <td>-Rmin 0.05 -Rmax 0.1 -T 1</td>
| |
− | </tr>
| |
− | <tr>
| |
− | <td>単純逆投影(フィルタあり)</td>
| |
− | <td>-m 6</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-6-0.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-6-1.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-6-2.png]]</td>
| |
− | <td>[[画像:Outdata-T2RBP-6.gif]]</td>
| |
− | <td>-Rmin 0.05 -Rmax 0.1</td>
| |
− | </tr>
| |
− | </table>
| |
| <br> | | <br> |
| | | |
この手法で撮影すると試料を特定の軸に対して一定間隔で回転した画像になります。また、回転角度が大きくなるにつれて視野は広くなるので、映っている物体は回転軸の中心に集まってきます。
傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。