「ＰＤＢファイルの取り扱い」の版間の差分
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== 原子モデルのおおざっぱな形 == | == 原子モデルのおおざっぱな形 == | ||
PDBファイルの中の原子モデルのおおざっぱな形を知りたいときがあります。そのためには、[[主成分分析]]([[PCA]]([[principal component analysis]]))を利用([[pdbPCA]])することができます。このプログラムは、要素をｘ、ｙ、ｚの３つの要素だと考え、PCAを用いて、最も分散の大きい方向の軸（第一主成分、楕円体とみなしたときの最長軸）、それに直交する２つの軸を求めるものです。このそれぞれの軸の情報を回転行列として利用すれば、最長軸をX軸に変換することができます。 | PDBファイルの中の原子モデルのおおざっぱな形を知りたいときがあります。そのためには、[[主成分分析]]([[PCA]]([[principal component analysis]]))を利用([[pdbPCA]])することができます。このプログラムは、要素をｘ、ｙ、ｚの３つの要素だと考え、PCAを用いて、最も分散の大きい方向の軸（第一主成分、楕円体とみなしたときの最長軸）、それに直交する２つの軸を求めるものです。このそれぞれの軸の情報を回転行列として利用すれば、最長軸をX軸に変換することができます。 | ||
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| + | == 原子モデルから密度マップを生成 == | ||
| + | 原子モデルから、密度マップ（３Ｄ）あるいは、その投影像（２Ｄ）を求めるために、[[pdb2mrc]]もしくは、[[pdb2mrc2d]]/[[pdb2mrc2dWithCTF]]を用いる事が出来ます。 | ||
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| + | == 結晶構造をつりたい== | ||
| + | [[pdbCrystalCreate]]あるいは、[[pdbHelix]]を用いて、それぞれ３次元結晶、らせん対称性結晶をつくることができます。 | ||
2013年5月18日 (土) 05:58時点における版
PDBファイルの取り扱い
原子モデルの情報
原子モデルの簡単な情報を撮り出すためには、pdbInfoというプログラムを利用します。
原子モデルの移動
原子モデルを移動させるには、pdbMoveもしくは、pdbTransというプログラムを利用することが出来ます。
原子モデルの回転
原子モデルを回転させるには、pdbRotationもしくは、pdbTransというプログラムを利用することができます。
原子モデルのおおざっぱな形
PDBファイルの中の原子モデルのおおざっぱな形を知りたいときがあります。そのためには、主成分分析(PCA(principal component analysis))を利用(pdbPCA)することができます。このプログラムは、要素をｘ、ｙ、ｚの３つの要素だと考え、PCAを用いて、最も分散の大きい方向の軸（第一主成分、楕円体とみなしたときの最長軸）、それに直交する２つの軸を求めるものです。このそれぞれの軸の情報を回転行列として利用すれば、最長軸をX軸に変換することができます。
原子モデルから密度マップを生成
原子モデルから、密度マップ（３Ｄ）あるいは、その投影像（２Ｄ）を求めるために、pdb2mrcもしくは、pdb2mrc2d/pdb2mrc2dWithCTFを用いる事が出来ます。
結晶構造をつりたい
pdbCrystalCreateあるいは、pdbHelixを用いて、それぞれ３次元結晶、らせん対称性結晶をつくることができます。
