「2D classificationジョブのSTARファイル」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
(ページの作成:「2D classificationジョブでは、各イテレーションごとに4種類のSTARファイルが生成されます。run_it<イテレーション番号> をルート名...」)
 
(_data.star)
行2: 行2:
  
 
== _data.star ==
 
== _data.star ==
 +
 +
<pre>
 +
 +
data_
 +
 +
loop_
 +
_rlnCoordinateX #1
 +
_rlnCoordinateY #2
 +
_rlnAutopickFigureOfMerit #3
 +
_rlnClassNumber #4
 +
_rlnAnglePsi #5
 +
_rlnImageName #6
 +
_rlnMicrographName #7
 +
_rlnMagnification #8
 +
_rlnDetectorPixelSize #9
 +
_rlnCtfMaxResolution #10
 +
_rlnCtfFigureOfMerit #11
 +
_rlnVoltage #12
 +
_rlnDefocusU #13
 +
_rlnDefocusV #14
 +
_rlnDefocusAngle #15
 +
_rlnSphericalAberration #16
 +
_rlnCtfBfactor #17
 +
_rlnCtfScalefactor #18
 +
_rlnPhaseShift #19
 +
_rlnAmplitudeContrast #20
 +
_rlnOriginX #21
 +
_rlnOriginY #22
 +
_rlnGroupNumber #23
 +
_rlnAngleRot #24
 +
_rlnAngleTilt #25
 +
_rlnNormCorrection #26
 +
_rlnLogLikeliContribution #27
 +
_rlnMaxValueProbDistribution #28
 +
_rlnNrOfSignificantSamples #29
 +
3555.794139  406.376473    0.662536          35  125.449124 000001@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000    3.540000    4.632000    0.103875  200.000000 10407.339844 10826.280273    2.460000    1.400000    0.000000    1.000000    0.000000    0.100000    1.302067    -0.69793            1    0.000000    0.000000    2.004590  5253.829275    0.516257            3
 +
3600.947080  485.394120    0.193001          35    -93.92588 000002@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000    3.540000    4.632000    0.103875  200.000000 10407.339844 10826.280273    2.460000    1.400000    0.000000    1.000000    0.000000    0.100000    1.302067    3.302067            1    0.000000    0.000000    1.507015  5225.000115    0.919596            3
 +
(以下略)
 +
</pre>
 +
 +
 +
新しく現れたパラメータや特記事項があるパラメータについて以下にまとめます。
 +
 +
{| class="wikitable" style="width:100%"
 +
|+_data.star
 +
! style="width:20%" | ラベル名
 +
! 説明
 +
|-
 +
| _rlnCoordinateX, _rlnCoordinateY
 +
| 単粒子切り出し元画像内での座標[pixel]。2D classificationではアラインメントを行うが、この値は変化しない。
 +
|-
 +
| _rlnClassNumber
 +
| 所属確率がもっとも高いクラスの番号。2D classificationの結果割り当てられる。
 +
|-
 +
| _rlnAnglePsi
 +
| 3番目のオイラー角Ψ(面内回転) [度]の値。2D classificationにより推定される。
 +
|-
 +
| _rlnOriginX, _rlnOriginY
 +
| 単粒子画像の回転中心の座標[pixel]。単粒子切り出し時には(0, 0) (+ 何らかの誤差)だが、2D classificationのアラインメントにより(0, 0)以外の値になっている。
 +
|-
 +
| _rlnAngleRot, _rlnAngleTilt
 +
| それぞれ1番目(rot)と2番目(tilt)のオイラー角[度]。3Dでの推定をまだ実行していない場合は、0, 0になっている。
 +
|-
 +
| _rlnNormCorrection
 +
| 正規化補正値
 +
|-
 +
| _rlnLogLikeliContribution
 +
| その単粒子の対数尤度関数に対する貢献量
 +
|-
 +
| _rlnMaxValueProbDistribution
 +
| その単粒子の確率質量関数の最大値
 +
|-
 +
| _rlnNrOfSignificantSamples
 +
| Number of orientational/class assignments (for a particle) with sign.probabilities in the 1st pass of adaptive oversampling (所属クラスの割り当てが変更された回数に関係する量?)
 +
|}
  
 
== _model.star ==
 
== _model.star ==

2019年5月22日 (水) 02:24時点における版

2D classificationジョブでは、各イテレーションごとに4種類のSTARファイルが生成されます。run_it<イテレーション番号> をルート名として、_data.star、_model.star、_optimiser.star、_sampling.star と名前が付いています。

_data.star


data_

loop_ 
_rlnCoordinateX #1 
_rlnCoordinateY #2 
_rlnAutopickFigureOfMerit #3 
_rlnClassNumber #4 
_rlnAnglePsi #5 
_rlnImageName #6 
_rlnMicrographName #7 
_rlnMagnification #8 
_rlnDetectorPixelSize #9 
_rlnCtfMaxResolution #10 
_rlnCtfFigureOfMerit #11 
_rlnVoltage #12 
_rlnDefocusU #13 
_rlnDefocusV #14 
_rlnDefocusAngle #15 
_rlnSphericalAberration #16 
_rlnCtfBfactor #17 
_rlnCtfScalefactor #18 
_rlnPhaseShift #19 
_rlnAmplitudeContrast #20 
_rlnOriginX #21 
_rlnOriginY #22 
_rlnGroupNumber #23 
_rlnAngleRot #24 
_rlnAngleTilt #25 
_rlnNormCorrection #26 
_rlnLogLikeliContribution #27 
_rlnMaxValueProbDistribution #28 
_rlnNrOfSignificantSamples #29 
 3555.794139   406.376473     0.662536           35   125.449124 000001@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000     3.540000     4.632000     0.103875   200.000000 10407.339844 10826.280273     2.460000     1.400000     0.000000     1.000000     0.000000     0.100000     1.302067     -0.69793            1     0.000000     0.000000     2.004590  5253.829275     0.516257            3 
 3600.947080   485.394120     0.193001           35    -93.92588 000002@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000     3.540000     4.632000     0.103875   200.000000 10407.339844 10826.280273     2.460000     1.400000     0.000000     1.000000     0.000000     0.100000     1.302067     3.302067            1     0.000000     0.000000     1.507015  5225.000115     0.919596            3 
(以下略)


新しく現れたパラメータや特記事項があるパラメータについて以下にまとめます。

_data.star
ラベル名 説明
_rlnCoordinateX, _rlnCoordinateY 単粒子切り出し元画像内での座標[pixel]。2D classificationではアラインメントを行うが、この値は変化しない。
_rlnClassNumber 所属確率がもっとも高いクラスの番号。2D classificationの結果割り当てられる。
_rlnAnglePsi 3番目のオイラー角Ψ(面内回転) [度]の値。2D classificationにより推定される。
_rlnOriginX, _rlnOriginY 単粒子画像の回転中心の座標[pixel]。単粒子切り出し時には(0, 0) (+ 何らかの誤差)だが、2D classificationのアラインメントにより(0, 0)以外の値になっている。
_rlnAngleRot, _rlnAngleTilt それぞれ1番目(rot)と2番目(tilt)のオイラー角[度]。3Dでの推定をまだ実行していない場合は、0, 0になっている。
_rlnNormCorrection 正規化補正値
_rlnLogLikeliContribution その単粒子の対数尤度関数に対する貢献量
_rlnMaxValueProbDistribution その単粒子の確率質量関数の最大値
_rlnNrOfSignificantSamples Number of orientational/class assignments (for a particle) with sign.probabilities in the 1st pass of adaptive oversampling (所属クラスの割り当てが変更された回数に関係する量?)

_model.star

_optimiser.star

_sampling.star