「2D classificationジョブのSTARファイル」の版間の差分
提供: Eospedia
(→data_model_general) |
(→_model.star) |
||
行113: | 行113: | ||
=== data_model_classes === | === data_model_classes === | ||
+ | <pre> | ||
+ | data_model_classes | ||
+ | |||
+ | loop_ | ||
+ | _rlnReferenceImage #1 | ||
+ | _rlnClassDistribution #2 | ||
+ | _rlnAccuracyRotations #3 | ||
+ | _rlnAccuracyTranslations #4 | ||
+ | _rlnEstimatedResolution #5 | ||
+ | _rlnOverallFourierCompleteness #6 | ||
+ | _rlnClassPriorOffsetX #7 | ||
+ | _rlnClassPriorOffsetY #8 | ||
+ | 000001@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs 0.001263 999.000000 999.000000 45.312000 0.837927 -0.00277 0.001014 | ||
+ | 000002@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs 0.001893 999.000000 999.000000 25.173333 0.903520 -0.00132 -0.00132 | ||
+ | (以下略) | ||
+ | </pre> | ||
=== data_model_class_n === | === data_model_class_n === | ||
+ | <pre> | ||
+ | data_model_class_1 | ||
+ | |||
+ | loop_ | ||
+ | _rlnSpectralIndex #1 | ||
+ | _rlnResolution #2 | ||
+ | _rlnAngstromResolution #3 | ||
+ | _rlnSsnrMap #4 | ||
+ | _rlnGoldStandardFsc #5 | ||
+ | _rlnFourierCompleteness #6 | ||
+ | _rlnReferenceSigma2 #7 | ||
+ | _rlnReferenceTau2 #8 | ||
+ | _rlnSpectralOrientabilityContribution #9 | ||
+ | 0 0.000000 999.000000 3.665691 0.000000 1.000000 0.007461 0.013675 0.000000 | ||
+ | 1 0.004414 226.560000 3.026267 0.000000 0.785714 0.020578 0.031138 0.000000 | ||
+ | 2 0.008828 113.280000 6.453868 0.000000 0.833333 0.005567 0.017965 0.000000 | ||
+ | 3 0.013242 75.520000 5.166827 0.000000 0.850000 0.002592 0.006697 0.000000 | ||
+ | 4 0.017655 56.640000 4.207441 0.000000 0.851852 8.892138e-04 0.001871 0.000000 | ||
+ | 5 0.022069 45.312000 1.970419 0.000000 0.640625 4.820656e-04 4.749356e-04 0.000000 | ||
+ | 6 0.026483 37.760000 0.821692 0.000000 0.324324 3.159420e-04 1.298035e-04 0.000000 | ||
+ | 7 0.030897 32.365714 0.832150 0.000000 0.282609 1.859071e-04 7.735125e-05 0.000000 | ||
+ | 8 0.035311 28.320000 0.666574 0.000000 0.224490 1.295436e-04 4.317520e-05 0.000000 | ||
+ | 9 0.039725 25.173333 0.784156 0.000000 0.275000 9.953982e-05 3.902737e-05 0.000000 | ||
+ | 10 0.044138 22.656000 0.584009 0.000000 0.169355 8.523505e-05 2.488904e-05 0.000000 | ||
+ | 11 0.048552 20.596364 0.291531 0.000000 0.007042 8.202475e-05 1.195639e-05 0.000000 | ||
+ | 12 0.052966 18.880000 0.049583 0.000000 0.000000 1.162804e-04 2.882795e-06 0.000000 | ||
+ | 13 0.057380 17.427692 0.009578 0.000000 0.000000 3.011485e-04 1.442150e-06 0.000000 | ||
+ | 14 0.061794 16.182857 0.001354 0.000000 0.000000 0.001081 7.319991e-07 0.000000 | ||
+ | 15 0.066208 15.104000 0.006224 0.000000 0.000000 1.345070e-04 4.185799e-07 0.000000 | ||
+ | 16 0.070621 14.160000 0.007359 0.000000 0.000000 6.040973e-05 2.222673e-07 0.000000 | ||
+ | 17 0.075035 13.327059 0.004576 0.000000 0.000000 5.058901e-05 1.157448e-07 0.000000 | ||
+ | 18 0.079449 12.586667 0.002190 0.000000 0.000000 6.317357e-05 6.916016e-08 0.000000 | ||
+ | 19 0.083863 11.924211 4.442074e-04 0.000000 0.000000 1.901498e-04 4.223298e-08 0.000000 | ||
+ | 20 0.088277 11.328000 1.641651e-04 0.000000 0.000000 3.900355e-04 3.201511e-08 0.000000 | ||
+ | 21 0.092691 10.788571 8.273337e-04 0.000000 0.000000 6.366484e-05 2.633604e-08 0.000000 | ||
+ | 22 0.097105 10.298182 8.021799e-04 0.000000 0.000000 6.291855e-05 2.523600e-08 0.000000 | ||
+ | 23 0.101518 9.850435 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 | ||
+ | 24 0.105932 9.440000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 | ||
+ | 25 0.110346 9.062400 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 | ||
+ | 26 0.114760 8.713846 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 | ||
+ | 27 0.119174 8.391111 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 | ||
+ | 28 0.123588 8.091429 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 | ||
+ | 29 0.128001 7.812414 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 | ||
+ | 30 0.132415 7.552000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 | ||
+ | 31 0.136829 7.308387 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 | ||
+ | 32 0.141243 7.080000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 | ||
+ | </pre> | ||
=== data_model_groups === | === data_model_groups === | ||
+ | <pre> | ||
+ | |||
+ | data_model_groups | ||
+ | |||
+ | loop_ | ||
+ | _rlnGroupNumber #1 | ||
+ | _rlnGroupName #2 | ||
+ | _rlnGroupNrParticles #3 | ||
+ | _rlnGroupScaleCorrection #4 | ||
+ | 1 Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 348 0.989576 | ||
+ | 2 Movies/20170629_00022_frameImage.mrc 322 1.006113 | ||
+ | 3 Movies/20170629_00023_frameImage.mrc 315 0.996019 | ||
+ | 4 Movies/20170629_00024_frameImage.mrc 279 0.999816 | ||
+ | 5 Movies/20170629_00025_frameImage.mrc 321 1.009236 | ||
+ | </pre> | ||
=== data_model_group_n === | === data_model_group_n === | ||
+ | <pre> | ||
+ | |||
+ | data_model_group_1 | ||
+ | |||
+ | loop_ | ||
+ | _rlnSpectralIndex #1 | ||
+ | _rlnResolution #2 | ||
+ | _rlnSigma2Noise #3 | ||
+ | 0 0.000000 6.699176e-04 | ||
+ | 1 0.004414 5.044234e-04 | ||
+ | 2 0.008828 3.852414e-04 | ||
+ | 3 0.013242 2.962146e-04 | ||
+ | 4 0.017655 2.536162e-04 | ||
+ | 5 0.022069 2.571982e-04 | ||
+ | 6 0.026483 2.749977e-04 | ||
+ | 7 0.030897 2.489669e-04 | ||
+ | 8 0.035311 2.283906e-04 | ||
+ | 9 0.039725 2.044940e-04 | ||
+ | 10 0.044138 1.694933e-04 | ||
+ | 11 0.048552 1.281033e-04 | ||
+ | 12 0.052966 9.658166e-05 | ||
+ | 13 0.057380 7.243675e-05 | ||
+ | 14 0.061794 6.748875e-05 | ||
+ | 15 0.066208 7.883464e-05 | ||
+ | 16 0.070621 9.554841e-05 | ||
+ | 17 0.075035 9.866697e-05 | ||
+ | 18 0.079449 7.982541e-05 | ||
+ | 19 0.083863 6.505653e-05 | ||
+ | 20 0.088277 6.598636e-05 | ||
+ | 21 0.092691 7.684159e-05 | ||
+ | 22 0.097105 7.732326e-05 | ||
+ | 23 0.101518 6.778179e-05 | ||
+ | 24 0.105932 6.208213e-05 | ||
+ | 25 0.110346 6.746794e-05 | ||
+ | 26 0.114760 6.921340e-05 | ||
+ | 27 0.119174 6.147887e-05 | ||
+ | 28 0.123588 6.069812e-05 | ||
+ | 29 0.128001 6.416122e-05 | ||
+ | 30 0.132415 6.190670e-05 | ||
+ | 31 0.136829 5.747373e-05 | ||
+ | 32 0.141243 5.758882e-05 | ||
+ | </pre> | ||
== <b><u>_optimiser.star</u></b> == | == <b><u>_optimiser.star</u></b> == | ||
== <b><u>_sampling.star</u></b> == | == <b><u>_sampling.star</u></b> == |
2019年5月22日 (水) 02:53時点における版
2D classificationジョブでは、各イテレーションごとに4種類のSTARファイルが生成されます。run_it<イテレーション番号> をルート名として、_data.star、_model.star、_optimiser.star、_sampling.star と名前が付いています。
目次
_data.star
data_ loop_ _rlnCoordinateX #1 _rlnCoordinateY #2 _rlnAutopickFigureOfMerit #3 _rlnClassNumber #4 _rlnAnglePsi #5 _rlnImageName #6 _rlnMicrographName #7 _rlnMagnification #8 _rlnDetectorPixelSize #9 _rlnCtfMaxResolution #10 _rlnCtfFigureOfMerit #11 _rlnVoltage #12 _rlnDefocusU #13 _rlnDefocusV #14 _rlnDefocusAngle #15 _rlnSphericalAberration #16 _rlnCtfBfactor #17 _rlnCtfScalefactor #18 _rlnPhaseShift #19 _rlnAmplitudeContrast #20 _rlnOriginX #21 _rlnOriginY #22 _rlnGroupNumber #23 _rlnAngleRot #24 _rlnAngleTilt #25 _rlnNormCorrection #26 _rlnLogLikeliContribution #27 _rlnMaxValueProbDistribution #28 _rlnNrOfSignificantSamples #29 3555.794139 406.376473 0.662536 35 125.449124 000001@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000 3.540000 4.632000 0.103875 200.000000 10407.339844 10826.280273 2.460000 1.400000 0.000000 1.000000 0.000000 0.100000 1.302067 -0.69793 1 0.000000 0.000000 2.004590 5253.829275 0.516257 3 3600.947080 485.394120 0.193001 35 -93.92588 000002@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000 3.540000 4.632000 0.103875 200.000000 10407.339844 10826.280273 2.460000 1.400000 0.000000 1.000000 0.000000 0.100000 1.302067 3.302067 1 0.000000 0.000000 1.507015 5225.000115 0.919596 3 (以下略)
新しく現れたパラメータや特記事項があるパラメータについて以下にまとめます。
ラベル名 | 説明 |
---|---|
_rlnCoordinateX, _rlnCoordinateY | 単粒子切り出し元画像内での座標[pixel]。2D classificationではアラインメントを行うが、この値は変化しない。この座標からの単粒子の中心位置ずれは_rlnOriginX, _rlnOriginYで表現される。 |
_rlnClassNumber | 所属確率がもっとも高いクラスの番号。2D classificationの結果割り当てられる。 |
_rlnAnglePsi | 3番目のオイラー角Ψ(面内回転) [度]の値。2D classificationにより推定される。 |
_rlnOriginX, _rlnOriginY | 単粒子画像の回転中心の座標[pixel]。単粒子切り出し時には(0, 0) (+ 何らかの誤差)だが、2D classificationのアラインメントにより(0, 0)以外の値になっている。 |
_rlnGroupNumber | 切り出し元の画像でグループ分けされている。n枚目の画像から切り出されたならばnが割り当てられている。 |
_rlnAngleRot, _rlnAngleTilt | それぞれ1番目(rot)と2番目(tilt)のオイラー角[度]。3Dでの推定をまだ実行していない場合は、0, 0になっている。 |
_rlnNormCorrection | 正規化補正値 |
_rlnLogLikeliContribution | その単粒子の対数尤度関数に対する貢献量 |
_rlnMaxValueProbDistribution | その単粒子の確率質量関数の最大値 |
_rlnNrOfSignificantSamples | Number of orientational/class assignments (for a particle) with sign.probabilities in the 1st pass of adaptive oversampling (所属クラスの割り当てが変更された回数に関係する量?) |
_model.star
データブロックが大きく分けて5種類ある。
data_model_general
data_model_general _rlnReferenceDimensionality 2 _rlnDataDimensionality 2 _rlnOriginalImageSize 64 _rlnCurrentResolution 18.880000 _rlnCurrentImageSize 44 _rlnPaddingFactor 2.000000 _rlnIsHelix 0 _rlnFourierSpaceInterpolator 1 _rlnMinRadiusNnInterpolation 10 _rlnPixelSize 3.540000 _rlnNrClasses 50 _rlnNrBodies 1 _rlnNrGroups 5 _rlnTau2FudgeFactor 2.000000 _rlnNormCorrectionAverage 0.767096 _rlnSigmaOffsets 7.610923e+07 _rlnOrientationalPriorMode 0 _rlnSigmaPriorRotAngle 0.000000 _rlnSigmaPriorTiltAngle 0.000000 _rlnSigmaPriorPsiAngle 0.000000 _rlnLogLikelihood 7.989805e+06 _rlnAveragePmax 0.801794
data_model_classes
data_model_classes loop_ _rlnReferenceImage #1 _rlnClassDistribution #2 _rlnAccuracyRotations #3 _rlnAccuracyTranslations #4 _rlnEstimatedResolution #5 _rlnOverallFourierCompleteness #6 _rlnClassPriorOffsetX #7 _rlnClassPriorOffsetY #8 000001@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs 0.001263 999.000000 999.000000 45.312000 0.837927 -0.00277 0.001014 000002@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs 0.001893 999.000000 999.000000 25.173333 0.903520 -0.00132 -0.00132 (以下略)
data_model_class_n
data_model_class_1 loop_ _rlnSpectralIndex #1 _rlnResolution #2 _rlnAngstromResolution #3 _rlnSsnrMap #4 _rlnGoldStandardFsc #5 _rlnFourierCompleteness #6 _rlnReferenceSigma2 #7 _rlnReferenceTau2 #8 _rlnSpectralOrientabilityContribution #9 0 0.000000 999.000000 3.665691 0.000000 1.000000 0.007461 0.013675 0.000000 1 0.004414 226.560000 3.026267 0.000000 0.785714 0.020578 0.031138 0.000000 2 0.008828 113.280000 6.453868 0.000000 0.833333 0.005567 0.017965 0.000000 3 0.013242 75.520000 5.166827 0.000000 0.850000 0.002592 0.006697 0.000000 4 0.017655 56.640000 4.207441 0.000000 0.851852 8.892138e-04 0.001871 0.000000 5 0.022069 45.312000 1.970419 0.000000 0.640625 4.820656e-04 4.749356e-04 0.000000 6 0.026483 37.760000 0.821692 0.000000 0.324324 3.159420e-04 1.298035e-04 0.000000 7 0.030897 32.365714 0.832150 0.000000 0.282609 1.859071e-04 7.735125e-05 0.000000 8 0.035311 28.320000 0.666574 0.000000 0.224490 1.295436e-04 4.317520e-05 0.000000 9 0.039725 25.173333 0.784156 0.000000 0.275000 9.953982e-05 3.902737e-05 0.000000 10 0.044138 22.656000 0.584009 0.000000 0.169355 8.523505e-05 2.488904e-05 0.000000 11 0.048552 20.596364 0.291531 0.000000 0.007042 8.202475e-05 1.195639e-05 0.000000 12 0.052966 18.880000 0.049583 0.000000 0.000000 1.162804e-04 2.882795e-06 0.000000 13 0.057380 17.427692 0.009578 0.000000 0.000000 3.011485e-04 1.442150e-06 0.000000 14 0.061794 16.182857 0.001354 0.000000 0.000000 0.001081 7.319991e-07 0.000000 15 0.066208 15.104000 0.006224 0.000000 0.000000 1.345070e-04 4.185799e-07 0.000000 16 0.070621 14.160000 0.007359 0.000000 0.000000 6.040973e-05 2.222673e-07 0.000000 17 0.075035 13.327059 0.004576 0.000000 0.000000 5.058901e-05 1.157448e-07 0.000000 18 0.079449 12.586667 0.002190 0.000000 0.000000 6.317357e-05 6.916016e-08 0.000000 19 0.083863 11.924211 4.442074e-04 0.000000 0.000000 1.901498e-04 4.223298e-08 0.000000 20 0.088277 11.328000 1.641651e-04 0.000000 0.000000 3.900355e-04 3.201511e-08 0.000000 21 0.092691 10.788571 8.273337e-04 0.000000 0.000000 6.366484e-05 2.633604e-08 0.000000 22 0.097105 10.298182 8.021799e-04 0.000000 0.000000 6.291855e-05 2.523600e-08 0.000000 23 0.101518 9.850435 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 24 0.105932 9.440000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 25 0.110346 9.062400 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 26 0.114760 8.713846 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 27 0.119174 8.391111 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 28 0.123588 8.091429 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 29 0.128001 7.812414 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 30 0.132415 7.552000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 31 0.136829 7.308387 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 32 0.141243 7.080000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
data_model_groups
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data_model_group_n
data_model_group_1 loop_ _rlnSpectralIndex #1 _rlnResolution #2 _rlnSigma2Noise #3 0 0.000000 6.699176e-04 1 0.004414 5.044234e-04 2 0.008828 3.852414e-04 3 0.013242 2.962146e-04 4 0.017655 2.536162e-04 5 0.022069 2.571982e-04 6 0.026483 2.749977e-04 7 0.030897 2.489669e-04 8 0.035311 2.283906e-04 9 0.039725 2.044940e-04 10 0.044138 1.694933e-04 11 0.048552 1.281033e-04 12 0.052966 9.658166e-05 13 0.057380 7.243675e-05 14 0.061794 6.748875e-05 15 0.066208 7.883464e-05 16 0.070621 9.554841e-05 17 0.075035 9.866697e-05 18 0.079449 7.982541e-05 19 0.083863 6.505653e-05 20 0.088277 6.598636e-05 21 0.092691 7.684159e-05 22 0.097105 7.732326e-05 23 0.101518 6.778179e-05 24 0.105932 6.208213e-05 25 0.110346 6.746794e-05 26 0.114760 6.921340e-05 27 0.119174 6.147887e-05 28 0.123588 6.069812e-05 29 0.128001 6.416122e-05 30 0.132415 6.190670e-05 31 0.136829 5.747373e-05 32 0.141243 5.758882e-05