「2D classificationジョブのSTARファイル」の版間の差分

提供: Eospedia
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(data_model_general)
(_model.star)
行113: 行113:
  
 
=== data_model_classes ===
 
=== data_model_classes ===
 +
<pre>
 +
data_model_classes
 +
 +
loop_
 +
_rlnReferenceImage #1
 +
_rlnClassDistribution #2
 +
_rlnAccuracyRotations #3
 +
_rlnAccuracyTranslations #4
 +
_rlnEstimatedResolution #5
 +
_rlnOverallFourierCompleteness #6
 +
_rlnClassPriorOffsetX #7
 +
_rlnClassPriorOffsetY #8
 +
000001@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs    0.001263  999.000000  999.000000    45.312000    0.837927    -0.00277    0.001014
 +
000002@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs    0.001893  999.000000  999.000000    25.173333    0.903520    -0.00132    -0.00132
 +
(以下略)
 +
</pre>
  
 
=== data_model_class_n ===
 
=== data_model_class_n ===
 +
<pre>
 +
data_model_class_1
 +
 +
loop_
 +
_rlnSpectralIndex #1
 +
_rlnResolution #2
 +
_rlnAngstromResolution #3
 +
_rlnSsnrMap #4
 +
_rlnGoldStandardFsc #5
 +
_rlnFourierCompleteness #6
 +
_rlnReferenceSigma2 #7
 +
_rlnReferenceTau2 #8
 +
_rlnSpectralOrientabilityContribution #9
 +
          0    0.000000  999.000000    3.665691    0.000000    1.000000    0.007461    0.013675    0.000000
 +
          1    0.004414  226.560000    3.026267    0.000000    0.785714    0.020578    0.031138    0.000000
 +
          2    0.008828  113.280000    6.453868    0.000000    0.833333    0.005567    0.017965    0.000000
 +
          3    0.013242    75.520000    5.166827    0.000000    0.850000    0.002592    0.006697    0.000000
 +
          4    0.017655    56.640000    4.207441    0.000000    0.851852 8.892138e-04    0.001871    0.000000
 +
          5    0.022069    45.312000    1.970419    0.000000    0.640625 4.820656e-04 4.749356e-04    0.000000
 +
          6    0.026483    37.760000    0.821692    0.000000    0.324324 3.159420e-04 1.298035e-04    0.000000
 +
          7    0.030897    32.365714    0.832150    0.000000    0.282609 1.859071e-04 7.735125e-05    0.000000
 +
          8    0.035311    28.320000    0.666574    0.000000    0.224490 1.295436e-04 4.317520e-05    0.000000
 +
          9    0.039725    25.173333    0.784156    0.000000    0.275000 9.953982e-05 3.902737e-05    0.000000
 +
          10    0.044138    22.656000    0.584009    0.000000    0.169355 8.523505e-05 2.488904e-05    0.000000
 +
          11    0.048552    20.596364    0.291531    0.000000    0.007042 8.202475e-05 1.195639e-05    0.000000
 +
          12    0.052966    18.880000    0.049583    0.000000    0.000000 1.162804e-04 2.882795e-06    0.000000
 +
          13    0.057380    17.427692    0.009578    0.000000    0.000000 3.011485e-04 1.442150e-06    0.000000
 +
          14    0.061794    16.182857    0.001354    0.000000    0.000000    0.001081 7.319991e-07    0.000000
 +
          15    0.066208    15.104000    0.006224    0.000000    0.000000 1.345070e-04 4.185799e-07    0.000000
 +
          16    0.070621    14.160000    0.007359    0.000000    0.000000 6.040973e-05 2.222673e-07    0.000000
 +
          17    0.075035    13.327059    0.004576    0.000000    0.000000 5.058901e-05 1.157448e-07    0.000000
 +
          18    0.079449    12.586667    0.002190    0.000000    0.000000 6.317357e-05 6.916016e-08    0.000000
 +
          19    0.083863    11.924211 4.442074e-04    0.000000    0.000000 1.901498e-04 4.223298e-08    0.000000
 +
          20    0.088277    11.328000 1.641651e-04    0.000000    0.000000 3.900355e-04 3.201511e-08    0.000000
 +
          21    0.092691    10.788571 8.273337e-04    0.000000    0.000000 6.366484e-05 2.633604e-08    0.000000
 +
          22    0.097105    10.298182 8.021799e-04    0.000000    0.000000 6.291855e-05 2.523600e-08    0.000000
 +
          23    0.101518    9.850435    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
 +
          24    0.105932    9.440000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
 +
          25    0.110346    9.062400    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
 +
          26    0.114760    8.713846    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
 +
          27    0.119174    8.391111    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
 +
          28    0.123588    8.091429    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
 +
          29    0.128001    7.812414    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
 +
          30    0.132415    7.552000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
 +
          31    0.136829    7.308387    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
 +
          32    0.141243    7.080000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
 +
</pre>
  
 
=== data_model_groups ===
 
=== data_model_groups ===
 +
<pre>
 +
 +
data_model_groups
 +
 +
loop_
 +
_rlnGroupNumber #1
 +
_rlnGroupName #2
 +
_rlnGroupNrParticles #3
 +
_rlnGroupScaleCorrection #4
 +
          1 Movies/20170629_00021_frameImage.mrc          348    0.989576
 +
          2 Movies/20170629_00022_frameImage.mrc          322    1.006113
 +
          3 Movies/20170629_00023_frameImage.mrc          315    0.996019
 +
          4 Movies/20170629_00024_frameImage.mrc          279    0.999816
 +
          5 Movies/20170629_00025_frameImage.mrc          321    1.009236
 +
</pre>
  
 
=== data_model_group_n ===
 
=== data_model_group_n ===
 +
<pre>
 +
 +
data_model_group_1
 +
 +
loop_
 +
_rlnSpectralIndex #1
 +
_rlnResolution #2
 +
_rlnSigma2Noise #3
 +
          0    0.000000 6.699176e-04
 +
          1    0.004414 5.044234e-04
 +
          2    0.008828 3.852414e-04
 +
          3    0.013242 2.962146e-04
 +
          4    0.017655 2.536162e-04
 +
          5    0.022069 2.571982e-04
 +
          6    0.026483 2.749977e-04
 +
          7    0.030897 2.489669e-04
 +
          8    0.035311 2.283906e-04
 +
          9    0.039725 2.044940e-04
 +
          10    0.044138 1.694933e-04
 +
          11    0.048552 1.281033e-04
 +
          12    0.052966 9.658166e-05
 +
          13    0.057380 7.243675e-05
 +
          14    0.061794 6.748875e-05
 +
          15    0.066208 7.883464e-05
 +
          16    0.070621 9.554841e-05
 +
          17    0.075035 9.866697e-05
 +
          18    0.079449 7.982541e-05
 +
          19    0.083863 6.505653e-05
 +
          20    0.088277 6.598636e-05
 +
          21    0.092691 7.684159e-05
 +
          22    0.097105 7.732326e-05
 +
          23    0.101518 6.778179e-05
 +
          24    0.105932 6.208213e-05
 +
          25    0.110346 6.746794e-05
 +
          26    0.114760 6.921340e-05
 +
          27    0.119174 6.147887e-05
 +
          28    0.123588 6.069812e-05
 +
          29    0.128001 6.416122e-05
 +
          30    0.132415 6.190670e-05
 +
          31    0.136829 5.747373e-05
 +
          32    0.141243 5.758882e-05
 +
</pre>
  
 
== <b><u>_optimiser.star</u></b> ==
 
== <b><u>_optimiser.star</u></b> ==
 
== <b><u>_sampling.star</u></b> ==
 
== <b><u>_sampling.star</u></b> ==

2019年5月22日 (水) 02:53時点における版

2D classificationジョブでは、各イテレーションごとに4種類のSTARファイルが生成されます。run_it<イテレーション番号> をルート名として、_data.star、_model.star、_optimiser.star、_sampling.star と名前が付いています。

_data.star


data_

loop_ 
_rlnCoordinateX #1 
_rlnCoordinateY #2 
_rlnAutopickFigureOfMerit #3 
_rlnClassNumber #4 
_rlnAnglePsi #5 
_rlnImageName #6 
_rlnMicrographName #7 
_rlnMagnification #8 
_rlnDetectorPixelSize #9 
_rlnCtfMaxResolution #10 
_rlnCtfFigureOfMerit #11 
_rlnVoltage #12 
_rlnDefocusU #13 
_rlnDefocusV #14 
_rlnDefocusAngle #15 
_rlnSphericalAberration #16 
_rlnCtfBfactor #17 
_rlnCtfScalefactor #18 
_rlnPhaseShift #19 
_rlnAmplitudeContrast #20 
_rlnOriginX #21 
_rlnOriginY #22 
_rlnGroupNumber #23 
_rlnAngleRot #24 
_rlnAngleTilt #25 
_rlnNormCorrection #26 
_rlnLogLikeliContribution #27 
_rlnMaxValueProbDistribution #28 
_rlnNrOfSignificantSamples #29 
 3555.794139   406.376473     0.662536           35   125.449124 000001@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000     3.540000     4.632000     0.103875   200.000000 10407.339844 10826.280273     2.460000     1.400000     0.000000     1.000000     0.000000     0.100000     1.302067     -0.69793            1     0.000000     0.000000     2.004590  5253.829275     0.516257            3 
 3600.947080   485.394120     0.193001           35    -93.92588 000002@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000     3.540000     4.632000     0.103875   200.000000 10407.339844 10826.280273     2.460000     1.400000     0.000000     1.000000     0.000000     0.100000     1.302067     3.302067            1     0.000000     0.000000     1.507015  5225.000115     0.919596            3 
(以下略)


新しく現れたパラメータや特記事項があるパラメータについて以下にまとめます。

_data.star
ラベル名 説明
_rlnCoordinateX, _rlnCoordinateY 単粒子切り出し元画像内での座標[pixel]。2D classificationではアラインメントを行うが、この値は変化しない。この座標からの単粒子の中心位置ずれは_rlnOriginX, _rlnOriginYで表現される。
_rlnClassNumber 所属確率がもっとも高いクラスの番号。2D classificationの結果割り当てられる。
_rlnAnglePsi 3番目のオイラー角Ψ(面内回転) [度]の値。2D classificationにより推定される。
_rlnOriginX, _rlnOriginY 単粒子画像の回転中心の座標[pixel]。単粒子切り出し時には(0, 0) (+ 何らかの誤差)だが、2D classificationのアラインメントにより(0, 0)以外の値になっている。
_rlnGroupNumber 切り出し元の画像でグループ分けされている。n枚目の画像から切り出されたならばnが割り当てられている。
_rlnAngleRot, _rlnAngleTilt それぞれ1番目(rot)と2番目(tilt)のオイラー角[度]。3Dでの推定をまだ実行していない場合は、0, 0になっている。
_rlnNormCorrection 正規化補正値
_rlnLogLikeliContribution その単粒子の対数尤度関数に対する貢献量
_rlnMaxValueProbDistribution その単粒子の確率質量関数の最大値
_rlnNrOfSignificantSamples Number of orientational/class assignments (for a particle) with sign.probabilities in the 1st pass of adaptive oversampling (所属クラスの割り当てが変更された回数に関係する量?)

_model.star

データブロックが大きく分けて5種類ある。

data_model_general

data_model_general

_rlnReferenceDimensionality                        2
_rlnDataDimensionality                             2
_rlnOriginalImageSize                             64
_rlnCurrentResolution                      18.880000
_rlnCurrentImageSize                              44
_rlnPaddingFactor                           2.000000
_rlnIsHelix                                        0
_rlnFourierSpaceInterpolator                       1
_rlnMinRadiusNnInterpolation                      10
_rlnPixelSize                               3.540000
_rlnNrClasses                                     50
_rlnNrBodies                                       1
_rlnNrGroups                                       5
_rlnTau2FudgeFactor                         2.000000
_rlnNormCorrectionAverage                   0.767096
_rlnSigmaOffsets                        7.610923e+07
_rlnOrientationalPriorMode                         0
_rlnSigmaPriorRotAngle                      0.000000
_rlnSigmaPriorTiltAngle                     0.000000
_rlnSigmaPriorPsiAngle                      0.000000
_rlnLogLikelihood                       7.989805e+06
_rlnAveragePmax                             0.801794

data_model_classes

data_model_classes

loop_ 
_rlnReferenceImage #1 
_rlnClassDistribution #2 
_rlnAccuracyRotations #3 
_rlnAccuracyTranslations #4 
_rlnEstimatedResolution #5 
_rlnOverallFourierCompleteness #6 
_rlnClassPriorOffsetX #7 
_rlnClassPriorOffsetY #8 
000001@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001263   999.000000   999.000000    45.312000     0.837927     -0.00277     0.001014 
000002@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001893   999.000000   999.000000    25.173333     0.903520     -0.00132     -0.00132 
(以下略)

data_model_class_n

data_model_class_1

loop_ 
_rlnSpectralIndex #1 
_rlnResolution #2 
_rlnAngstromResolution #3 
_rlnSsnrMap #4 
_rlnGoldStandardFsc #5 
_rlnFourierCompleteness #6 
_rlnReferenceSigma2 #7 
_rlnReferenceTau2 #8 
_rlnSpectralOrientabilityContribution #9 
           0     0.000000   999.000000     3.665691     0.000000     1.000000     0.007461     0.013675     0.000000 
           1     0.004414   226.560000     3.026267     0.000000     0.785714     0.020578     0.031138     0.000000 
           2     0.008828   113.280000     6.453868     0.000000     0.833333     0.005567     0.017965     0.000000 
           3     0.013242    75.520000     5.166827     0.000000     0.850000     0.002592     0.006697     0.000000 
           4     0.017655    56.640000     4.207441     0.000000     0.851852 8.892138e-04     0.001871     0.000000 
           5     0.022069    45.312000     1.970419     0.000000     0.640625 4.820656e-04 4.749356e-04     0.000000 
           6     0.026483    37.760000     0.821692     0.000000     0.324324 3.159420e-04 1.298035e-04     0.000000 
           7     0.030897    32.365714     0.832150     0.000000     0.282609 1.859071e-04 7.735125e-05     0.000000 
           8     0.035311    28.320000     0.666574     0.000000     0.224490 1.295436e-04 4.317520e-05     0.000000 
           9     0.039725    25.173333     0.784156     0.000000     0.275000 9.953982e-05 3.902737e-05     0.000000 
          10     0.044138    22.656000     0.584009     0.000000     0.169355 8.523505e-05 2.488904e-05     0.000000 
          11     0.048552    20.596364     0.291531     0.000000     0.007042 8.202475e-05 1.195639e-05     0.000000 
          12     0.052966    18.880000     0.049583     0.000000     0.000000 1.162804e-04 2.882795e-06     0.000000 
          13     0.057380    17.427692     0.009578     0.000000     0.000000 3.011485e-04 1.442150e-06     0.000000 
          14     0.061794    16.182857     0.001354     0.000000     0.000000     0.001081 7.319991e-07     0.000000 
          15     0.066208    15.104000     0.006224     0.000000     0.000000 1.345070e-04 4.185799e-07     0.000000 
          16     0.070621    14.160000     0.007359     0.000000     0.000000 6.040973e-05 2.222673e-07     0.000000 
          17     0.075035    13.327059     0.004576     0.000000     0.000000 5.058901e-05 1.157448e-07     0.000000 
          18     0.079449    12.586667     0.002190     0.000000     0.000000 6.317357e-05 6.916016e-08     0.000000 
          19     0.083863    11.924211 4.442074e-04     0.000000     0.000000 1.901498e-04 4.223298e-08     0.000000 
          20     0.088277    11.328000 1.641651e-04     0.000000     0.000000 3.900355e-04 3.201511e-08     0.000000 
          21     0.092691    10.788571 8.273337e-04     0.000000     0.000000 6.366484e-05 2.633604e-08     0.000000 
          22     0.097105    10.298182 8.021799e-04     0.000000     0.000000 6.291855e-05 2.523600e-08     0.000000 
          23     0.101518     9.850435     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          24     0.105932     9.440000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          25     0.110346     9.062400     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          26     0.114760     8.713846     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          27     0.119174     8.391111     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          28     0.123588     8.091429     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          29     0.128001     7.812414     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          30     0.132415     7.552000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          31     0.136829     7.308387     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          32     0.141243     7.080000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
 

data_model_groups


data_model_groups

loop_ 
_rlnGroupNumber #1 
_rlnGroupName #2 
_rlnGroupNrParticles #3 
_rlnGroupScaleCorrection #4 
           1 Movies/20170629_00021_frameImage.mrc          348     0.989576 
           2 Movies/20170629_00022_frameImage.mrc          322     1.006113 
           3 Movies/20170629_00023_frameImage.mrc          315     0.996019 
           4 Movies/20170629_00024_frameImage.mrc          279     0.999816 
           5 Movies/20170629_00025_frameImage.mrc          321     1.009236 
 

data_model_group_n


data_model_group_1

loop_ 
_rlnSpectralIndex #1 
_rlnResolution #2 
_rlnSigma2Noise #3 
           0     0.000000 6.699176e-04 
           1     0.004414 5.044234e-04 
           2     0.008828 3.852414e-04 
           3     0.013242 2.962146e-04 
           4     0.017655 2.536162e-04 
           5     0.022069 2.571982e-04 
           6     0.026483 2.749977e-04 
           7     0.030897 2.489669e-04 
           8     0.035311 2.283906e-04 
           9     0.039725 2.044940e-04 
          10     0.044138 1.694933e-04 
          11     0.048552 1.281033e-04 
          12     0.052966 9.658166e-05 
          13     0.057380 7.243675e-05 
          14     0.061794 6.748875e-05 
          15     0.066208 7.883464e-05 
          16     0.070621 9.554841e-05 
          17     0.075035 9.866697e-05 
          18     0.079449 7.982541e-05 
          19     0.083863 6.505653e-05 
          20     0.088277 6.598636e-05 
          21     0.092691 7.684159e-05 
          22     0.097105 7.732326e-05 
          23     0.101518 6.778179e-05 
          24     0.105932 6.208213e-05 
          25     0.110346 6.746794e-05 
          26     0.114760 6.921340e-05 
          27     0.119174 6.147887e-05 
          28     0.123588 6.069812e-05 
          29     0.128001 6.416122e-05 
          30     0.132415 6.190670e-05 
          31     0.136829 5.747373e-05 
          32     0.141243 5.758882e-05 
 

_optimiser.star

_sampling.star