2D classificationジョブのSTARファイル

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2D classificationジョブでは、各イテレーションごとに4種類のSTARファイルが生成されます。run_it<イテレーション番号> をルート名として、_data.star、_model.star、_optimiser.star、_sampling.star と名前が付いています。

_data.star


data_

loop_ 
_rlnCoordinateX #1 
_rlnCoordinateY #2 
_rlnAutopickFigureOfMerit #3 
_rlnClassNumber #4 
_rlnAnglePsi #5 
_rlnImageName #6 
_rlnMicrographName #7 
_rlnMagnification #8 
_rlnDetectorPixelSize #9 
_rlnCtfMaxResolution #10 
_rlnCtfFigureOfMerit #11 
_rlnVoltage #12 
_rlnDefocusU #13 
_rlnDefocusV #14 
_rlnDefocusAngle #15 
_rlnSphericalAberration #16 
_rlnCtfBfactor #17 
_rlnCtfScalefactor #18 
_rlnPhaseShift #19 
_rlnAmplitudeContrast #20 
_rlnOriginX #21 
_rlnOriginY #22 
_rlnGroupNumber #23 
_rlnAngleRot #24 
_rlnAngleTilt #25 
_rlnNormCorrection #26 
_rlnLogLikeliContribution #27 
_rlnMaxValueProbDistribution #28 
_rlnNrOfSignificantSamples #29 
 3555.794139   406.376473     0.662536           35   125.449124 000001@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000     3.540000     4.632000     0.103875   200.000000 10407.339844 10826.280273     2.460000     1.400000     0.000000     1.000000     0.000000     0.100000     1.302067     -0.69793            1     0.000000     0.000000     2.004590  5253.829275     0.516257            3 
 3600.947080   485.394120     0.193001           35    -93.92588 000002@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000     3.540000     4.632000     0.103875   200.000000 10407.339844 10826.280273     2.460000     1.400000     0.000000     1.000000     0.000000     0.100000     1.302067     3.302067            1     0.000000     0.000000     1.507015  5225.000115     0.919596            3 
(以下略)


新しく現れたパラメータや特記事項があるパラメータについて以下にまとめます。

_data.star
ラベル名 説明
_rlnCoordinateX, _rlnCoordinateY 単粒子切り出し元画像内での座標[pixel]。2D classificationではアラインメントを行うが、この値は変化しない。この座標からの単粒子の中心位置ずれは_rlnOriginX, _rlnOriginYで表現される。
_rlnClassNumber 所属確率がもっとも高いクラスの番号。2D classificationの結果割り当てられる。
_rlnAnglePsi 3番目のオイラー角Ψ(面内回転) [度]の値。2D classificationにより推定される。
_rlnOriginX, _rlnOriginY 単粒子画像の回転中心の座標[pixel]。単粒子切り出し時には(0, 0) (+ 何らかの誤差)だが、2D classificationのアラインメントにより(0, 0)以外の値になっている。
_rlnAngleRot, _rlnAngleTilt それぞれ1番目(rot)と2番目(tilt)のオイラー角[度]。3Dでの推定をまだ実行していない場合は、0, 0になっている。
_rlnNormCorrection 正規化補正値
_rlnLogLikeliContribution その単粒子の対数尤度関数に対する貢献量
_rlnMaxValueProbDistribution その単粒子の確率質量関数の最大値
_rlnNrOfSignificantSamples Number of orientational/class assignments (for a particle) with sign.probabilities in the 1st pass of adaptive oversampling (所属クラスの割り当てが変更された回数に関係する量?)

_model.star

_optimiser.star

_sampling.star