2D classificationジョブのSTARファイル
提供: Eospedia
2D classificationジョブでは、各イテレーションごとに4種類のSTARファイルが生成されます。run_it<イテレーション番号> をルート名として、_data.star、_model.star、_optimiser.star、_sampling.star と名前が付いています。
_data.star
data_ loop_ _rlnCoordinateX #1 _rlnCoordinateY #2 _rlnAutopickFigureOfMerit #3 _rlnClassNumber #4 _rlnAnglePsi #5 _rlnImageName #6 _rlnMicrographName #7 _rlnMagnification #8 _rlnDetectorPixelSize #9 _rlnCtfMaxResolution #10 _rlnCtfFigureOfMerit #11 _rlnVoltage #12 _rlnDefocusU #13 _rlnDefocusV #14 _rlnDefocusAngle #15 _rlnSphericalAberration #16 _rlnCtfBfactor #17 _rlnCtfScalefactor #18 _rlnPhaseShift #19 _rlnAmplitudeContrast #20 _rlnOriginX #21 _rlnOriginY #22 _rlnGroupNumber #23 _rlnAngleRot #24 _rlnAngleTilt #25 _rlnNormCorrection #26 _rlnLogLikeliContribution #27 _rlnMaxValueProbDistribution #28 _rlnNrOfSignificantSamples #29 3555.794139 406.376473 0.662536 35 125.449124 000001@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000 3.540000 4.632000 0.103875 200.000000 10407.339844 10826.280273 2.460000 1.400000 0.000000 1.000000 0.000000 0.100000 1.302067 -0.69793 1 0.000000 0.000000 2.004590 5253.829275 0.516257 3 3600.947080 485.394120 0.193001 35 -93.92588 000002@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000 3.540000 4.632000 0.103875 200.000000 10407.339844 10826.280273 2.460000 1.400000 0.000000 1.000000 0.000000 0.100000 1.302067 3.302067 1 0.000000 0.000000 1.507015 5225.000115 0.919596 3 (以下略)
新しく現れたパラメータや特記事項があるパラメータについて以下にまとめます。
ラベル名 | 説明 |
---|---|
_rlnCoordinateX, _rlnCoordinateY | 単粒子切り出し元画像内での座標[pixel]。2D classificationではアラインメントを行うが、この値は変化しない。この座標からの単粒子の中心位置ずれは_rlnOriginX, _rlnOriginYで表現される。 |
_rlnClassNumber | 所属確率がもっとも高いクラスの番号。2D classificationの結果割り当てられる。 |
_rlnAnglePsi | 3番目のオイラー角Ψ(面内回転) [度]の値。2D classificationにより推定される。 |
_rlnOriginX, _rlnOriginY | 単粒子画像の回転中心の座標[pixel]。単粒子切り出し時には(0, 0) (+ 何らかの誤差)だが、2D classificationのアラインメントにより(0, 0)以外の値になっている。 |
_rlnGroupNumber | 切り出し元の画像でグループ分けされている。n枚目の画像から切り出されたならばnが割り当てられている。 |
_rlnAngleRot, _rlnAngleTilt | それぞれ1番目(rot)と2番目(tilt)のオイラー角[度]。3Dでの推定をまだ実行していない場合は、0, 0になっている。 |
_rlnNormCorrection | 正規化補正値 |
_rlnLogLikeliContribution | その単粒子の対数尤度関数に対する貢献量 |
_rlnMaxValueProbDistribution | その単粒子の確率質量関数の最大値 |
_rlnNrOfSignificantSamples | Number of orientational/class assignments (for a particle) with sign.probabilities in the 1st pass of adaptive oversampling (所属クラスの割り当てが変更された回数に関係する量?) |