「Display2」の版間の差分

提供: Eospedia
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<td>-geometry</td>  
 
<td>-geometry</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>ウィンドウの初期サイズと位置を設定</td>  
 
<td>1024x1024+0+0</td>  
 
<td>1024x1024+0+0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行101: 行101:
 
</div>  
 
</div>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
  
 +
===-geometry の引数のフォーマット===
 +
<pre>
 +
-geometry (サイズx)x(サイズy)+(座標x)+(座標y)
 +
</pre>
 +
<div>サイズ、座標はどちらかでも可</div>
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[Media:Input-1VOM-N-2D.mrc | 入力ファイル]](2D)の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-N-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-18651.7 (10, 1, 0)<br>
 +
52942.7 (24, 39, 0)<br>
 +
7214.87<br>
 +
10067.6<br>
 +
125.845<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
  
$ Display2 -i example.roi
+
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>左上に入力ファイルの実空間での画像、右上にフーリエ空間での画像が表示される</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">File<br>
 +
File(Seq)<br>
 +
Edit<br>
 +
Window<br>
 +
ROI<br>
 +
Operation<br>
 +
Information<br>
 +
Help<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">ファイル操作<br>
 +
Seqファイル操作<br>
 +
編集<br>
 +
ウィンドウ処理<br>
 +
ROIファイルの作成<br>
 +
画像処理<br>
 +
情報の表示<br>
 +
ヘルプ<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
===オプション -L, -H===
 +
====L=0, H=30000で実行====
 +
<div>-L, -H を対象の値に合わせて設定することで観察したい範囲での表示が出来る。</div>
 +
[[画像:Outdata-LH-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
===オプション -Zoom===
 +
====Zoom=2で実行====
 +
[[画像:Outdata-Zoom-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
===オプション -Inverse===
 +
[[画像:Outdata-Inverse-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
===オプション -geometry===
 +
====geometry=250x350+100+100で実行====
 +
<div>以下のウィンドウがデフォルトのときよりも画面の右下に表示される</div>
 +
[[画像:Outdata-geometry-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
====File メニュー====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-File-Display2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">Open<br>
 +
New<br>
 +
Save Image(PS) As<br>
 +
Save Image(BYTE) As<br>
 +
Extract ROI(REAL) As<br>
 +
Save Canvas(PS) As<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">同じウィンドウでファイルを開く<br>
 +
新規ウィンドウでファイルを開く<br>
 +
PSファイルで保存<br>
 +
バイナリファイルで保存<br>
 +
ROIファイルに展開<br>
 +
画像をPSファイルで保存<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
=====Open=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====New=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====Save Image(PS) As=====
 +
<br>
 +
 
 +
 
 +
=====Save Image(BYTE) As=====
 +
<br>
 +
 
 +
 
 +
=====Extract ROI(REAL) As=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====Save Canvas(PS) As=====
 +
<div>保存したPSファイル(一部)</div>
 +
[[画像:Outdata-File1-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
====File(Seq) メニュー====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-File(Seq)-Display2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">Open<br>
 +
New<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">同じウィンドウでファイルを開く<br>
 +
新規ウィンドウでファイルを開く<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
=====Open=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====New=====
 +
<br>
 +
 
 +
====Edit メニュー====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Edit-Display2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">Cancel<br>
 +
Move<br>
 +
Resize<br>
 +
Rotate<br>
 +
ZoomIn<br>
 +
ZoomOut<br>
 +
ROIInfo<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left"><br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
ズームイン<br>
 +
ズームアウト<br>
 +
<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
=====Cancle=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====Move=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====Resize=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====Rotate=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====ZoomIn=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata-ZoomIn-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
=====ZoomOut=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata-ZoomOut-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
=====ROIInfo=====
 +
[[画像:Outdata-ROIInfo-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
<div>MultiShapeを選択すると、MultiShapeの設定項目が表示される</div>
 +
[[画像:Outdata1-ROIInfo-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
<div>Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される</div>
 +
[[画像:Outdata2-ROIInfo-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
====Window メニュー====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Window-Display2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">New Wondow<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">新規のウィンドウを開く<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
=====New Window=====
 +
[[画像:Outdata1-Window-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
====ROI メニュー====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-ROI-Display2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">Rectangle<br>
 +
Line<br>
 +
Spline<br>
 +
Create<br>
 +
ZoomIn<br>
 +
ZoomOut<br>
 +
MultiROI<br>
 +
SizeLock<br>
 +
ROIInfo<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">矩形サイズで切り出す<br>
 +
直線で切り出す<br>
 +
スプライン曲線で切り出す<br>
 +
<br>
 +
ズームイン<br>
 +
ズームアウト<br>
 +
ROIファイルの複数切り出し<br>
 +
<br>
 +
ROI情報を表示<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
=====Rectangle=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====Line=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====Spline=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====Create=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====ZoomIn=====
 +
[[Display2#実行例#Editメニュー#ZoomIn|Editメニューと同様]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
=====ZoomOut=====
 +
[[Display2#実行例#Editメニュー#ZoomOut|Editメニューと同様]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
=====MultiROI=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====SizeLock=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====ROIInfo=====
 +
[[Display2#実行例#Editメニュー#ROIInfo|Editメニューと同様]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
====Operation メニュー====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Operation-Display2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">fft2d<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">FFT処理を行う<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
=====fft2d=====
 +
<br>
 +
 
 +
====Information メニュー====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Information-Display2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">Display2 Info<br>
 +
mrcImage Info<br>
 +
Image Info<br>
 +
Roi Info<br>
 +
LayerLine Info<br>
 +
Projection Info<br>
 +
Section Info<br>
 +
CTF Info<br>
 +
UnitCell Info<br>
 +
Scale Info<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left"><br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
=====Display2 Info=====
 +
[[画像:Outdata1-Information-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
=====mrcImage Info=====
 +
[[画像:Outdata2-Information-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
=====Image Info=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====Roi Info=====
 +
[[Display2#実行例#Editメニュー#ROIInfo|Editメニューと同様]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
=====LayerLine Info=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====Projection Info=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====Scetion Info=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====CTF Info=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====UnitCell Info=====
 +
[[画像:Outdata3-Information-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
=====Scale Info=====
 +
<br>
 +
 
 +
====Help メニュー====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Help-Display2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">Help<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">ヘルプ<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年2月24日 (月) 05:32時点における版

Display2とは、Eosにおける画像表示のためのコマンドです。画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、3Dのデータの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル設定: mrcImage NULL
-t 選択 入力ファイルのテンプレート 85.roi
-o 選択 ログファイル .EosLog
-L 選択 LowThreshold 0.0(設定しないと使われない)
-H 選択 HighThreshold 0.0(設定しないと使われない)
-Zoom 選択 倍率 1.0
-Inverse 選択 設定すると、白黒が反転する
-display 選択 :0.0
-geometry 選択 ウィンドウの初期サイズと位置を設定 1024x1024+0+0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-Lと-Hは設定されない場合には、中心の64x64の画像からコントラストの推定を行う

モードの詳細

モード 説明
0


-geometry の引数のフォーマット

-geometry (サイズx)x(サイズy)+(座標x)+(座標y)
サイズ、座標はどちらかでも可


実行例

入力ファイル(2D)の画像

Input-1VOM-N-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0)

52942.7 (24, 39, 0)
7214.87
10067.6

125.845


オプション必須項目のみの場合

左上に入力ファイルの実空間での画像、右上にフーリエ空間での画像が表示される
Outdata-Display2.png

File

File(Seq)
Edit
Window
ROI
Operation
Information

Help

ファイル操作

Seqファイル操作
編集
ウィンドウ処理
ROIファイルの作成
画像処理
情報の表示

ヘルプ


オプション -L, -H

L=0, H=30000で実行

-L, -H を対象の値に合わせて設定することで観察したい範囲での表示が出来る。

Outdata-LH-Display2.png

オプション -Zoom

Zoom=2で実行

Outdata-Zoom-Display2.png

オプション -Inverse

Outdata-Inverse-Display2.png

オプション -geometry

geometry=250x350+100+100で実行

以下のウィンドウがデフォルトのときよりも画面の右下に表示される

Outdata-geometry-Display2.png

File メニュー

Outdata-File-Display2.png

Open

New
Save Image(PS) As
Save Image(BYTE) As
Extract ROI(REAL) As

Save Canvas(PS) As

同じウィンドウでファイルを開く

新規ウィンドウでファイルを開く
PSファイルで保存
バイナリファイルで保存
ROIファイルに展開

画像をPSファイルで保存


Open


New


Save Image(PS) As



Save Image(BYTE) As



Extract ROI(REAL) As


Save Canvas(PS) As
保存したPSファイル(一部)

Outdata-File1-Display2.png

File(Seq) メニュー

Outdata-File(Seq)-Display2.png

Open
New

同じウィンドウでファイルを開く
新規ウィンドウでファイルを開く


Open


New


Edit メニュー

Outdata-Edit-Display2.png

Cancel

Move
Resize
Rotate
ZoomIn
ZoomOut

ROIInfo





ズームイン
ズームアウト



Cancle


Move


Resize


Rotate


ZoomIn
Outdata-Display2.png -> Outdata-ZoomIn-Display2.png


ZoomOut
Outdata-Display2.png -> Outdata-ZoomOut-Display2.png


ROIInfo

Outdata-ROIInfo-Display2.png

MultiShapeを選択すると、MultiShapeの設定項目が表示される

Outdata1-ROIInfo-Display2.png

Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される

Outdata2-ROIInfo-Display2.png

Window メニュー

Outdata-Window-Display2.png

New Wondow

新規のウィンドウを開く


New Window

Outdata1-Window-Display2.png

ROI メニュー

Outdata-ROI-Display2.png

Rectangle

Line
Spline
Create
ZoomIn
ZoomOut
MultiROI
SizeLock

ROIInfo

矩形サイズで切り出す

直線で切り出す
スプライン曲線で切り出す

ズームイン
ズームアウト
ROIファイルの複数切り出し

ROI情報を表示


Rectangle


Line


Spline


Create


ZoomIn

Editメニューと同様

ZoomOut

Editメニューと同様

MultiROI


SizeLock


ROIInfo

Editメニューと同様

Operation メニュー

Outdata-Operation-Display2.png

fft2d

FFT処理を行う


fft2d


Information メニュー

Outdata-Information-Display2.png

Display2 Info

mrcImage Info
Image Info
Roi Info
LayerLine Info
Projection Info
Section Info
CTF Info
UnitCell Info

Scale Info












Display2 Info

Outdata1-Information-Display2.png

mrcImage Info

Outdata2-Information-Display2.png

Image Info


Roi Info

Editメニューと同様

LayerLine Info


Projection Info


Scetion Info


CTF Info


UnitCell Info

Outdata3-Information-Display2.png

Scale Info


Help メニュー

Outdata-Help-Display2.png

Help

ヘルプ