Display2

提供: Eospedia
2014年3月20日 (木) 01:49時点におけるKinoshita (トーク | 投稿記録)による版

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Display2とは、Eosにおける画像表示のためのコマンドです。画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、3Dのデータの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル設定: mrcImage NULL
-t 選択 入力ファイルのテンプレート 85.roi
-o 選択 ログファイル .EosLog
-L 選択 LowThreshold 0.0(設定しないと使われない)
-H 選択 HighThreshold 0.0(設定しないと使われない)
-Zoom 選択 倍率 1.0
-Inverse 選択 設定すると、白黒が反転する
-display 選択 :0.0
-geometry 選択 ウィンドウの初期サイズと位置を設定 1024x1024+0+0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-Lと-Hは設定されない場合には、中心の64x64の画像からコントラストの推定を行う


モードの詳細

モード 説明
0


-geometry の引数のフォーマット

-geometry (サイズx)x(サイズy)+(座標x)+(座標y)
サイズ、座標はどちらかでも可


実行例

入力ファイル(2D)の画像

Input-1VOM-N-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0)

52942.7 (24, 39, 0)
7214.87
10067.6

125.845


オプション必須項目のみの場合

Outdata-Display2.png

File

File(Seq)
Edit
Window
ROI
Operation
Information

Help

ファイル操作

Seqファイル操作
編集
ウィンドウ処理
ROIファイルの作成
画像処理
情報の表示

ヘルプ


オプション -L, -H

L=0, H=30000で実行

-L, -H を対象の値に合わせて設定することで観察したい範囲での表示ができる

Outdata-LH-Display2.png

オプション -Zoom

Zoom=2で実行

Outdata-Zoom-Display2.png

オプション -Inverse

Outdata-Inverse-Display2.png

オプション -geometry

geometry=250x350+100+100で実行

以下のウィンドウがデフォルトのときよりも画面の右下に表示される

Outdata-geometry-Display2.png

Fileメニュー

Outdata-File-Display2.png

Open

New
Save Image(PS) As
Save Image(BYTE) As
Extract ROI(REAL) As
Save Canvas(PS) As

Exit

同じウィンドウでファイルを開く

新規ウィンドウでファイルを開く
PSファイルで保存
バイナリファイルで保存(未実装)
ROIファイルに展開
画像をPSファイルで保存

終了


Open


New


Save Image(PS) As



Save Image(BYTE) As



Extract ROI(REAL) As


Save Canvas(PS) As

保存したPSファイル

Outdata-File1-Display2.png

File(Seq)メニュー

Outdata-File(Seq)-Display2.png

Open
New

同じウィンドウでファイルを開く
新規ウィンドウでファイルを開く


Open


New


Editメニュー

Outdata-Edit-Display2.png

Cancel

Move
Resize
Rotate
ZoomIn
ZoomOut

ROIInfo

選択範囲の取り消し

選択範囲の移動
選択範囲のサイズ変更
選択範囲の回転
ズームイン
ズームアウト



Cancle

選択範囲を取り消す
Outdata1-Display2.png -> Outdata-Cancle-Display2.png


Move

ドラッグにより移動ができる
Outdata1-Display2.png -> Outdata-Move-Display2.png


Resize

ドラッグによりサイズ変更ができる
Outdata1-Display2.png -> Outdata-Resize-Display2.png


Rotate

ドラッグにより回転ができる
Outdata1-Display2.png -> Outdata-Rotate-Display2.png


ZoomIn

元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で拡大表示する
Outdata-Display2.png -> Outdata-ZoomIn-Display2.png


ZoomOut

元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で縮小表示する
Outdata-Display2.png -> Outdata-ZoomOut-Display2.png


ROIInfo

Outdata-ROIInfo-Display2.png

Extract
設定した範囲やサイズでROIファイルを出力する
出力ファイルの画像
Outdata-Extract-Display2.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10973.5 (23, 0, 0)

52942.7 (19, 34, 0)
12818.1
10974.8

304.857


MultiShapeを選択すると、MultiShapeの設定項目が表示される

Outdata1-ROIInfo-Display2.png

Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される

Outdata2-ROIInfo-Display2.png

Windowメニュー

Outdata-Window-Display2.png

New Wondow

新規のウィンドウを開く


New Window

Outdata1-Window-Display2.png

ROIメニュー

Outdata-ROI-Display2.png

Rectangle

Line
Spline
Create
ZoomIn
ZoomOut
MultiROI
SizeLock

ROIInfo

矩形サイズで切り出す

直線で切り出す
スプライン曲線で切り出す

ズームイン
ズームアウト
ROIファイルの複数切り出し

ROI情報を表示


Rectangle


Line


Spline


Create


ZoomIn

Editメニューと同様

ZoomOut

Editメニューと同様

MultiROI


SizeLock


ROIInfo

Editメニューと同様

Operationメニュー

Outdata-Operation-Display2.png

fft2d

FFT処理を行う


fft2d


Informationメニュー

Outdata-Information-Display2.png

Display2 Info

mrcImage Info
Image Info
Roi Info
LayerLine Info
Projection Info
Section Info
CTF Info
UnitCell Info

Scale Info












Display2 Info

Outdata1-Information-Display2.png

mrcImage Info

Outdata2-Information-Display2.png

Image Info

クリックした箇所のデータが得られる

Outdata4-Information-Display2.png

Roi Info

Editメニューと同様

LayerLine Info


Projection Info


Scetion Info


CTF Info


UnitCell Info

Outdata3-Information-Display2.png

Scale Info


Helpメニュー

Outdata-Help-Display2.png

Help

ヘルプ