「EMPIARからのデータダウンロード方法」の版間の差分

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(Aspera connectのインストール)
(ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード)
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== ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード ==
 
== ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード ==
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[https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/faq#question_CLDownload EMPIAR公式]でも説明されていますが、
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例えばEMPIAR-10019のデータセットをダウンロードしたければ、例えば以下の様にします。各オプションの意味はascp -hで確認ください。
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~/.aspera/connect/bin/ascp -QT -k3 -I 1G -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext@fasp.ebi.ac.uk:archive/10019 <保存先ディレクトリ>
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2019年5月21日 (火) 01:52時点における版

Aspera connectのインストール

Aspera connectはIBMが提供しているデータダウンロードツールです。

Linuxの場合

Aspera connectのウェブサイトからLinux用のパッケージをダウンロードします。

2019年5月21日時点では ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz が最新でした。

tar.gzを展開すると、ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh というインストールスクリプトが出てきます。以下コマンドでインストールできます。

$ ./ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh

Installing IBM Aspera Connect

Deploying IBM Aspera Connect (/home/kttn/.aspera/connect) for the current user only.

Install complete.

$HOME/.aspera/connect/bin にパスを通すなりして使います。

ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード

EMPIAR公式でも説明されていますが、

例えばEMPIAR-10019のデータセットをダウンロードしたければ、例えば以下の様にします。各オプションの意味はascp -hで確認ください。

~/.aspera/connect/bin/ascp -QT -k3 -I 1G -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext@fasp.ebi.ac.uk:archive/10019 <保存先ディレクトリ>