「EMPIARからのデータダウンロード方法」の版間の差分
提供: Eospedia
(→Aspera connectのインストール) |
(→ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード) |
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== ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード == | == ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード == | ||
+ | [https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/faq#question_CLDownload EMPIAR公式]でも説明されていますが、 | ||
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+ | 例えばEMPIAR-10019のデータセットをダウンロードしたければ、例えば以下の様にします。各オプションの意味はascp -hで確認ください。 | ||
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+ | ~/.aspera/connect/bin/ascp -QT -k3 -I 1G -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext@fasp.ebi.ac.uk:archive/10019 <保存先ディレクトリ> | ||
+ | </pre> |
2019年5月21日 (火) 01:52時点における版
Aspera connectのインストール
Aspera connectはIBMが提供しているデータダウンロードツールです。
Linuxの場合
Aspera connectのウェブサイトからLinux用のパッケージをダウンロードします。
2019年5月21日時点では ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz が最新でした。
tar.gzを展開すると、ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh というインストールスクリプトが出てきます。以下コマンドでインストールできます。
$ ./ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh Installing IBM Aspera Connect Deploying IBM Aspera Connect (/home/kttn/.aspera/connect) for the current user only. Install complete.
$HOME/.aspera/connect/bin にパスを通すなりして使います。
ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード
EMPIAR公式でも説明されていますが、
例えばEMPIAR-10019のデータセットをダウンロードしたければ、例えば以下の様にします。各オプションの意味はascp -hで確認ください。
~/.aspera/connect/bin/ascp -QT -k3 -I 1G -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext@fasp.ebi.ac.uk:archive/10019 <保存先ディレクトリ>