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A. ＣＣＤやフィルム上に存在したゴミやホットスポットのために生じます。それらは異常に大きい値もしくは小さい値をとっている場合が多いです。そうした値をとるには、[[mrcImageAbnormalValueRemove]]、もしくは、[[mrcImageCCDNoiseRemove]]を利用することが出来ます。 | A. ＣＣＤやフィルム上に存在したゴミやホットスポットのために生じます。それらは異常に大きい値もしくは小さい値をとっている場合が多いです。そうした値をとるには、[[mrcImageAbnormalValueRemove]]、もしくは、[[mrcImageCCDNoiseRemove]]を利用することが出来ます。 | ||
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A. デジタル画像では、画像が繰り返していることになるためです。 | A. デジタル画像では、画像が繰り返していることになるためです。 | ||
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=== Q.1 X11上でEosのDisplay2やctfDisplayでキーボードの入力ができません。どうすれば良いでしょう。=== | === Q.1 X11上でEosのDisplay2やctfDisplayでキーボードの入力ができません。どうすれば良いでしょう。=== | ||
A. 入力メソッドとして全てのソフトウェアで利用できる設定になっていますか。入力メソッドの設定の中に「全てのアプリケーションで利用する」のチェックを入れてみて下さい。 | A. 入力メソッドとして全てのソフトウェアで利用できる設定になっていますか。入力メソッドの設定の中に「全てのアプリケーションで利用する」のチェックを入れてみて下さい。 | ||
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| + | A. gccのバージョンによってはデフォルトでインライン関数の定義が残るように設定されている可能性があります。gccを含む記述をgcc -std=gnu90にしてみて下さい。具体的に変更するファイルは $EOS_HOME/src/XXXX.incです。(XXXXは使用しているOSのタイプです。)<br> | ||
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2013年10月23日 (水) 01:41時点における版
FAQでは、Eosに関して、よくある質問をまとめています。
粒子の抽出
Q.1 粒子を切り出すには何を使いますか.
A. Display2を使います。その詳細はDisplay2による粒子抽出を参考にして下さい。
前処理・後処理
Q.1 ノイズが多く、分子がよく見えないときにどうすればよいですか？
A. ノイズが多い画像からノイズをとるにはいくつかの方法（ノイズ除去）があります。平滑化の処理を行います。らせん対称性などの対称性がある画像の場合には、対称性に則った平均化を行います。
Q.2 ＣＴＦ補正を行うとリング上の構造が現れます。
A. ＣＣＤやフィルム上に存在したゴミやホットスポットのために生じます。それらは異常に大きい値もしくは小さい値をとっている場合が多いです。そうした値をとるには、mrcImageAbnormalValueRemove、もしくは、mrcImageCCDNoiseRemoveを利用することが出来ます。
Q.3 ＣＴＦ補正を行うと周辺から縞模様が現れます。
A. デジタル画像では、画像が繰り返していることになるためです。
画像の比較
Q.1 画像（1D, 2D, 3D)の比較をしたいのですが、どんなコマンドがありますか？
A. mrcImageSubtractionにより減算した結果を出すことができます。また、このコマンドでは、RMSD(root mean square deviation)を計算するとも出来ます。 もし、二つの画像間で、密度の一次変換を行い、一方の密度にもっともあう密度に変換した後、比較したい場合には、mrcImageNormalizedSubtractionを利用することが出来ます。
並列計算
Q.1 Eosのsmall commandsは、並列計算することが出来ますか。
A. できるコマンドもあります。
ハードウェアの設定
Q.1 X11上でEosのDisplay2やctfDisplayでキーボードの入力ができません。どうすれば良いでしょう。
A. 入力メソッドとして全てのソフトウェアで利用できる設定になっていますか。入力メソッドの設定の中に「全てのアプリケーションで利用する」のチェックを入れてみて下さい。
コンパイル関連
Q.1 コンパイル時にduplicateエラーが発生し、コマンドが作成されません。
A. gccのバージョンによってはデフォルトでインライン関数の定義が残るように設定されている可能性があります。gccを含む記述をgcc -std=gnu90にしてみて下さい。具体的に変更するファイルは $EOS_HOME/src/XXXX.incです。(XXXXは使用しているOSのタイプです。)
例. x86Mac64.incの場合
変更前 変更後 CC = gcc CC = gcc -std=gnu90 SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic
