Image Metadata Files
SerialEMは、画像のメタデータをIMOD "autodoc" フォーマットでテキストファイルに保存する。
この形式は、キーワードと値のペアをセクションと呼ばれるブロックに整理したものである。
このセクションには、さまざまな種類のデータが含まれているが、
SerialEMのファイルでは、基本的に1種類のセクションしか使用しない。
セクションは、大括弧付きのキーと値のペアで始まります。
[セクションタイプ = 名前]。
ここで、セクションの「名前」または値は通常一意ですが、IMOD autodocリーダーではそうである必要はありません。 セクションヘッダ以下の行は、次のような形式になっています。
キー = 値
という形式のセクションヘッダ以下の行は、そのセクションに関連するデータを提供します。 さらに、キーと値のペアは、セクション・ヘッダの前のファイルの最初に現れることがあり、これらはグローバル値として参照されます。
すべての値はオートドキュメントファイルにテキスト文字列として保存されますが、特定の種類の情報を期待するソフトウェアは、これらの文字列を1つまたは複数の浮動小数点または整数値に変換することがよくあります。 IMOD ライブラリ libcfshr の autodoc モジュールには、1 つ、2 つ、3 つ、または多数の浮動小数点または整数値をファイルの指定セクションに格納または取得するための関数が含まれています。 autodoc形式がSerialEMに選ばれた理由は、このライブラリがすぐに利用できること、このような関数を利用すると便利なこと、IMODのautodoc読込み機能との互換性があること、などです。
SerialEMが生成する画像関連autodocファイルには2種類あります。
1) ".mdoc "ファイルは、MRCファイルに関するデータを提供し、画像ファイルと同じ名前ですが、拡張子が".mdoc "になっています。 セクションタイプは "ZValue "で、各セクションの名前はファイル内の画像のZ値で、0から順に番号が付けられています。
2) 一連の単一画像TIFFファイルをMRCファイルと同様に扱うための情報を提供する".idoc "ファイル。 ここでのセクションタイプは "Image "で、各セクションの名称はTIFFファイルの名称である。
グローバルデータは、MRCファイルのヘッダーにある情報の一部を複製したものです。 また、MRCファイルのタイトルは "T "型のセクションヘッダに格納されます。
SerialEMが使用するIMODライブラリは、HDFファイルのメタデータにアクセスするために同じ内部オートドック構造を使用します。 したがって、これらのメタデータ情報をすべてautodoc形式のテキストファイルに抽出することは、次のようなコマンドで簡単にできます。
extracttilts -attr filename.hdf filename.hdf.mdoc のようなコマンドで、これらのメタデータ情報をオートドック形式のテキストファイルに抽出することができます。
Navigator File for serialEM
SerialEM Navigator File
下記の翻訳に なります。
[[1]]
SerialEM 3.6では、Navigatorの出力が1項目につき1行のタブ区切り形式からオートドック形式に変更され、代わりにXMLとして出力するオプションが追加されている。
XMLやautodocファイルは、以前のバージョンのタブ区切りファイルと同様に、読み挙げることができる。
グローバル・データは2行あります。
AdocVersion = x.xx
LastSavedAs = xy.nav
という2行のグローバルデータがあり、2行目は最後に保存したときのファイルの完全な絶対パスとファイル名である。
次に、各項目は'Item'タイプのセクションにあり、そのラベル文字列を値として持つ。
次の表は、セクションに出現するすべてのキー、期待される値の種類、それが必須かどうか、必須でない場合はどのようなデフォルト値が設定されるかを示したものである。
| Key |
Type of value |
Default value, or Required |
CMapDrawItem member(s) |
Description
|
Color |Integer Req mColor Color index (0-5)
StageXYZ Three Floats Req (unless external) mStageX/Y/Z Stage position adjusted for current mag
NumPts Integer Req mNumPoints Number of points
Corner Integer 0 mCorner Flag for corner point
Draw Integer 1 mDraw Flag to draw
RegPt Integer 0 mRegPoint Registration point number
Regis Integer Req mRegistration Registration at which item exists
Type Integer Req mType Type: 0-2 for point, polygon, map
Note String blank mNote Note string
GroupID Integer 0 mGroupID ID of group thatitem belongs to
PolyID Integer 0 mPolygonID ID of polygon used to define supermontage
FitToPolygonID Integer 0 mFitToPolygonID ID of polygon that this montage map was fit to
Imported Integer 0 mImported Indicator of an imported map or point drawn on one
RegisteredToID Integer 0 mRegisteredToID For an imported map, ID of map that it was registered to for transforming
SuperMontXY Two Integers -1,-1 SuperMontX/Y Camera coordinate of a montage in supermontage
OrigReg Integer Regis mOriginalReg Original registration (default is Registration)
DrawnID Integer 0 mDrawnOnMapID ID of map point/polygon was drawn on
BklshXY Two Floats 0,0 mBacklashX/Y Backlash when a montage was taken or associated with item
SamePosId Integer 0 mAtSamePosID Items with this matching were taken at same raw stage position
RawStageXY Two Floats -10000,-10000 mRawStageX/Y Raw stage position before adjustments
Acquire Integer 0 mAcquire Flag for acquiring
PieceOn Integer -1 mPieceDrawnOn Index of montage piece item was drawn on (piece_#_in_X * #_of_pieces_in_Y + piece_#_in_Y), or index |-
of nearest piece if item is on a missing piece, in which case XYinPc will not be written to file.
XYinPc Two Floats -1,-1 mX/YinPiece X,Y coordinates in the montage piece, in right-handed pixels of stored montage
MapFile String Req if Map mMapFile Full or relative path of map file (see Read & Open)
MapID Integer Req if Map mMapID Unique ID (all items get one, not just maps)
FocusAxisPos Float -1.e8 mFocusAxisPos Stored position of Focus area on inter-area axis
LDAxisAngle Two integers 0,0 mRotateFocusAxis, mFocusAxisAngle First value: 1 to rotate inter-area axis from tilt axis, 0 not to; second |-
value: angle of rotation
FocusOffsets Two Floats 0,0 mFocusX/Yoffset Offset of focus subarea in X and Y in unbinned pixels (Y inverted)
HoleArray Two integers 0,0 mNumX/Yholes # of positions in X and Y for multiple Record
SkipHoles List of integers none mSkipHolePos Pairs of X,Y indexes for positions to skip from that array specified in HoleArray. |-
Positions are numbered from 0 at lower-left in stage coordinates
TSstartEndAngles Two Floats -1.e8,-1.e8 mTSstartAngle, mTSendAngle Starting and ending angles of range for tilt series item
TSbidirAngle Float -1.e8 mTSbidirAngle Bidirectional starting angle for tilt series item
TargetDefocus Float -1.e8 mTargetDefocus Target defocus for Acquire or tilt series item
FileToOpen String none mFileToOpen Name of file to open for Acquire or tilt series item
TSParamIndex Integer -1 mTSParamIndex Index of into parameter array for tilt series
MontParamIndex Integer -1 mMontParamIndex Index into array of parameters for montages to open
FilePropIndex Integer -1 mFilePropIndex Index into array of file options for file to open
MapMontage Integer Req if Map mMapMontage Flag that map is a montage
MapSection Integer Req if Map mMapSection Section number in file
MapBinning Integer Req if Map mMapBinning Binning at which map was taken, or of initial overview map image for montage
MapMagInd Integer Req if Map mMapMagInd Magnification index of map, or of non-map image a point or polygon was drawn on
MapCamera Integer Req if Map mMapCamera Camera index
MapScaleMat Four Floats Req if Map mMapScaleMat Stage to pixel scale matrix for drawing, based on pixels of initial map image. For |-
montage, needs to be adjusted by ratio of currently loaded map width/height to initial map width/height
MapWidthHeight Two Integers Req if Map mMapWidth/Height Size of initial map image at which scale matrix was defined
MapMinMaxScale Two Floats 0,0 mMapMin/MaxScale Min and max scale values of image when map was defined
MapFramesXY Two Integers 0,0 mMapFramesX/Y Number of montage frames when acquired
MontBinning Integer 0 mMontBinning Actual binning of montage used to make the map
MapExposure Float 0. mMapExposure Exposure time for original map images
MapSettling Float 0. mMapSettling Drift settling
ShutterMode Integer -1 mShutterMode Shutter mode
K2ReadMode Integer 0 mK2ReadMode Read mode for K2/K3 camera
MapSpotSize Integer 0 mMapSpotSize Spot size at which map was taken
MapIntensity Double 0 mMapIntensity Intensity at which map was taken
MapSlitIn Integer 0 mMapSlitIn Filter slit state when map was taken
MapSlitWidth Float -1. mMapSlitWidth Filter slit width when map was taken
RotOnLoad Integer 0 mRotOnLoad Flag to rotate when load
RealignedID Integer 0 mRealignedID ID of lower mag map with nearby realign error
RealignErrXY Two Floats 0,0 mRealignErrX/Y Final stage error of that realign operation
LocalErrXY Two Floats 0,0 mLocalRealiErrX/Y Error in second round of realign operation
RealignReg Integer 0 mRealignReg Original registration of that realign
ImageType Integer 0 mImageType Map file type 0-3 for MRC, IMOD, TIFF, IDOC
MontUseStage Integer -1 mMontUseStage 1 if montage was taken with stage, 0 if not, -1 if unknown
DefocusOffset Float 0. mDefocusOffset Defocus offset for map based on View images
K2ReadMode Integer 0 mK2ReadMode Read mode for K2/K3 camera
NetViewShiftXY Two Floats 0,0 mNetViewShiftX/Y Net IS offset for a View image map
MapAlpha Integer -999 mMapAlpha JEOL alpha value
ViewBeamShiftXY Two Floats 0,0 mViewBeamShiftX/Y Incremental beam shift to apply for a View map
ViewBeamTiltXY Two Floats 0,0 mViewBeamTiltX/Y Incremental beam tilt to apply for a View map
M|apProbeMode Integer -1 mMapProbeMode Probe mode (0 for nano, 1 for micro)
MapLDConSet Integer -1 mMapLowDoseConSet Set # (0-4) used for map taken in low dose
MapTiltAngle Float -10000. mMapTiltAngle Tilt angle at which map was taken
PtsX NumPts Floats Req mPtX X stage cordinates of points
PtsY NumPts Floats Req mPtY Y stage cordinates of points
UserValueN String none mUserValueMap Arbitrary value set by script; N is # (currently1-8)
BaseMarkerShift - a section containing a stored shift from Shift to Marker (names are from BaseMarkerShift structure).
FromMag Integer fromMagInd Mag index of map item was marked on
ToMag Integer toMagInd Mag index of image with marker point
ShiftX Float shiftX X component of shift in microns
ShiftY Float shiftY Y component of shift in microns
T|SParam - a section containing tilt series parameters. See TiltSeriesParam.h in the source code for a description of each item.
MontParam - a section containg montage parameters. See MontageParam.h in the source code for a description of each item.
FileOptions - a section containing properties for opening a file. See FileOptions.h in the source code in case this has descriptions.
