「Gautomatch」の版間の差分
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テンプレート有もしくは無の条件で,クライオ電子顕微鏡の画像から,精確に,高速に,柔軟に,かつ,十分に自動的に粒子抽出を行うことができるソフトウェア。GPUにより加速されている。 | テンプレート有もしくは無の条件で,クライオ電子顕微鏡の画像から,精確に,高速に,柔軟に,かつ,十分に自動的に粒子抽出を行うことができるソフトウェア。GPUにより加速されている。 | ||
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+ | | 粒子のテンプレート(MRCのスタックファイル),提供されない場合は,自動生成する。 | ||
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+ | | -apixT | ||
+ | | 1.34 | ||
+ | | 粒子のテンプレート画像のピクセルサイズ(A) | ||
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+ | {| class="wikitable" | ||
+ | |+ 付加的なオプション | ||
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+ | ! default | ||
+ | ! 説明 | ||
+ | |- | ||
+ | | --ang_step | ||
+ | | 5 | ||
+ | | 角度ステップ(但,テンプレートが設定された場合),自動でテンプレートを生成する場合には無効 | ||
+ | |- | ||
+ | | --speed | ||
+ | | 2 | ||
+ | | 高速化レベル[0, 1, 2, 3, 4], 大きい値になるほど,より高速化されるが,精度が下がる。 | ||
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+ | | --boxsize | ||
+ | | 128 | ||
+ | | BOXの大きさ(pix) | ||
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+ | | --min_dist | ||
+ | | 300 | ||
+ | | 粒子間の最小距離(A) | ||
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+ | == 参照 == | ||
+ | 下記のHPを参照 | ||
https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/ | https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/ |
2019年6月15日 (土) 07:12時点における最新版
Gautomatch'
テンプレート有もしくは無の条件で,クライオ電子顕微鏡の画像から,精確に,高速に,柔軟に,かつ,十分に自動的に粒子抽出を行うことができるソフトウェア。GPUにより加速されている。
使い方
$ Gautomatch [options] <micrographs>
option | default | 説明 |
---|---|---|
-apixM | 1.34 | ピクセルサイズ(A) |
-diameter | 400 | 粒子の直径(A) |
-T | NONE | 粒子のテンプレート(MRCのスタックファイル),提供されない場合は,自動生成する。 |
-apixT | 1.34 | 粒子のテンプレート画像のピクセルサイズ(A) |
option | default | 説明 |
---|---|---|
--ang_step | 5 | 角度ステップ(但,テンプレートが設定された場合),自動でテンプレートを生成する場合には無効 |
--speed | 2 | 高速化レベル[0, 1, 2, 3, 4], 大きい値になるほど,より高速化されるが,精度が下がる。 |
--boxsize | 128 | BOXの大きさ(pix) |
--min_dist | 300 | 粒子間の最小距離(A) |
参照
下記のHPを参照
https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/