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 テンプレート有もしくは無の条件で,クライオ電子顕微鏡の画像から,精確に,高速に,柔軟に,かつ,十分に自動的に粒子抽出を行うことができるソフトウェア。GPUにより加速されている。
 
 テンプレート有もしくは無の条件で,クライオ電子顕微鏡の画像から,精確に,高速に,柔軟に,かつ,十分に自動的に粒子抽出を行うことができるソフトウェア。GPUにより加速されている。
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== 使い方 ==
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$ Gautomatch [options] <micrographs>
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{| class="wikitable"
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|+ 基本のオプション
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! option
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! default
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! 説明
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| -apixM
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| 1.34
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| ピクセルサイズ(A)
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| -diameter
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| 400
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| 粒子の直径(A)
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| -T
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| NONE
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| 粒子のテンプレート(MRCのスタックファイル),提供されない場合は,自動生成する。
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| -apixT
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| 1.34
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| 粒子のテンプレート画像のピクセルサイズ(A)
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|}
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{| class="wikitable"
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|+ 付加的なオプション
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! option
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! default
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! 説明
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|-
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| --ang_step
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| 5
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| 角度ステップ(但,テンプレートが設定された場合),自動でテンプレートを生成する場合には無効
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| --speed
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| 2
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| 高速化レベル[0, 1, 2, 3, 4], 大きい値になるほど,より高速化されるが,精度が下がる。
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|-
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| --boxsize
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| 128
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| BOXの大きさ(pix)
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| --min_dist
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| 300
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| 粒子間の最小距離(A)
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|}
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== 参照 ==
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下記のHPを参照
  
 
https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/
 
https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/

2019年6月15日 (土) 07:12時点における最新版

Gautomatch'

 テンプレート有もしくは無の条件で,クライオ電子顕微鏡の画像から,精確に,高速に,柔軟に,かつ,十分に自動的に粒子抽出を行うことができるソフトウェア。GPUにより加速されている。

使い方

$ Gautomatch [options] <micrographs>
基本のオプション
option default 説明
-apixM 1.34 ピクセルサイズ(A)
-diameter 400  粒子の直径(A)
-T NONE 粒子のテンプレート(MRCのスタックファイル),提供されない場合は,自動生成する。
-apixT 1.34 粒子のテンプレート画像のピクセルサイズ(A)
付加的なオプション
option default 説明
--ang_step 5 角度ステップ(但,テンプレートが設定された場合),自動でテンプレートを生成する場合には無効
--speed 2 高速化レベル[0, 1, 2, 3, 4], 大きい値になるほど,より高速化されるが,精度が下がる。
--boxsize 128 BOXの大きさ(pix)
--min_dist 300 粒子間の最小距離(A)


参照

下記のHPを参照

https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/