「Imaris」の版間の差分

2022年3月22日 (火) 20:39時点における版

Imarisは，汎用の蛍光画像等の表示・解析ツールです。

Imaris Format

[https://imaris.oxinst.com/support/imaris-file-format]から翻訳し，一部情報を追加したものです。

　Ｉmarisファイルフォーマットは、非常に大きな画像を高速に視覚化できるように設計されています。この目的のために、オリジナルの画像データだけでなく、オリジナルデータの低解像度バージョンも保存されます。これにより、可視化ソフトは低解像度のデータだけで十分な場合に、そのデータを読み込むことができます。また、高速に可視化するために、Imarisファイルフォーマットは画像データを連続した3Dチャンク（3Dブロックのhdf用語）で保存し、可視化ソフトウェアが視野内にあるデータのみをロードすることを可能にします。多解像度構造とチャンク単位での保存レイアウトは、この高性能ファイルフォーマットの基礎となっています。

概要 　このファイルフォーマットは、イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校の国立スーパーコンピューティング・アプリケーションズセンターが開発した標準的なHDF5（Hierarchical Data Format 5）をベースにしています。これにより、広く利用可能なHDF5ライブラリやツールを使用することができます。 　Imaris 5.5ファイルは、主に3種類の画像のグループ（またはフォルダ）で構成されています。 　　データセット(DataSet)。データセット：画像自身（すべてのスライス、チャンネル、タイムポイント、解像度レベルを含む） 　　DataSetInfo：画像のメタデータ情報(ボクセルサイズなど) 　　Thumbnail: 画像の2Dサムネイル。

　追加のグループには、「Imaris Scene」が含まれる場合があります。 　　SceneまたはScene8：サーパスオブジェクト、アノテーションなど。

このドキュメントでは、グループ、アトリビュート、データセットという用語は、HDF5のドキュメントで与えられている概念を参照しています。パスが与えられている場合（/DataSet/ResolutionLevel 12）、対応するグループとサブグループを開く必要があります。

　以前の "Imaris Classic "と "Imaris3 "ファイルフォーマットは、HDF5の仕様に基づいていないため、このドキュメントでは説明されていません。

ツールおよびリソース

　Bitplaneは、HDF5ファイルを読み書きするためのバックエンドとして、HDF GroupのHDF5ライブラリを使用します。HDF5ファイルフォーマットについて読むには、HDF5グループのウェブサイト（[http://www.hdfgroup.org/HDF5/ ]）が良い出発点となります。HDFグループは、そのライブラリをオープンソースとして無償で提供しています。HDF5リーダー/ライターを自作するよりも、このライブラリーを利用することをお勧めします。

　また、HDF Groupはライブラリとともに有用なツールも提供している。注目すべきは、JavaベースのHDFファイルインスペクターであるHDFViewです。これは、ここから無料でダウンロードできます。

　HDFViewを使って、IMSファイルのサンプルを見て、ファイル形式を理解することを強くお勧めします。

構造

　Imaris 5.5のファイル構造は、ルートの「フォルダ」と、DataSet、DataSetInfo、Thumbnailの3つの主要なグループから構成されています。 右のスクリーンショットは、HDFViewでIMSファイルを表示したもので、HDFファイル構造を示しています。この例では、2チャンネル、3レベルの解像度を持つ画像です。 DataSet フォルダには実際の画像データが格納されています。DataSetInfo フォルダには、説明用のパラメータが格納されています。Thumbnailフォルダには、画像の2Dサムネイルが格納されています。