MacOSでAnaconda3を用いてEMAN2仮想環境を構築する

提供: Eospedia
2019年8月23日 (金) 09:32時点におけるKttn (トーク | 投稿記録)による版

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この記事について

  • Macの場合で、Anaconda3をPython環境として使ってEMAN2をソースからビルドする方法について書き残しておく。
  • 公式手順は https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA だが、ちょっと違う方法でやってみた。
  • 2019年8月23日実施。

実行環境

  • Mac mini (Late 2012)
  • macOS Mojave 10.14.6
  • XCodeとかCommandLineToolとかはインストール済み

手順

Anaconda3のインストール

インストーラのダウンロードとインストールの実施

https://www.anaconda.com/distribution で Python 3.7 version の 64-Bit Graphical Installer (653 MB) をダウンロード。

Anaconda3-2019.07-MacOSX-x86_64.pkg をダブルクリックしてインストールを実施した。

※ 公式手順ではAnaconda2 (Python2をベースとするAnaconda)だし、EMAN2はPython2依存だが、今回はAnaconda3でPython2仮想環境を用意し、それを使ってビルドする。

condaのアップデート

ターミナルを開いて、

# アップデート
> conda update -n base -c defaults conda

# バージョン
> conda --version
conda 4.7.11

(※ > はコマンドプロンプト)

EMAN2仮想環境の作成

EMAN2仮想環境作成

> conda create -n eman-env cmake=3.9 python=2.7 -c defaults

上記の様にconda createで python=2.7 とすれば、Python3ベースのAnaconda3でもPython2環境を構築できる。

EMAN2仮想環境へ必要物をインストール

> conda install -n eman-env eman-deps=14 -c cryoem -c defaults -c conda-forge

EMAN2仮想環境への切り替え

> conda activate eman-env

公式( https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA )では "source activate eman-env" となっているが、それは古い情報で、新しいAnacondaでは conda activate コマンドで切り替えられる。

EMAN2のビルドとインストール

ソースコードの用意

Githubからソースを取ってくる。~/SoftwaresにEMAN2を置くことにする。

> cd ~/Softwares
> git clone https://github.com/cryoem/eman2.git

# 2019年8月現在の最新の安定版をチェックアウト
> git checkout v2.3

ビルド

> cd ~/Softwares/eman2
> mkdir build && cd build
> cmake ..
> make -j

makeでものっそい警告吐かれるけど気にしない。

インストール

> make install

~/anaconda3/envs/eman-env/bin/ にEMAN2のプログラムがインストールされる。

テスト

> make test
Running tests...
Test project /Users/kttn/Softwares/eman2/build
    Start 1: imports
1/5 Test #1: imports ..........................   Passed    3.95 sec
    Start 2: test-EMAN2DIR
2/5 Test #2: test-EMAN2DIR ....................   Passed    2.35 sec
    Start 3: nose-tests
3/5 Test #3: nose-tests .......................   Passed   16.21 sec
    Start 4: progs
4/5 Test #4: progs ............................   Passed  145.37 sec
    Start 5: py-compile
5/5 Test #5: py-compile .......................   Passed    5.19 sec

100% tests passed, 0 tests failed out of 5

Total Test time (real) = 173.17 sec