Motion correctionジョブのstarファイル
目次
corrected_micrographs.star
MotionCorr/job002/ に生成されるSTARファイルです。
# RELION; version 3.0.5 data_ loop_ _rlnMicrographName #1 _rlnMicrographMetadata #2 _rlnAccumMotionTotal #3 _rlnAccumMotionEarly #4 _rlnAccumMotionLate #5 MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.star 16.420495 2.506308 13.914187 MotionCorr/job002/Movies/20170629_00022_frameImage.mrc MotionCorr/job002/Movies/20170629_00022_frameImage.star 19.551677 2.478968 17.072709 (以下略)
無名データレコードからなるファイルで、ドリフト補正後の積算画像のファイルパス(_rlnMicrographName)、そのメタデータを記録したSTARファイルのファイルパス(_rlnMicrographMetadata)、累積ドリフト量を表す3つの値(_rlnAccumMotion*)が列挙されています。_rlnAccumMotion*の説明はこちらを参照ください → Motion correctionジョブのlogfile.pdf
画像ごとのSTARファイル
MotionCorr/job002/Movies/ に、各画像ごとにドリフト補正計算のパラメータや結果を記録したSTARファイルが生成されます。このファイルはdata_general, data_global_shift, data_local_motion_modelという3つのデータレコードから成ります。
20170629_00021_frameImage.starを例にとって中身を見てみましょう。
data_general
data_general _rlnImageSizeX 3710 _rlnImageSizeY 3838 _rlnImageSizeZ 24 _rlnMicrographMovieName Movies/20170629_00021_frameImage.tiff _rlnMicrographGainName Movies/gain.mrc _rlnMicrographBinning 1.000000 _rlnMicrographOriginalPixelSize 0.885000 _rlnMicrographDoseRate 1.277000 _rlnMicrographPreExposure 0.000000 _rlnVoltage 200.000000 _rlnMicrographStartFrame 1 _rlnMotionModelVersion 1
ラベル名 | 説明 |
---|---|
_rlnImageSizeX | フレームのx方向画素数 [pixel] |
_rlnImageSizeY | フレームのy方向画素数 [pixel] |
_rlnImageSizeZ | 動画のフレーム数 [フレーム] |
_rlnMicrographMovieName | 動画ファイルのファイルパス |
_rlnMicrographGainName | ゲインリファレンスのファイルパス |
_rlnMicrographBinning | 画像のビニング率 |
_rlnMicrographOriginalPixelSize | ビニング前の画像のピクセルサイズ [Å/pixel] |
_rlnMicrographDoseRate | フレームあたりのフラックス [e-/Å^2/s]。ドースレートととも呼ばれる。 |
_rlnMicrographPreExposure | 動画撮影開始前の累積フルエンス [e-/Å^2] |
_rlnVoltage | 加速電圧 [kV] |
_rlnMicrographStartFrame | ドリフト推定に含める最初のフレーム番号 (1枚目が1) |
_rlnMotionModelVersion | ドリフトを記述するモデルの種類。0 : フレーム全体のドリフトのみ記述, 1: 3次多項式を用いて画素レベルのドリフトを記述 |
このデータレコードはMotion correctionジョブのパラメータを記述しています。
_loopせずに各ラベルの値を1回だけ指定したいときは、このようにラベル名と値のペアを列挙すれば良いです。
data_global_shift
data_global_shift loop_ _rlnMicrographFrameNumber #1 _rlnMicrographShiftX #2 _rlnMicrographShiftY #3 1 0.000000 0.000000 2 0.963543 -0.81565 3 1.955653 -1.56597 4 2.549899 -2.11292 5 3.129105 -2.74397 6 3.711564 -3.41080 7 4.206835 -3.95391 8 4.753799 -4.73437 9 5.126523 -5.25641 10 5.571851 -5.48261 11 6.171605 -6.31226 12 6.662231 -6.61890 13 7.331488 -7.13846 14 7.749554 -7.60259 15 8.067659 -7.91893 16 8.633970 -8.56269 17 8.703091 -9.15196 18 9.044841 -9.36376 19 9.623080 -9.78375 20 9.843616 -10.07476 21 10.188828 -10.61027 22 10.593377 -10.84859 23 11.124236 -11.29859 24 11.274890 -11.53175
ラベル名 | 説明 |
---|---|
_rlnMicrographFrameNumber | 動画のフレーム番号 |
_rlnMicrographShiftX | 最初のフレームからのx方向シフト量 [Å] |
_rlnMicrographShiftY | 最初のフレームからのy方向シフト量 [Å] |
このデータレコードはフレーム全体としてのドリフト量を記述しています。
例えば最後のフレーム(24)は、最初のフレーム(1)と直接比較すると、全体としてx方向に11.274890Å、y方向に-11.53175Åドリフトしていると推定されたということです。
(このドリフトベクトルのL2ノルムとrlnAccumMotionTotalは一致しないことに注意。rlnAccumMotion*は始点と終点を結ぶベクトルのL2ノルムではなく、隣接フレーム間のドリフトベクトルのL2ノルムの総和で計算されます。)
data_local_motion_model
data_local_motion_model loop_ _rlnMotionModelCoeffsIdx #1 _rlnMotionModelCoeff #2 0 0.015512 1 0.003675 2 -1.29777e-04 3 -1.03858 4 0.079614 5 -0.00193 6 0.279732 7 -0.04815 8 0.001287 9 0.278661 10 -0.01615 11 2.638489e-04 12 -0.09083 13 -0.02030 14 8.779950e-04 15 0.260506 16 -0.01175 17 3.838197e-04 18 -0.04526 19 0.003774 20 -1.41138e-04 21 0.098804 22 0.005142 23 -2.85568e-04 24 0.383391 25 -0.03984 26 0.001313 27 -0.82109 28 0.060277 29 -0.00146 30 0.312092 31 -0.03883 32 0.001370 33 0.194870 34 -0.03776 35 9.457779e-04
ラベル名 | 説明 |
---|---|
_rlnMotionModelCoeffsIdx | 3次多項式函数によるドリフト記述モデルの係数のインデックス |
_rlnMotionModelCoeff | 3次多項式函数によるドリフト記述モデルの係数の値 |
このデータレコードには、画素単位でのドリフトを記述する3次多項式関数のモデル推定結果が記述されています。