「mrc2Dto3D」の版間の差分
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<div>※-CounterThreshholdがデフォルトのままだと、この画像の場合うまく計算処理されず、以下のような画像が処理される場合がある<br> | <div>※-CounterThreshholdがデフォルトのままだと、この画像の場合うまく計算処理されず、以下のような画像が処理される場合がある<br> | ||
− | [[画像:121p-input-DW5m1.png]]</div> | + | [[画像:121p-input-DW5m1.png]]</div> |
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+ | ====オプション -CounterThresholdModeを併用==== | ||
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+ | <tr> | ||
+ | <td><img src="double-CT2W1m1CTM0.png" border="0" alt="double-CT2W1m1CTM0.png(8435 byte)" width="109" height="111"></td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
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+ | <div>モード:1</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><img src="double-CT2W1m1CTM1.png" border="0" alt="double-CT2W1m1CTM1.png(11481 byte)" width="122" height="123"></td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-20.1632<br> | ||
+ | 113.527<br> | ||
+ | -8.04145e-10<br> | ||
+ | 5.91589<br> | ||
+ | 0.00591589<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
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== オプション一覧 == | == オプション一覧 == |
2010年11月10日 (水) 06:20時点における版
mrc2Dto3Dは電子顕微鏡画像である2D画像を3D画像にするEosのコマンドである。 切り出した粒子の角度情報から、逆投影法を用いて3次元構造を再構築する。 出力はdsn6と3dファイルとなっており、密度マップを分子ビュアー(VMDやchimeraなど)で表示することが可能である。
目次
実行例
-iの例
具体例として、オプション-iで使用したファイルをFig.1に示す。 これらの画像の詳細は以下の通り。
最小 0 最大 0.175 平均値 0.00302838 標準偏差 0.0129759 標準誤差 8.75794e-06
続いて出力結果がFig.2である。詳細は以下の通り。
最小 0 最大 0.0872652 平均値 0.00352428 標準偏差 0.00653417 標準誤差 9.13179e-06
-Iの例
オプション-Iで使用したファイルの詳細について。入力ファイルは以下の通り。
a000-2a.orgmrc YOYS 0 60 0 a004-2a.orgmrc YOYS 0 56 0 a008-2a.orgmrc YOYS 0 52 0 a012-2a.orgmrc YOYS 0 48 0 a016-2a.orgmrc YOYS 0 44 0 a020-2a.orgmrc YOYS 0 40 0 a024-2a.orgmrc YOYS 0 36 0 ・ ・ ・
入力画像の一部をFig.3に示す。 a000-2.orgmrcとa004-2.orgmrcは同じ物体で、傾斜角度が違う画像である。 それぞれの詳細は以下の通り。
a000-2.orgmrc: 最小 0 最大 37.8872 平均値 0.833407 標準偏差 4.20486 標準誤差 0.0420486
a004-2.orgmrc: 最小 0 最大 38.0379 平均値 0.833354 標準偏差 4.19112 標準誤差 0.0419112
-singleについて
今回の傾斜軸は入力ファイルの詳細から、y軸となる。
最小 0 最大 33.7425 平均値 0.92622 標準偏差 2.73412 標準誤差 0.00273412
-Doubleについて
オプション-WeightMode,-CounterThreshholdを併用する。
-CounterThreshholdを2に設定
WeightMode:1
最小 最大 |
-24.3363 115.7 |
最小 最大 |
-23.6896 117.242 |
最小 最大 |
-23.6896 117.242 |
最小 最大 |
-40.5762 174.198 |
最小 最大 |
-41.7929 185.856 |
最小 最大 |
-43.5065 190.759 |
オプション -CounterThresholdModeを併用
<img src="double-CT2W1m1CTM0.png" border="0" alt="double-CT2W1m1CTM0.png(8435 byte)" width="109" height="111"> | 最小 最大 |
-24.3363 115.7 |
<img src="double-CT2W1m1CTM1.png" border="0" alt="double-CT2W1m1CTM1.png(11481 byte)" width="122" height="123"> | 最小 最大 |
-20.1632 113.527 |
オプション一覧
メインオプション
各パラメータ設定やモード指定を行う。
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル設定 | NULL |
-I | 選択 | 入力ファイル設定 | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
-O | 選択 | 出力ファイル設定 | NULL |
-single | 選択 | 傾斜軸を一つに設定 | 1 |
-InterpolationMode | 選択 | 展開モード | 1 |
-Double | 選択 | 傾斜軸を2つに設定 | |
-DoubleCounter | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 2つの傾斜軸を選択し、設定する |
NULL |
-CounterThreshold | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 波形の谷の閾値 |
1e-6 |
-CounterThresholdMode | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 波形の谷の閾値のモード |
0 |
-WeightMode | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 重心のモード |
0 |
-thicknessWeight | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 重心の深さ |
|
-Sub | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 下位サンプリング |
1 |
-PlusXrot | 選択 | rasmolのためにx軸を180°回転 | |
-SIRT | 選択 | 同時反復再構成法 | |
-max | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 同時反復再構成法の最大値設定 |
30 |
-rms | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 同時反復再構成法の平方2乗平均を設定 |
1.0 |
-CTF | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 CTFInfoファイルを設定 |
NULL |
-m | 選択 | モード | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-mの詳細
投影像のモード指定を行う。
モード | 説明 |
---|---|
0 | 単純な逆投影 |
1 | フィルター逆投影 |
-singleの詳細
傾斜軸を指定する。
モード | 説明 |
---|---|
0 | 傾斜軸をx軸と平行にする |
1 | 傾斜軸をy軸と平行にする |
-WeightModeの詳細
計算時の重みを指定する。
モード | 説明 |
---|---|
1 | 実空間:円(同じ密度) |
2 | 実空間:円(加重密度) |
3 | 実空間:正方形(加重密度) |
4 | フーリエ空間:平面(同じ密度)-CounterThreshold 0.5とする |
5 | フーリエ空間:線形包配 -CounterThreshold 0.5とする |
6 | フーリエ空間:cos包配 -CounterThreshold 0.5とする |
-InterpolationModeの詳細
計算方法を指定する。
モード | 説明 |
---|---|
0 | 最短距離法 |
1 | 線形補間法 |
2 | 3次補間法 |
3 | 多項式法 |
オプション-Iのファイルフォーマット
filename0 RotationOrder0 rot1 rot2 rot3 filename1 RotationOrder1 rot1 rot2 rot3 ・ ・ ・
RotationOrderの詳細
一桁目: どの軸から回転を始めるか設定 二桁目: 回転軸の順番を設定1 O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する 三桁目: 回転軸の順番の設定2 Y…順番を維持する N…順番を逆順にする 四桁目: 回転方法を設定 Y…物体そのものをまわす D…座標を移動させる