「mrc3Dto2D」の版間の差分
提供: Eospedia
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+ | ===オプション-EAのRotModeの設定の詳細=== | ||
+ | 一桁目: どの軸から回転を始めるか設定 | ||
+ | 二桁目: 回転軸の順番を設定1 | ||
+ | O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する | ||
+ | E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する | ||
+ | 三桁目: 回転軸の順番の設定2 | ||
+ | Y…順番を維持する | ||
+ | N…順番を逆順にする | ||
+ | 四桁目: 回転方法を設定 | ||
+ | Y…物体そのものをまわす | ||
+ | D…座標を移動させる | ||
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+ | == 実行例 == | ||
+ | ===入力画像=== | ||
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+ | [[画像:121p.png]]<br> | ||
+ | pdbInfoでみた入力ファイルの詳細<br> | ||
+ | [[画像:121p-Info.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | pdb2mrcで3Dのmrcファイルに変更<br> | ||
+ | </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>XY平面</td> | ||
+ | <td>YZ平面</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:121p.mrc.png]]</td> | ||
+ | <td>[[画像:121p.mrc-2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> |
2010年11月10日 (水) 07:42時点における版
mrc3Dto2Dとは3D画像から2D画像を生成するEosのコマンドである。ここでいう3D画像と2D画像とは、それぞれ主に参照像、投影像のことを指す。類似構造や結晶構造(PDBファイル)から様々な角度の投影像を取得できる。得られた投影像は、単粒子解析において粒子の角度決定に用いられる。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定 | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
-Rot1 | 選択 | 最初の回転 | 0.0 360.0 10 |
-Rot2 | 選択 | 2度目の回転 | 0.0 360.0 10 |
-Rot3 | 選択 | 最後の回転 | 0.0 360.0 10 |
-EulerMode | 選択 | オイラー角の回転モード設定 | ZOYS |
-InterpolationMode | 選択 | 展開モード | 1 |
-AreaMode | 選択 | エリアモード:投影をする全空間の形 0:立方体 1:球 |
0 |
-m | 選択 | モード | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 投影像の数はそのまま |
1 | 回転角を減少させる nRot3=1とRot2の軸が2D画像平面に垂直であるなら、投影像の数を減少させることができる |
-InterpolationModeの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 最短距離法 |
1 | 線形補間法 |
2 | 3次補間法 |
3 | 多項式法 |
オプション-EAのRotModeの設定の詳細
一桁目: どの軸から回転を始めるか設定 二桁目: 回転軸の順番を設定1 O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する 三桁目: 回転軸の順番の設定2 Y…順番を維持する N…順番を逆順にする 四桁目: 回転方法を設定 Y…物体そのものをまわす D…座標を移動させる
実行例
入力画像
XY平面 | YZ平面 |