NAMD
提供: Eospedia
'NAMD'の利用の仕方をまとめておきます。
目次
PDBファイルの取得
データベースからダウンロード
データベース先:https://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
水素の付加
Chimera AddHで実施
水の排除
psfファイルを作成する際に、水を除いておく必要がある。
PDBファイルを詠み込んで、分子を選択した後,File -> Save Coordinatresで保存 このとき、
selected atoms: を設定する selected atoms: protein (タンパク質のみ選択) selected atoms: nucleic (DNAのみを選択) selected atoms: not water (水以外を選択) selected atoms: not water and not protein (水とタンパク質以外を選択)
File type: PDB Save ボタンで保存
PSFファイルの作成
VMD を利用
PDBファイルの読み込み
Extensions -> Modeling -> Automatic PSF Builder
Step-1: Input and Output Files
分子の選択:Molecule output basename: 出力ファイルのベースネーム(.pdb/.psfを除いたもの)
Topologyファイルの選択(通常はデフォールトでよい) Load input filesを押す ==== Step-2: Selections to include in PSF/PDB
Everything(default) (ここで、たんぱく質(protein)と核酸(Nucleic acid)の選択も可能) Guess and split chains using current selections を押す
内部にはいっているチェーンがStep-3のウィンドウで確認できる 2本鎖DNAの場合は,2つのチェーンが確認できます. 編集したい場合は、こちらで編集
Step-3:
チェーン(共有結合でつながっているもの)の編集が必要なら行う
Create chainsを押す
Step-4:
patch(つなぎ合わせ)が必要なら行う。
Apply patches and finish PSF/PDB. を押す
I'm feeling lucky を押すと終了する うまくいかない場合もあるので、洒落です。
水の付加
をつかって計算したいPDBファイルの大きさと位置を知る。
VMD -> Extensions -> Modeling -> Add Solvate Box
もとになるPSF/PDBの読み込み
Waterbox onlyのチェックを外す Rotate to minimize volume をチェック 10/all
Output: 出力ファイルのベースネームを入力
Segment ID Prefix: WT (そのままでよい) Boundary: 2.4 (そのままでよい) Box Size:
Min: -40 -40 -40 Max 40 40 40 VMDの上で、分子の大きさは確認できる vmd: measure minmax [ atomselect top all] vmd: measure center [ atomselect top all]
Solvateを押す
namd.confの編集
############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Ubiquitin in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure dna-HOH+H_autopsf+HOH.pdb.psf coordinates dna-HOH+H_autopsf+HOH.pdb.pdb #変数宣言 set temperature 310 set outputname dnaW_eq+HOH firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on #parameters par_all27_prot_lipid.inp #parameters par_all22_prot_na.inp parameters charmm/test/data/par_all36_na_mod.prm temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 14.0 # Integrator Parameters timestep 1.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 200.0,0.0,0.0 cellBasisVector2 0.0,200.0,0.0 cellBasisVector3 0.0,0.0,240.0 cellOrigin 14.0,0.0,-20.0 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 45 #PMEGridSizeY 45 #PMEGridSizeZ 48 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell yes useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 100 xstFreq 100 outputEnergies 100 outputPressure 100
############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 100 reinitvels $temperature run 2500 ;# 5ps