NAMD

'NAMD'の利用の仕方をまとめておきます。

PDBファイルの取得

　水を除く

PSFファイルの作成

VMD を利用
PDBファイルの読み込み
Extensions -> Modeling -> Automatic PSF Builder

　Step-1: Input and Output Files

　分子の選択：Molecule
  output basename: 出力ファイルのベースネーム(.pdb/.psfを除いたもの)

　 Topologyファイルの選択（通常はデフォールトでよい） 　 Load input filesを押す 　Step-2:

  Everything(default)
  Guess and split chains using current selections を押す
 Step-3:
  チェーン（共有結合でつながっているもの）の編集が必要なら行う

　　Create chainsを押す 　Step-4:

  patch(つなぎ合わせ)が必要なら行う。

　 Apply patches and finish PSF/PDB. を押す

　I'm feeling lucky を押すと終了する 　　うまくいかない場合もあるので、洒落です。

水の付加

 VMD -> Extensions -> Modeling -> Add Solvate Box

 もとになるPSF/PDBの読み込み

　　Rotate to minimize volume をチェック 　　 　10/all　

 Output: 出力ファイルのベースネームを入力

　Segment ID Prefix: WT (そのままでよい) 　Boundary: 2.4 （そのままでよい） 　Box Size:

  Min
  Max
  VMDの上で、分子の大きさは確認できる

　Solvateを押す