「NAMD」の版間の差分

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2017年12月18日 (月) 05:23時点における版

'NAMD'の利用の仕方をまとめておきます。

PDBファイルの取得

 水を除く

PSFファイルの作成

VMD を利用
PDBファイルの読み込み
Extensions -> Modeling -> Automatic PSF Builder

 Step-1: Input and Output Files

 分子の選択:Molecule
  output basename: 出力ファイルのベースネーム(.pdb/.psfを除いたもの)

  Topologyファイルの選択(通常はデフォールトでよい)   Load input filesを押す  Step-2:

  Everything(default)
  Guess and split chains using current selections を押す
 Step-3:
  チェーン(共有結合でつながっているもの)の編集が必要なら行う

  Create chainsを押す  Step-4:

  patch(つなぎ合わせ)が必要なら行う。

  Apply patches and finish PSF/PDB. を押す

 I'm feeling lucky を押すと終了する   うまくいかない場合もあるので、洒落です。


水の付加

 VMD -> Extensions -> Modeling -> Add Solvate Box
 もとになるPSF/PDBの読み込み

  Rotate to minimize volume をチェック     10/all 

 Output: 出力ファイルのベースネームを入力

 Segment ID Prefix: WT (そのままでよい)  Boundary: 2.4 (そのままでよい)  Box Size:

  Min
  Max
  VMDの上で、分子の大きさは確認できる

 Solvateを押す

namd.confの編集