NAMD

'NAMD'の利用の仕方をまとめておきます。

PDBファイルの取得

　水を除く

PSFファイルの作成

VMD を利用
PDBファイルの読み込み
Extensions -> Modeling -> Automatic PSF Builder

　Step-1: Input and Output Files

　分子の選択：Molecule
  output basename: 出力ファイルのベースネーム(.pdb/.psfを除いたもの)

　 Topologyファイルの選択（通常はデフォールトでよい） 　 Load input filesを押す 　Step-2:

  Everything(default)
  Guess and split chains using current selections を押す
 Step-3:
  チェーン（共有結合でつながっているもの）の編集が必要なら行う

　　Create chainsを押す 　Step-4:

  patch(つなぎ合わせ)が必要なら行う。

　 Apply patches and finish PSF/PDB. を押す

　I'm feeling lucky を押すと終了する 　　うまくいかない場合もあるので、洒落です。

水の付加

 VMD -> Extensions -> Modeling -> Add Solvate Box

 もとになるPSF/PDBの読み込み

　　Rotate to minimize volume をチェック 　　 　10/all　

 Output: 出力ファイルのベースネームを入力

　Segment ID Prefix: WT (そのままでよい) 　Boundary: 2.4 （そのままでよい） 　Box Size:

  Min
  Max
  VMDの上で、分子の大きさは確認できる

　Solvateを押す

namd.confの編集

1. 2. JOB DESCRIPTION ##

1. Minimization and Equilibration of
2. Ubiquitin in a Water Box

1. 2. ADJUSTABLE PARAMETERS ##

structure dna-HOH+H_autopsf+HOH.pdb.psf coordinates dna-HOH+H_autopsf+HOH.pdb.pdb

set temperature 310 set outputname dnaW_eq+HOH

firsttimestep 0

1. 2. SIMULATION PARAMETERS ##

1. Input

paraTypeCharmm on

1. parameters par_all27_prot_lipid.inp
2. parameters par_all22_prot_na.inp

parameters charmm/test/data/par_all36_na_mod.prm temperature $temperature

1. Force-Field Parameters

exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 14.0

1. Integrator Parameters

timestep 1.0  ;# 2fs/step rigidBonds all  ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10

1. Constant Temperature Control

langevin on  ;# do langevin dynamics langevinDamping 1  ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off  ;# don't couple langevin bath to hydrogens

1. Periodic Boundary Conditions

cellBasisVector1 200.0,0.0,0.0 cellBasisVector2 0.0,200.0,0.0 cellBasisVector3 0.0,0.0,240.0 cellOrigin 14.0,0.0,-20.0

wrapAll on

1. PME (for full-system periodic electrostatics)

PME yes PMEGridSpacing 1.0

1. manual grid definition
2. PMEGridSizeX 45
3. PMEGridSizeY 45
4. PMEGridSizeZ 48

1. Constant Pressure Control (variable volume)

useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell yes

useConstantArea no

langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature

1. Output

outputName $outputname

restartfreq 500  ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 100 xstFreq 100 outputEnergies 100 outputPressure 100

1. 2. EXTRA PARAMETERS ##

1. 2. EXECUTION SCRIPT ##

1. Minimization

minimize 100 reinitvels $temperature

run 2500 ;# 5ps