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PDBは、タンパク質の構造を記したデータファイルである。ASCIIで書かれているので、エディタなどで内容を確認することが出来る。Eosで入力ファイルとして使用する場合は原子情報などを決められた文字数で読み取っているため、エディタなどで作成した際にはこのフォーマット通りに記述しなければ、正しく動作しない可能性がある。
記述例
ATOM 1 N MET A 1 -7.176 27.779 18.367 1.00 14.06 0 N
HETATM 1325 PG GCP A 167 5.150 7.172 38.327 1.00 11.69 0 P