「PIONE Webclientチュートリアル」の版間の差分

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(PIONE定義書のみで実行)
(パッケージ(.ppg)ファイルで実行)
 
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 ここでは、[[PIONE Webclient]]のチュートリアルを行います。[[PIONEの起動方法]]よりワークスペースを開いた後の操作について示します。<br>
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== [[PIONE定義書]]のみで実行 ==
 
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 最も単純な例として、単一の[[PIONE定義書]]のみで"Hello PIONE world !"というメッセージ出力するジョブを実行してみましょう。<br>
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最も単純な例として、単一の[[PIONE定義書]]のみで"Hello PIONE world !"というメッセージ出力するジョブを実行してみましょう。<br>
 
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まずは下記のワークスペースにてCreate a new jobのボタンを押してジョブを新規作成します。<br>
 
まずは下記のワークスペースにてCreate a new jobのボタンを押してジョブを新規作成します。<br>
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== 入力ファイルと[[PIONE定義書]]で実行 ==
 
== 入力ファイルと[[PIONE定義書]]で実行 ==
 次は入力ファイルを加えた例を試してみましょう。今回はファイルの各行の値を2倍にしたファイルを出力するジョブを実行してみましょう。登録用のファイルは[https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SampleCode/PIONE/Basic2 こちら]にあります。<br>
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次は入力ファイルを加えた例を試してみましょう。今回はファイルの各行の値を2倍にしたファイルを出力するジョブを実行してみましょう。 <br>
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登録用のファイル(Multiplying.pione, test.in)は[https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SampleCode/PIONE/Basic2 こちら]にあります。<br>
 
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== パッケージ(.ppg)ファイルで実行 ==
 
== パッケージ(.ppg)ファイルで実行 ==
 [[PIONE定義書]]と同様にパッケージファイルでも処理を行うことができます。<br>
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=== 入力ファイルの登録 ===
 
=== 入力ファイルの登録 ===
登録用のファイルを[https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SampleCode/PIONE/Packages/ こちら]にあります。下記のPIONE PackageにてDirect Uploadを押し、ファイルHelloWorld(Kinoshita)+v0.0.1.ppgを登録します。<br>
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登録用のファイル(HelloWorld(Kinoshita)+v0.0.1.ppg)は[https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SampleCode/PIONE/Packages/ こちら]にあります。<br>
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下記のPIONE PackageにてDirect Uploadを押し、ファイルHelloWorld(Kinoshita)+v0.0.1.ppgを登録します。<br>
 
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== パッケージ(.ppg)ファイルで実行([[Eosのコマンド]]) ==
 
== パッケージ(.ppg)ファイルで実行([[Eosのコマンド]]) ==
 入力ファイルを加えて[[Eosのコマンド]]を実行してみましょう。今回は[[PIONEチュートリアル#応用1(フローの制御)]]について最大値の座標を中心にカットするCenterGetプログラムを動かします。<br>
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入力ファイルを加えて[[Eosのコマンド]]を実行してみましょう。<br>
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今回は[[PIONEチュートリアル#応用1(フローの制御)]]について最大値の座標を中心にカットするCenterGetプログラムを動かします。<br>
  
 
=== 入力ファイルの登録 ===
 
=== 入力ファイルの登録 ===
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Result Filesをダウンロードして解凍すると、output内に最大値が中心になるように切り出されたROIファイルとその画像が格納されていますので、確認してみて下さい。<br>
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Result Filesをダウンロードして解凍すると、output内に最大値が中心になるように切り出されたROIファイル (mrc形式)と入出力画像(tif形式)が格納されています<br>ので、確認してみて下さい。<br>
 
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出力ファイル<br>
 
出力ファイル<br>
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== インタラクティブ操作を含むコマンドを実行 ==
 
== インタラクティブ操作を含むコマンドを実行 ==
 ここまではコマンドを実行すると、結果出力までの動作を全てプログラムに委ねる一方通行の処理を実行していきました。次は処理の途中でユーザがインタラクティブに操作できるコマンドを実行してみましょう。今回は入力ファイルに対して、設定した演算子(+, *)、数値で計算したファイルを出力する[[PIONEチュートリアル#基本8(インタラクティブ操作)]]を実行してみます。<br>
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ここまではコマンドを実行すると、結果出力までの動作を全てプログラムに委ねる一方通行の処理を実行していきました。次は処理の途中でユーザがインタラクティブに操作できるコマンドを実行してみましょう。<br>
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今回は入力ファイルに対し、設定した演算子(+, *)と数値を使って計算した結果をファイル出力する[[PIONEチュートリアル#基本8(インタラクティブ操作)]]を実行してみます。<br>
 
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2016年3月11日 (金) 05:37時点における最新版

ここでは、PIONE Webclientのチュートリアルを行います。PIONEの起動方法よりワークスペースを開いた後の操作について示します。

PIONE定義書のみで実行

最も単純な例として、単一のPIONE定義書のみで"Hello PIONE world !"というメッセージ出力するジョブを実行してみましょう。

まずは下記のワークスペースにてCreate a new jobのボタンを押してジョブを新規作成します。
PIONE-Webclient2.png

入力ファイルの登録

ジョブのページが開きますので、続いてPIONE定義書、パッケージ、入力ファイルなどの登録を行います。
今回はPIONE定義書を1つだけ登録します。登録用のファイル (HelloWorld.pione)はこちらにあります。
下記のPIONE PackageにてDirect Uploadを押し、ファイルHelloWorld.pioneを登録します。
PIONE-Webclient3.png

すると、PIONE Packageに登録したPIONE定義書が表示されます。登録を間違えたときは右側の×ボタンを押せば削除することができます。
PIONE-Webclinet4.png
この後にStartボタンを押すと、登録したPIONE定義書やパッケージが動き出し、処理を実行します。
このとき、ページの右上にある↓が有効であれば処理に合わせて画面が自動スクロールがされます。
PIONE-Webclient17.png

実行結果

処理が完了すると、ページ下部のMessage Logにログが出力され、Result Filesに出力ファイル名が表示され、クリックすることでダウンロードすることができます。
PIONE-Webclient5.png
出力ファイル内のoutputディレクトリに出力ファイルが格納されています。また、ログも格納されていますので処理の流れやエラーなどを確認することもできます。
このログの内XESファイルはProMというツールを使用して閲覧するためのログです。ログの閲覧方法についてはPIONEチュートリアル-XESをご覧下さい。

output/message.txt内のデータ

Hello PIONE world !

"Hello PIONE world !"というメッセージが出力されています。

入力ファイルとPIONE定義書で実行

次は入力ファイルを加えた例を試してみましょう。今回はファイルの各行の値を2倍にしたファイルを出力するジョブを実行してみましょう。
登録用のファイル(Multiplying.pione, test.in)はこちらにあります。

入力ファイルの登録

PIONE PackageにてMultiplying.pione、Input Filesにて/MultiplyingInput/test.inを登録します。
PIONE-Webclient6.png

実行結果

Startボタンを押すと、下記のような結果が得られます。
PIONE-Webclient7.png

Result Filesのファイルをダウンロードし、inputとoutputを比較してみます。

/input/test.in /output/test.out
3
5

6
10

入力ファイルの各行がそれぞれ2倍されています。

パッケージ(.ppg)ファイルで実行

PIONE定義書と同様にパッケージファイルでも処理を行うことができます。

入力ファイルの登録

登録用のファイル(HelloWorld(Kinoshita)+v0.0.1.ppg)はこちらにあります。
下記のPIONE PackageにてDirect Uploadを押し、ファイルHelloWorld(Kinoshita)+v0.0.1.ppgを登録します。
PIONE-Webclient8.png

実行結果

今回は#PIONE定義書のみで実行と全く同じ処理ですので、実行結果も変わりません。

パッケージ(.ppg)ファイルで実行(Eosのコマンド)

入力ファイルを加えてEosのコマンドを実行してみましょう。
今回はPIONEチュートリアル#応用1(フローの制御)について最大値の座標を中心にカットするCenterGetプログラムを動かします。

入力ファイルの登録

パッケージファイルとしてこちら(CenterGet(Kinoshita)+v0.0.4.ppg)を、入力ファイルとしてこちら(.mrcファイル)を使用します。

PIONE-Webclient9.png

入力ファイル(.mrc)は下記のようなデータです。
mrcファイル1

Input-1VOM.png
xy平面

Input1-1VOM.png
yz平面

Min:               0 (0, 0, 0)
Max:         3398.12 (23, 55, 41)
Mean:          72.129
SD:          294.805
SE:         0.368507
Sum:     4.61626e+07

最大値の座標: (23, 55, 41)

mrcファイル2

Input-1VOM-N.png
xy平面

Input1-1VOM-N.png
yz平面

Min:        -2390.42 (77, 14, 69)
Max:         4374.62 (17, 62, 46)
Mean:         72.1487
SD:           577.82
SE:         0.722275
Sum:     4.61752e+07

最大値の座標: (17, 62, 46)

実行結果

処理が終わると、下記のようなファイルができます。
PIONE-Webclient10.png

Result Filesをダウンロードして解凍すると、output内に最大値が中心になるように切り出されたROIファイル (mrc形式)と入出力画像(tif形式)が格納されています
ので、確認してみて下さい。

出力ファイル
1VOM.roiの画像

Outdata-PIONE-Advanced1-1.png
xy平面

Outdata1-PIONE-Advanced1-1.png
yz平面


1VOM-N.roiの画像

Outdata-PIONE-Advanced1-2.png
xy平面

Outdata1-PIONE-Advanced1-2.png
yz平面


インタラクティブ操作を含むコマンドを実行

ここまではコマンドを実行すると、結果出力までの動作を全てプログラムに委ねる一方通行の処理を実行していきました。次は処理の途中でユーザがインタラクティブに操作できるコマンドを実行してみましょう。
今回は入力ファイルに対し、設定した演算子(+, *)と数値を使って計算した結果をファイル出力するPIONEチュートリアル#基本8(インタラクティブ操作)を実行してみます。

実行ファイルの登録

入力ファイルは後から選択するので、パッケージ(InteractiveCalc.ppg)のみを登録します。
PIONE-Webclient11.png

コマンド実行(Interaction)

コマンド実行後、画面上部の赤色になったInteractionボタンを押すと、インタラクティブ用の画面が開きます。
PIONE-Webclient12.png

この画面はHTML文書で自由に作成できるので、下記の画面は一例です。計算開始ボタンで計算結果を出力します。
まずは足し算を実行してみます。
PIONE-Webclient13.png

入力ファイルに対して足し算が実行されています。
PIONE-Webclient14.png

次は掛け算を実行してみます。
PIONE-Webclient15.png

入力ファイルに対して掛け算が実行されています。
PIONE-Webclient16.png

終了をクリックし、処理を完了してジョブ画面からRusult Filesをダウンロードすると出力ファイルを得ることができます。
output/test5-add1234.out

1235
1236
1237
1238
1239
1240
1241
1242
1243

output/test5-mul10.out

10
20
30
40
50
60
70
80
90