「Particle extractionジョブのSTARファイル」の版間の差分
提供: Eospedia
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+ | Extract/job007/Movies/以下に、各切り出し元画像ごとにparticles.starと同じ形式のSTARファイルが生成されています。 | ||
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+ | 例えば元画像 20170629_00021_frameImage.mrcから切り出した単粒子のスタック20170629_00021_frameImage.mrcs に対応するメタデータが 20170629_00021_frameImage_extract.star に保存されています。 |
2019年5月21日 (火) 07:46時点における最新版
particles.star
Extract/job007/に生成されるSTARファイルで、切り出した全単粒子のメタデータを含んでいます。
# RELION; version 3.0.5 data_ loop_ _rlnCoordinateX #1 _rlnCoordinateY #2 _rlnAutopickFigureOfMerit #3 _rlnClassNumber #4 _rlnAnglePsi #5 _rlnImageName #6 _rlnMicrographName #7 _rlnMagnification #8 _rlnDetectorPixelSize #9 _rlnCtfMaxResolution #10 _rlnCtfFigureOfMerit #11 _rlnVoltage #12 _rlnDefocusU #13 _rlnDefocusV #14 _rlnDefocusAngle #15 _rlnSphericalAberration #16 _rlnCtfBfactor #17 _rlnCtfScalefactor #18 _rlnPhaseShift #19 _rlnAmplitudeContrast #20 _rlnOriginX #21 _rlnOriginY #22 3555.794139 406.376473 0.662536 0 0.000000 000001@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000 3.540000 4.632000 0.103875 200.000000 10407.339844 10826.280273 2.460000 1.400000 0.000000 1.000000 0.000000 0.100000 0.025969 1.738296e-31 3600.947080 485.394120 0.193001 0 0.000000 000002@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000 3.540000 4.632000 0.103875 200.000000 10407.339844 10826.280273 2.460000 1.400000 0.000000 1.000000 0.000000 0.100000 0.000000 0.000000 (以下略)
ほぼMotion correction, CTF estimation, LoGピッキングのSTARファイルで見てきた通りで、それらが各単粒子ごとに記録されている形です。
後ろの方にこれまでのところ見慣れないラベル名があるので以下にまとめます。
ラベル名 | 説明 |
---|---|
_rlnCtfBfactor | CTFのパワースペクトルのB-factor[Å^2]。今回のチュートリアルの手続きではCTFのB-factorまでは推定しないために0になっていると思われる。 |
_rlnCtfScalefactor | "Linear scale-factor on the CTF (values between 0 and 1)"とあるが何のことなのか不明。 |
_rlnPhaseShift | 位相板を使用した場合の推定位相シフト量[度]。位相板を使用していないので0。 |
_rlnOriginX | 単粒子画像の回転中心のx座標[pixel]。画像の中心が(0, 0)と思われる。 |
_rlnOriginY | 単粒子画像の回転中心のy座標[pixel]。画像の中心が(0, 0)と思われる。 |
画像ごとのSTARファイル
Extract/job007/Movies/以下に、各切り出し元画像ごとにparticles.starと同じ形式のSTARファイルが生成されています。
例えば元画像 20170629_00021_frameImage.mrcから切り出した単粒子のスタック20170629_00021_frameImage.mrcs に対応するメタデータが 20170629_00021_frameImage_extract.star に保存されています。