「RELION実装」の版間の差分
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(ページの作成:「2.0.3をベースに読み解いたソースコードになります。 == RELION: Polisher == particle_polisher.cpp void ParticlePolisher::run() { ▸---// Fit st...」) |
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void ParticlePolisher::run() | void ParticlePolisher::run() | ||
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+ | // ビーム照射により誘起された移動を通して、直線にフィットする | ||
▸---// Fit straight lines through all beam-induced translations | ▸---// Fit straight lines through all beam-induced translations | ||
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▸---if (fitting_mode != NO_FIT) | ▸---if (fitting_mode != NO_FIT) | ||
▸---▸---fitMovementsAllMicrographs(); | ▸---▸---fitMovementsAllMicrographs(); | ||
+ | // フレーム毎の三次元再構成とBファクターの計算 | ||
▸---// Perform single-frame reconstructions and estimate dose-dependent B-factors | ▸---// Perform single-frame reconstructions and estimate dose-dependent B-factors | ||
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▸---if (do_weighting) | ▸---if (do_weighting) | ||
▸---▸---calculateAllSingleFrameReconstructionsAndBfactors(); | ▸---▸---calculateAllSingleFrameReconstructionsAndBfactors(); | ||
− | + | ||
+ | // ログをPDFファイルに書き出す | ||
▸---// Make a logfile in pdf format | ▸---// Make a logfile in pdf format | ||
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▸---generateLogFilePDF(); | ▸---generateLogFilePDF(); | ||
− | + | ||
+ | // 選択された粒子を書き出す。 | ||
▸---// Write out the intermediately polished particles | ▸---// Write out the intermediately polished particles | ||
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▸---polishParticlesAllMicrographs(); | ▸---polishParticlesAllMicrographs(); | ||
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+ | // 2つの独立した選ばれた粒子から再構成して、FSCを計算する。 | ||
▸---// Now reconstruct with all polished particles: two independent halves, FSC-weighting of the sum of the two... | ▸---// Now reconstruct with all polished particles: two independent halves, FSC-weighting of the sum of the two... | ||
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▸---reconstructShinyParticlesAndFscWeight(1); | ▸---reconstructShinyParticlesAndFscWeight(1); | ||
2017年10月3日 (火) 17:00時点における最新版
2.0.3をベースに読み解いたソースコードになります。
RELION: Polisher
particle_polisher.cpp
void ParticlePolisher::run() {
// ビーム照射により誘起された移動を通して、直線にフィットする
▸---// Fit straight lines through all beam-induced translations ▸---if (fitting_mode != NO_FIT) ▸---▸---fitMovementsAllMicrographs();
// フレーム毎の三次元再構成とBファクターの計算
▸---// Perform single-frame reconstructions and estimate dose-dependent B-factors ▸---if (do_weighting) ▸---▸---calculateAllSingleFrameReconstructionsAndBfactors();
// ログをPDFファイルに書き出す
▸---// Make a logfile in pdf format ▸---generateLogFilePDF();
// 選択された粒子を書き出す。
▸---// Write out the intermediately polished particles ▸---polishParticlesAllMicrographs();
// 2つの独立した選ばれた粒子から再構成して、FSCを計算する。
▸---// Now reconstruct with all polished particles: two independent halves, FSC-weighting of the sum of the two... ▸---reconstructShinyParticlesAndFscWeight(1); ▸---if (verb > 0) ▸---▸---std::cout << " done!" << std::endl; }