「RELION実装」の版間の差分

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(RELION: Polisher)
 
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  void ParticlePolisher::run()
 
  void ParticlePolisher::run()
 
  {
 
  {
+
 
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         // ビーム照射により誘起された移動を通して、直線にフィットする
 
  ▸---// Fit straight lines through all beam-induced translations
 
  ▸---// Fit straight lines through all beam-induced translations
        // ビーム照射により誘起された移動を通して、直線にフィットする
 
 
  ▸---if (fitting_mode != NO_FIT)
 
  ▸---if (fitting_mode != NO_FIT)
 
  ▸---▸---fitMovementsAllMicrographs();
 
  ▸---▸---fitMovementsAllMicrographs();
 
   
 
   
 +
       // フレーム毎の三次元再構成とBファクターの計算
 
  ▸---// Perform single-frame reconstructions and estimate dose-dependent B-factors
 
  ▸---// Perform single-frame reconstructions and estimate dose-dependent B-factors
        // フレーム毎の三次元再構成とBファクターの計算
 
 
  ▸---if (do_weighting)
 
  ▸---if (do_weighting)
 
  ▸---▸---calculateAllSingleFrameReconstructionsAndBfactors();
 
  ▸---▸---calculateAllSingleFrameReconstructionsAndBfactors();
                                                                                                                                                         
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   // ログをPDFファイルに書き出す                                                                                                                                                         
 
  ▸---// Make a logfile in pdf format
 
  ▸---// Make a logfile in pdf format
  // ファイルに書き出す
 
 
  ▸---generateLogFilePDF();  
 
  ▸---generateLogFilePDF();  
+
 
 +
   // 選択された粒子を書き出す。
 
  ▸---// Write out the intermediately polished particles
 
  ▸---// Write out the intermediately polished particles
  // 選択された粒子を書き出す。
 
 
  ▸---polishParticlesAllMicrographs();
 
  ▸---polishParticlesAllMicrographs();
+
 
 +
   // 2つの独立した選ばれた粒子から再構成して、FSCを計算する。
 
  ▸---// Now reconstruct with all polished particles: two independent halves, FSC-weighting of the sum of the two...
 
  ▸---// Now reconstruct with all polished particles: two independent halves, FSC-weighting of the sum of the two...
  // 2つの独立した選ばれた粒子から再構成して、FSCを計算する。
 
 
  ▸---reconstructShinyParticlesAndFscWeight(1);
 
  ▸---reconstructShinyParticlesAndFscWeight(1);
 
   
 
   

2017年10月3日 (火) 17:00時点における最新版

2.0.3をベースに読み解いたソースコードになります。

RELION: Polisher

particle_polisher.cpp

void ParticlePolisher::run()
{

  // ビーム照射により誘起された移動を通して、直線にフィットする

▸---// Fit straight lines through all beam-induced translations
▸---if (fitting_mode != NO_FIT)
▸---▸---fitMovementsAllMicrographs();

  // フレーム毎の三次元再構成とBファクターの計算

▸---// Perform single-frame reconstructions and estimate dose-dependent B-factors
▸---if (do_weighting)
▸---▸---calculateAllSingleFrameReconstructionsAndBfactors();

   // ログをPDFファイルに書き出す

▸---// Make a logfile in pdf format
▸---generateLogFilePDF(); 

   // 選択された粒子を書き出す。

▸---// Write out the intermediately polished particles
▸---polishParticlesAllMicrographs();

   // 2つの独立した選ばれた粒子から再構成して、FSCを計算する。

▸---// Now reconstruct with all polished particles: two independent halves, FSC-weighting of the sum of the two...
▸---reconstructShinyParticlesAndFscWeight(1);

▸---if (verb > 0) 
▸---▸---std::cout << " done!" << std::endl;

}