RELION実装

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2.0.3をベースに読み解いたソースコードになります。

RELION: Polisher

particle_polisher.cpp

void ParticlePolisher::run()
{

  // ビーム照射により誘起された移動を通して、直線にフィットする

▸---// Fit straight lines through all beam-induced translations
▸---if (fitting_mode != NO_FIT)
▸---▸---fitMovementsAllMicrographs();

  // フレーム毎の三次元再構成とBファクターの計算

▸---// Perform single-frame reconstructions and estimate dose-dependent B-factors
▸---if (do_weighting)
▸---▸---calculateAllSingleFrameReconstructionsAndBfactors();

   // ログをPDFファイルに書き出す

▸---// Make a logfile in pdf format
▸---generateLogFilePDF(); 

   // 選択された粒子を書き出す。

▸---// Write out the intermediately polished particles
▸---polishParticlesAllMicrographs();

   // 2つの独立した選ばれた粒子から再構成して、FSCを計算する。

▸---// Now reconstruct with all polished particles: two independent halves, FSC-weighting of the sum of the two...
▸---reconstructShinyParticlesAndFscWeight(1);

▸---if (verb > 0) 
▸---▸---std::cout << " done!" << std::endl;

}