「RELION」の版間の差分

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'''RELOION'''のアルゴリズムに関して、整理したページになります。すこしずつまとめたいと思います。
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2017年現在で、デファクトスタンダードとなっているRELIONに関して、まとめたものです。
  
<math>P(\Theta | X, Y) = P(X|\Theta ,Y) P(\Theta |Y)  </math>
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== 導入方法 ==
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=== [[RELIONのMacへの導入]]===
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===RELION2のLinuxへの導入===
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* [[ハードウェア]]
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* [[RELION2のUbuntuへの導入]]
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* [[RELION2のCentOSへの導入]]
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* [[RELION2のScientificLinux7への導入]]
  
<math>X</math>: 観測されたデータ
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== [[RELIONチュートリアル]]==
<math>Y</math>: 事前情報
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RELIONを使った構造解析に関するチュートリアルサイトです。
<math>\Theta</math>:パラメータセット
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[[RELIONチュートリアル]]:2.0
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[[RELION3チュートリアル]]:3.0
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[[RELION3.1チュートリアル]]:3.1
  
尤度の定義:<math>(k, \phi, \Theta(n), Y)</math> が与えられたときの画像<math>X_i</math>となるときの尤度
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== [[RELION理論]]==
 +
[[RELION]]のアルゴリズムを通して、三次元再構成の基本を示した頁になります。
  
<math>P(X_i | k, \phi, \Theta^{(n)})=</math>
+
== [[RELION実装]]==
 +
[[RELION]]の実装を通して、三次元再構成の基本を示した頁になります。
  
i: i番目の画像
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== [[RELION tips]] ==
(n): n回目
+
[[RELION]]のtipsをまとめた項になります。
j: フーリエ成分j (2次元フーリエ空間:実験画像2D)
+
J: フーリエ成分の数
+
sigma^2_ij^(n): ノイズの分散(分解能毎で予測される)、データから推定
+
CTFij: i番目の画像のフーリエ成分jのCTF(コントラスト伝達関数)の値
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l: フーリエ成分l(3次元フーリエ空間:3Dマップ)
+
L: フーリエ成分の数
+
k: k番目の3Dマップ
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phi: 回転(3自由度)+平行移動(2自由)
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==== [[RELIONのMacへの導入]]====
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== [[Visual Studio CodeでRELIONのdebug]] ==
==== [[RELIONのLinuxへの導入]]====
+
Visual Studio Codeを使って[[RELION]]のデバッグ実行をする方法
==== [[RELIONチュートリアル]]====
+

2021年1月7日 (木) 13:09時点における最新版

2017年現在で、デファクトスタンダードとなっているRELIONに関して、まとめたものです。

導入方法 

RELIONのMacへの導入

RELION2のLinuxへの導入

RELIONチュートリアル

RELIONを使った構造解析に関するチュートリアルサイトです。

RELIONチュートリアル:2.0
RELION3チュートリアル:3.0
RELION3.1チュートリアル:3.1

RELION理論

RELIONのアルゴリズムを通して、三次元再構成の基本を示した頁になります。

RELION実装

RELIONの実装を通して、三次元再構成の基本を示した頁になります。

RELION tips

RELIONのtipsをまとめた項になります。

Visual Studio CodeでRELIONのdebug

Visual Studio Codeを使ってRELIONのデバッグ実行をする方法