「RELION2のScientificLinux7への導入」の版間の差分
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$ make | $ make | ||
エラーが出なければ、無事、インストール完了です。 | エラーが出なければ、無事、インストール完了です。 | ||
− | + | 最後に[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEScientificLinux7%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います。<BR> | |
+ | 例えば、.bash_profileに以下を書き加えます。 | ||
$ export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH | $ export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH | ||
$ export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build//lib:$LD_LIBRARY_PATH | $ export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build//lib:$LD_LIBRARY_PATH | ||
$ export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh" | $ export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh" | ||
− | "***" | + | "***"には、relionフォルダまでのパスを書き込んでください。 |
$relion | $relion | ||
でRelionが起動するはずです。 | でRelionが起動するはずです。 | ||
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relionからMotionCor2が実行できるよう、[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEScientificLinux7%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います。 | relionからMotionCor2が実行できるよう、[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEScientificLinux7%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います。 | ||
− | === | + | ===ctffind4.1=== |
− | 実行ファイルをhttp://grigoriefflab.janelia.org/ | + | 実行ファイルをhttp://grigoriefflab.janelia.org/ctf |
− | ダウンロードするものは、"ctffind-4.1.5.tar.gz" | + | からダウンロードします。<br> |
− | + | ダウンロードするものは、"ctffind-4.1.5.tar.gz"です。解凍して使います。<br> | |
− | + | relionからctffind4.1が実行できるよう、[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEScientificLinux7%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います。 | |
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+ | ===ResMap=== | ||
+ | 実行ファイルをhttp://resmap.sourceforge.net/ | ||
+ | からダウンロードします。<br> | ||
+ | ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、python-matplotlib(1.2以上)が必要です。<br> | ||
+ | まず、pythonのバージョンを確認しましょう。 | ||
+ | $ python --version | ||
+ | numpy、scipy、python-matplotlibをインストールします。 | ||
+ | $ yum install numpy | ||
+ | $ yum install scipy | ||
+ | $ yum install python-matplotlib | ||
+ | それぞれのバージョンを確認します。 | ||
+ | $ python | ||
+ | >>> import numpy | ||
+ | >>> numpy.version.version | ||
+ | >>> import scipy | ||
+ | >>> scipy.version.version | ||
+ | >>> import matlplotlib | ||
+ | >>> matplotlib.__version__ | ||
+ | 確認できたら、 | ||
+ | >>> exit() | ||
+ | relionからResMapが実行できるよう、[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEScientificLinux7%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います。 | ||
===環境設定=== | ===環境設定=== | ||
− | + | 例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。<br> | |
+ | "***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。 | ||
+ | #Setup openMPI | ||
+ | export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH | ||
+ | export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH | ||
+ | |||
+ | # CUDA for RELION | ||
+ | export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH | ||
+ | export LD_LIBRARY_PATH=/use/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH | ||
+ | export CUDA_HOME="/usr/local/cuda" | ||
+ | |||
+ | #Setup RELION | ||
+ | export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH | ||
+ | export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build/lib:$LD_LIBRARY_PATH | ||
+ | # Where is qsub template script stored | ||
+ | export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh" | ||
+ | |||
+ | # Default MOTIONCORR executable | ||
+ | export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/***/MotionCor2-10-19-2016" | ||
+ | |||
+ | # Default CTFFIND executable, version 4.1.x | ||
+ | export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/***/ctffind-4.1.5/ctffind" | ||
+ | |||
+ | # Default ResMap executable | ||
+ | export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/***/ResMap-1.1.4-linux64" | ||
+ | |||
+ | # Default PDF viewer | ||
+ | export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince" | ||
===その他=== | ===その他=== | ||
− | + | gsコマンド、latexコマンド、dvipdfコマンドなども使えると、解析結果をRELION上で確認することができます。<br> | |
− | + | 同様に、インストールしておくと良いでしょう。 | |
− | + |
2017年5月16日 (火) 20:26時点における最新版
目次
Open MPI のインストール
yumコマンドを使ってインストールをしていきましょう。
$ yum install openmpi $ yum install openmpi-devel
Cuda7.5 のインストール
まず、EPELリポジトリを使えるようにしておくと良いので、EPELレポジトリを使っていない方は、使えるようにしましょう。
$ yum install epel-release.noarch
次に、Cuda7.5のダウンロードとインストールです。
$ wget http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/7.5/Prod/local_installers/cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm $ rpm -i cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm $ yum clean all $ yum install cuda-7-5.x86_64
再起動します。
$ reboot
Relion2.0 のインストール
まず、cmake3コマンドとpatchコマンドを使えるようにしましょう。
$ yum install cmake3 $ yum install patch
Relion2.0のダウンロードとインストールを行います。
$ git clone https://github.com/3dem/relion.git $ cd relion $ mkdir build $ cd build $ cmake3 .. $ make
エラーが出なければ、無事、インストール完了です。
最後に環境設定を行います。
例えば、.bash_profileに以下を書き加えます。
$ export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH $ export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build//lib:$LD_LIBRARY_PATH $ export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh"
"***"には、relionフォルダまでのパスを書き込んでください。
$relion
でRelionが起動するはずです。
MotionCor2
実行ファイルを
http://msg.ucsf.edu/em/software/motioncor2.html
からダウンロードします。
そのまま実行しようとすると、libcufft.so.7.5やlibtiff.so.3がないとエラーが出たので、
$ echo “/usr/local/cuda-7.5/targets/x86_64-linux/lib” > /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf $ ldconfig $ yum install campat-libtiff3
を行います。
relionからMotionCor2が実行できるよう、環境設定を行います。
ctffind4.1
実行ファイルをhttp://grigoriefflab.janelia.org/ctf
からダウンロードします。
ダウンロードするものは、"ctffind-4.1.5.tar.gz"です。解凍して使います。
relionからctffind4.1が実行できるよう、環境設定を行います。
ResMap
実行ファイルをhttp://resmap.sourceforge.net/
からダウンロードします。
ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、python-matplotlib(1.2以上)が必要です。
まず、pythonのバージョンを確認しましょう。
$ python --version
numpy、scipy、python-matplotlibをインストールします。
$ yum install numpy $ yum install scipy $ yum install python-matplotlib
それぞれのバージョンを確認します。
$ python >>> import numpy >>> numpy.version.version >>> import scipy >>> scipy.version.version >>> import matlplotlib >>> matplotlib.__version__
確認できたら、
>>> exit()
relionからResMapが実行できるよう、環境設定を行います。
環境設定
例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。
"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。
#Setup openMPI export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH # CUDA for RELION export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/use/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH export CUDA_HOME="/usr/local/cuda" #Setup RELION export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build/lib:$LD_LIBRARY_PATH # Where is qsub template script stored export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh" # Default MOTIONCORR executable export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/***/MotionCor2-10-19-2016" # Default CTFFIND executable, version 4.1.x export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/***/ctffind-4.1.5/ctffind" # Default ResMap executable export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/***/ResMap-1.1.4-linux64" # Default PDF viewer export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"
その他
gsコマンド、latexコマンド、dvipdfコマンドなども使えると、解析結果をRELION上で確認することができます。
同様に、インストールしておくと良いでしょう。