「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分
YamamotoTakayuki0 (トーク | 投稿記録) (→ResMapのインストール) |
Shgtkmt.tech (トーク | 投稿記録) (→openmpiのインストール) |
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$ sudo apt-get update | $ sudo apt-get update | ||
$ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential | $ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential | ||
− | openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev | + | openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev cmake |
+ | |||
+ | ====cudaのインストール==== | ||
+ | nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaを[https://developer.nvidia.com/cuda-downloads NVIDIA website]からインストールしてください | ||
+ | (PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch]) | ||
====openmpiのインストール==== | ====openmpiのインストール==== | ||
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からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、 | からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、 | ||
カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行 | カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行 | ||
+ | (必要なライブラリは上記にて既にインストールしてある) | ||
$ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi" | $ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi" | ||
$ make && sudo make install | $ make && sudo make install | ||
− | $ | + | $ cd |
+ | $ vim .bash_profile | ||
>> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" | >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" | ||
>> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" | >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" | ||
上記2行を付け加える | 上記2行を付け加える | ||
− | $ source | + | $ source .bash_profile |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
====relion2.0のインストール==== | ====relion2.0のインストール==== | ||
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tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar | tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar | ||
で解凍します。 | で解凍します。 | ||
− | + | その後、RELIONから実行できるように[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEUbuntu%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います | |
====CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール==== | ====CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール==== | ||
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で解凍します。 | で解凍します。 | ||
− | + | その後、RELIONから実行できるように[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEUbuntu%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います | |
====ResMapのインストール==== | ====ResMapのインストール==== | ||
[http://resmap.sourceforge.net/ ResMap]から実行ファイルをダウンロードします | [http://resmap.sourceforge.net/ ResMap]から実行ファイルをダウンロードします | ||
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+ | 実行権限が与えられていないので、 | ||
+ | chmod +x ResMap-1.1.4-linux64 | ||
+ | で権限を与えます。 | ||
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ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、matplotlib(1.2以上)が必要です。 | ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、matplotlib(1.2以上)が必要です。 | ||
− | + | ||
+ | (今回は楽なのでapt-getで環境を整えますが、pipやpyenv使うことを推奨します) | ||
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+ | まず、pythonのバージョンが2.7以上であることを確認しましょう。 | ||
python --version | python --version | ||
numpy、scipy、matplotlibをインストールします。 | numpy、scipy、matplotlibをインストールします。 | ||
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で終了しましょう。 | で終了しましょう。 | ||
− | + | その後、RELIONから実行できるように[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEUbuntu%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います | |
====環境設定==== | ====環境設定==== | ||
例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。<br> | 例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。<br> | ||
"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。 | "***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。 | ||
− | + | <pre> | |
− | + | #setup openMPI | |
− | + | export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" | |
− | + | export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" | |
− | + | ||
− | + | # CUDA for RELION | |
− | + | export PATH="$PATH:/usr/local/cuda/bin" | |
− | + | export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/use/local/cuda/lib64" | |
− | + | export CUDA_HOME="/usr/local/cuda" | |
− | + | ||
− | + | # Default MOTIONCORR executable | |
− | + | export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/***/MotionCor2-01-30-2017" | |
− | + | ||
− | + | # Default CTFFIND executable, version 4.1.x | |
− | + | export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/***/ctffind-4.1.5/bin/ctffind" | |
− | + | ||
− | + | # Default ResMap executable | |
− | + | export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/***/ResMap-1.1.4-linux64" | |
− | + | ||
− | + | # Default PDF viewer | |
− | + | export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince" | |
− | + | ||
− | + | </pre> | |
− | + | ||
− | + | ||
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2017年3月16日 (木) 00:39時点における最新版
目次
Ubuntu-16.04 LTS へのインストール
virtual boxを利用する場合は以下URL参照
http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13
必要なライブラリのインストール
$ sudo apt-get update $ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev cmake
cudaのインストール
nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをNVIDIA websiteからインストールしてください (PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])
openmpiのインストール
https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/
上記URL要約 https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/ からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、 カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行 (必要なライブラリは上記にて既にインストールしてある) $ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi" $ make && sudo make install $ cd $ vim .bash_profile >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" 上記2行を付け加える $ source .bash_profile
relion2.0のインストール
RELION wikiのDownload & install のInstallation using apt-getを参照してください
インストールできないときは、githubのissuesを参照 https://github.com/3dem/relion/issues
Motion Correction software(MotionCor2)のインストール
UCSFからMotinoCor2からファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら
gunzip MotionCor2-01-30-2017.tar.gz tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar
で解凍します。 その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います
CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール
Niko's CTFFINDのWebサイトからファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら
gunzip ctffind-4.1.5-linux64.tar.gz tar -xf ctffind-4.1.5-linux64.tar
で解凍します。
その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います
ResMapのインストール
ResMapから実行ファイルをダウンロードします
実行権限が与えられていないので、
chmod +x ResMap-1.1.4-linux64
で権限を与えます。
ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、matplotlib(1.2以上)が必要です。
(今回は楽なのでapt-getで環境を整えますが、pipやpyenv使うことを推奨します)
まず、pythonのバージョンが2.7以上であることを確認しましょう。
python --version
numpy、scipy、matplotlibをインストールします。
sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib
それぞれのバージョンを確認します。
$ python >>> import numpy >>> numpy.version.version >>> import scipy >>> scipy.version.version >>> import matlplotlib >>> matplotlib.__version__
確認できたら、
>>> exit()
で終了しましょう。
その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います
環境設定
例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。
"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。
#setup openMPI export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" # CUDA for RELION export PATH="$PATH:/usr/local/cuda/bin" export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/use/local/cuda/lib64" export CUDA_HOME="/usr/local/cuda" # Default MOTIONCORR executable export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/***/MotionCor2-01-30-2017" # Default CTFFIND executable, version 4.1.x export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/***/ctffind-4.1.5/bin/ctffind" # Default ResMap executable export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/***/ResMap-1.1.4-linux64" # Default PDF viewer export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"