RELION2のUbuntuへの導入
目次
Ubuntu-16.04 LTS へのインストール
virtual boxを利用する場合は以下URL参照
http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13
必要なライブラリのインストール
$ sudo apt-get update $ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev
openmpiのインストール
https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/
上記URL要約 https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/ からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、 カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行 $ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi" $ make && sudo make install $ sudo vim /etc/profile >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" 上記2行を付け加える $ source /etc/profile
cudaのインストール
nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをNVIDIA websiteからインストールしてください (PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])
relion2.0のインストール
RELION wikiのDownload & install のInstallation using apt-getを参照してください
インストールできないときは、githubのissuesを参照 https://github.com/3dem/relion/issues
Motion Correction software(MotionCor2)のインストール
UCSFからMotinoCor2からファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら
gunzip MotionCor2-01-30-2017.tar.gz tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar
で解凍します。 その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います
CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール
Niko's CTFFINDのWebサイトからファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら
gunzip ctffind-4.1.5-linux64.tar.gz tar -xf ctffind-4.1.5-linux64.tar
で解凍します。
その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います
ResMapのインストール
ResMapから実行ファイルをダウンロードします
ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、matplotlib(1.2以上)が必要です。 まず、pythonのバージョンを確認しましょう。
python --version
numpy、scipy、matplotlibをインストールします。
sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib
それぞれのバージョンを確認します。
$ python >>> import numpy >>> numpy.version.version >>> import scipy >>> scipy.version.version >>> import matlplotlib >>> matplotlib.__version__
確認できたら、
>>> exit()
で終了しましょう。
その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います
環境設定
例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。
"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。
#setup openMPI export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" # CUDA for RELION export PATH="$PATH:/usr/local/cuda/bin" export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/use/local/cuda/lib64" export CUDA_HOME="/usr/local/cuda" # Default MOTIONCORR executable export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/***/MotionCor2-01-30-2017" # Default CTFFIND executable, version 4.1.x export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/***/ctffind-4.1.5/bin/ctffind" # Default ResMap executable export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/***/ResMap-1.1.4-linux64" # Default PDF viewer export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"