RELION2のUbuntuへの導入

提供: Eospedia
2017年3月12日 (日) 19:44時点におけるShgtkmt.tech (トーク | 投稿記録)による版

移動: 案内検索

Ubuntu-16.04 LTS へのインストール 

virtual boxを利用する場合は以下URL参照

http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13

必要なライブラリのインストール

$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev

nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをインストール(PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])

https://developer.nvidia.com/cuda-downloads

openmpiのインストール

https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/

要約
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/
からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、そのディレクトリへ移動し以下コマンド実行
$ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
$ make && sudo make install
$ sudo vim /etc/profile
  >>export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
  >>export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
上記2行を付け加える
$ source /etc/profile


relion2.0のインストール

https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install

インストールできないときは、githubのissuesを参照
https://github.com/3dem/relion/issues