「RELION2のScientificLinux7への導入」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
(MotionCor2)
行56: 行56:
 
  $ yum install python-matplotlib・・・>1.2が必要
 
  $ yum install python-matplotlib・・・>1.2が必要
 
実行ファイルをダウンロード
 
実行ファイルをダウンロード
 +
 +
 +
===環境設定===
  
  

2017年3月9日 (木) 08:54時点における版

Open MPI のインストール

yumコマンドを使ってインストールをしていきましょう。

$ yum install openmpi
$ yum install openmpi-devel

Cuda7.5 のインストール

まず、EPELリポジトリを使えるようにしておくと良いので、EPELレポジトリを使っていない方は、使えるようにしましょう。

$ yum install epel-release.noarch

次に、Cuda7.5のダウンロードとインストールです。

$ wget http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/7.5/Prod/local_installers/cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm
$ rpm -i cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm
$ yum clean all
$ yum install cuda-7-5.x86_64 

再起動します。

$ reboot

Relion2.0 のインストール

まず、cmake3コマンドとpatchコマンドを使えるようにしましょう。

$ yum install cmake3
$ yum install patch

Relion2.0のダウンロードとインストールを行います。

$ git clone https://github.com/3dem/relion.git
$ cd relion
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake3
$ make

エラーが出なければ、無事、インストール完了です。 最後に環境設定を行います。

$ export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build//lib:$LD_LIBRARY_PATH
$ export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh"

"***"には、relion-1.4までのパスを書き込んでください。

$relion

でRelionが起動するはずです。

MotionCor2

実行ファイルを http://msg.ucsf.edu/em/software/motioncor2.html からダウンロードします。
そのまま実行しようとすると、libcufft.so.7.5やlibtiff.so.3がないとエラーが出たので、

$ echo “/usr/local/cuda-7.5/targets/x86_64-linux/lib” > /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf
$ ldconfig
$ yum install campat-libtiff3

を行います。
relionからMotionCor2が実行できるよう、環境設定を行います。

CTFFIND4.1

実行ファイルをダウンロード


RESMAP

$ python --version・・・バージョンを確認。>2.7が必要
$ yum install numpy・・・>1.6が必要
$ yum install scipy・・・>0.12が必要
$ yum install python-matplotlib・・・>1.2が必要

実行ファイルをダウンロード


環境設定

その他

gsコマンド latexコマンド dvipdfコマンド