「RELION2のScientificLinux7への導入」の版間の差分
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relionからCTFFIND4.1が実行できるよう、[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEScientificLinux7%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います。 | relionからCTFFIND4.1が実行できるよう、[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEScientificLinux7%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います。 | ||
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実行ファイルをhttp://resmap.sourceforge.net/ | 実行ファイルをhttp://resmap.sourceforge.net/ | ||
からダウンロードします。<br> | からダウンロードします。<br> | ||
− | + | ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、python-matplotlib(1.2以上)が必要です。 | |
$ python --version | $ python --version | ||
$ yum install numpy | $ yum install numpy | ||
$ yum install scipy | $ yum install scipy | ||
$ yum install python-matplotlib | $ yum install python-matplotlib | ||
− | + | relionからResMapが実行できるよう、[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEScientificLinux7%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います。 | |
===環境設定=== | ===環境設定=== |
2017年3月9日 (木) 09:25時点における版
目次
Open MPI のインストール
yumコマンドを使ってインストールをしていきましょう。
$ yum install openmpi $ yum install openmpi-devel
Cuda7.5 のインストール
まず、EPELリポジトリを使えるようにしておくと良いので、EPELレポジトリを使っていない方は、使えるようにしましょう。
$ yum install epel-release.noarch
次に、Cuda7.5のダウンロードとインストールです。
$ wget http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/7.5/Prod/local_installers/cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm $ rpm -i cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm $ yum clean all $ yum install cuda-7-5.x86_64
再起動します。
$ reboot
Relion2.0 のインストール
まず、cmake3コマンドとpatchコマンドを使えるようにしましょう。
$ yum install cmake3 $ yum install patch
Relion2.0のダウンロードとインストールを行います。
$ git clone https://github.com/3dem/relion.git $ cd relion $ mkdir build $ cd build $ cmake3 $ make
エラーが出なければ、無事、インストール完了です。 最後に環境設定を行います。
$ export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH $ export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build//lib:$LD_LIBRARY_PATH $ export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh"
"***"には、relionフォルダまでのパスを書き込んでください。
$relion
でRelionが起動するはずです。
MotionCor2
実行ファイルを
http://msg.ucsf.edu/em/software/motioncor2.html
からダウンロードします。
そのまま実行しようとすると、libcufft.so.7.5やlibtiff.so.3がないとエラーが出たので、
$ echo “/usr/local/cuda-7.5/targets/x86_64-linux/lib” > /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf $ ldconfig $ yum install campat-libtiff3
を行います。
relionからMotionCor2が実行できるよう、環境設定を行います。
CTFFIND4.1
実行ファイルをhttp://grigoriefflab.janelia.org/ctf
からダウンロードします。
ダウンロードするものは、"ctffind-4.1.5.tar.gz"です。解答して使います。
relionからCTFFIND4.1が実行できるよう、環境設定を行います。
ResMap
実行ファイルをhttp://resmap.sourceforge.net/
からダウンロードします。
ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、python-matplotlib(1.2以上)が必要です。
$ python --version $ yum install numpy $ yum install scipy $ yum install python-matplotlib
relionからResMapが実行できるよう、環境設定を行います。
環境設定
- Setup openMPI
export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
- Setup RELION
#Relion-1.4#
- export PATH=/home/people/takahiro/src/relion-1.4/bin:$PATH
- export LD_LIBRARY_PATH=/home/people/takahieo/src/relion-1.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH
- export RELION_QSUB_TEMPLATE="/home/people/takahiro/src/relion-1.4/bin/qsub.csh"
#Relion-2.0#
export PATH=/home/people/takahiro/src/relion2-beta/build/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/home/people/takahieo/src/relion2-beta/build/lib:$LD_LIBRARY_PATH
- Where is qsub template script stored
export RELION_QSUB_TEMPLATE="/home/people/takahiro/src/relion2-beta/build/bin/relion_qsub.csh"
- Default PDF viewer
export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"
- Default MOTIONCORR executable
export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/home/people/takahiro/src/MotionCor2-10-19-2016"
- For CTFFIND3 this would be
- export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/home/people/takahiro/src/ctf/ctffind3_mp.exe"
- For Ctffind3_mp
- export NCPUS=32
- Default CTFFIND executable, version 4.1.x
export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/home/people/takahiro/src/ctffind-4.1.5/ctffind"
- Default ResMap executable
export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/home/people/takahiro/src/ResMap-1.1.4-linux64"
- Enforce cluster jobs to occupy entire nodes with 24 hyperthreads
export RELION_MINIMUM_DEDICATED=24
- Do not allow the user to change the enforcement of entire nodes
export RELION_ALLOW_CHANGE_MINIMUM_DEDICATED=0
- Ask for confirmation if users try to submit local jobs with more than 12 MPI nodes
export RELION_WARNING_LOCAL_MPI=12 ↑何のためかよくわからないが、Relionのホームページに載っていた
- CUDA for RELION
export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/use/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH export CUDA_HOME="/usr/local/cuda"
その他
gsコマンド latexコマンド dvipdfコマンド