「RELION2のScientificLinux7への導入」の版間の差分

2017年3月9日 (木) 08:24時点における版 (ソースを閲覧) Takahiro (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「===Open MPI のインストール=== Open MPIをインストールします。<br> $ yum install openmpi $ yum install openmpi-devel ===Cuda7.5 のインストール=...」)		2017年3月9日 (木) 08:29時点における版 (ソースを閲覧) Takahiro (トーク | 投稿記録) (→‎Open MPI のインストール) 新しい編集→
行1:		行1:
	===Open MPI のインストール===		===Open MPI のインストール===
−	Open MPIをインストールします。<br>	+	yumコマンドを使ってインストールをしていきましょう。<br>
	$ yum install openmpi		$ yum install openmpi
	$ yum install openmpi-devel		$ yum install openmpi-devel
−
	===Cuda7.5 のインストール===		===Cuda7.5 のインストール===

---

2017年3月9日 (木) 08:29時点における版

Open MPI のインストール

yumコマンドを使ってインストールをしていきましょう。

$ yum install openmpi
$ yum install openmpi-devel

Cuda7.5 のインストール

まず、EPELリポジトリを使えるようにしておくと良いので、EPELレポジトリを使っていない方は、使えるようにしましょう。

$ yum install epel-release.noarch

次に、Cuda7.5のダウンロードとインストールです。

$ wget　http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/7.5/Prod/local_installers/cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm
$ rpm --install cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm
$ yum clearn expire-cache
$ yum install cuda-7-5.x86_64

再起動します。

$ reboot

Relion2.0 のインストール

まず、cmake3コマンドとpatchコマンドを使えるようにしましょう。

$ yum install cmake3
$ yum install patch

$ git clone https://github.com/3dem/relion.git
$ cd relion
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake3
$ make

エラーが出なければ、無事、インストール完了です。 最後に環境設定を行います。

$ export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build//lib:$LD_LIBRARY_PATH
$ export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh"

"***"には、relion-1.4までのパスを書き込んでください。

$relion

でRelionが起動するはずです。

MotionCor2

$ echo “/usr/local/cuda-7.5/targets/x86_64-linux/lib” > /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf
$ ldconfig
$ yum install campat-libtiff3・・・これをやらないとlibcufft.so.7.5やlibtiff.so.3がないと言われる

実行をファイルをダウンロード

CTFFIND4.1

実行ファイルをダウンロード

RESMAP

$ python --version・・・バージョンを確認。>2.7が必要
$ yum install numpy・・・>1.6が必要
$ yum install scipy・・・>0.12が必要
$ yum install python-matplotlib・・・>1.2が必要

実行ファイルをダウンロード

その他

gsコマンド latexコマンド dvipdfコマンド