RELION2のScientificLinux7への導入
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目次
Open MPI のインストール
yumコマンドを使ってインストールをしていきましょう。
$ yum install openmpi $ yum install openmpi-devel
Cuda7.5 のインストール
まず、EPELリポジトリを使えるようにしておくと良いので、EPELレポジトリを使っていない方は、使えるようにしましょう。
$ yum install epel-release.noarch
次に、Cuda7.5のダウンロードとインストールです。
$ wget http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/7.5/Prod/local_installers/cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm $ rpm -i cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm $ yum clean all $ yum install cuda-7-5.x86_64
再起動します。
$ reboot
Relion2.0 のインストール
まず、cmake3コマンドとpatchコマンドを使えるようにしましょう。
$ yum install cmake3 $ yum install patch
Relion2.0のダウンロードとインストールを行います。
$ git clone https://github.com/3dem/relion.git $ cd relion $ mkdir build $ cd build $ cmake3 $ make
エラーが出なければ、無事、インストール完了です。 最後に環境設定を行います。
$ export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH $ export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build//lib:$LD_LIBRARY_PATH $ export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh"
"***"には、relion-1.4までのパスを書き込んでください。
$relion
でRelionが起動するはずです。
MotionCor2
実行ファイルを
http://msg.ucsf.edu/em/software/motioncor2.html
からダウンロードします。
そのまま実行しようとすると、libcufft.so.7.5やlibtiff.so.3がないとエラーが出たので、
$ echo “/usr/local/cuda-7.5/targets/x86_64-linux/lib” > /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf $ ldconfig $ yum install campat-libtiff3
を行います。
relionからMotionCor2が実行できるよう、環境設定を行います。
CTFFIND4.1
実行ファイルをhttp://grigoriefflab.janelia.org/ctfからダウンロードします。 ダウンロードするものは、"ctffind-4.1.5.tar.gz"です。解答して使います。
RESMAP
$ python --version・・・バージョンを確認。>2.7が必要 $ yum install numpy・・・>1.6が必要 $ yum install scipy・・・>0.12が必要 $ yum install python-matplotlib・・・>1.2が必要
実行ファイルをダウンロード
環境設定
その他
gsコマンド latexコマンド dvipdfコマンド