RELION2のScientificLinux7への導入

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2017年3月9日 (木) 09:20時点におけるTakahiro (トーク | 投稿記録)による版

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Open MPI のインストール

yumコマンドを使ってインストールをしていきましょう。

$ yum install openmpi
$ yum install openmpi-devel

Cuda7.5 のインストール

まず、EPELリポジトリを使えるようにしておくと良いので、EPELレポジトリを使っていない方は、使えるようにしましょう。

$ yum install epel-release.noarch

次に、Cuda7.5のダウンロードとインストールです。

$ wget http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/7.5/Prod/local_installers/cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm
$ rpm -i cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm
$ yum clean all
$ yum install cuda-7-5.x86_64 

再起動します。

$ reboot

Relion2.0 のインストール

まず、cmake3コマンドとpatchコマンドを使えるようにしましょう。

$ yum install cmake3
$ yum install patch

Relion2.0のダウンロードとインストールを行います。

$ git clone https://github.com/3dem/relion.git
$ cd relion
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake3
$ make

エラーが出なければ、無事、インストール完了です。 最後に環境設定を行います。

$ export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build//lib:$LD_LIBRARY_PATH
$ export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh"

"***"には、relionフォルダまでのパスを書き込んでください。

$relion

でRelionが起動するはずです。

MotionCor2

実行ファイルを http://msg.ucsf.edu/em/software/motioncor2.html からダウンロードします。
そのまま実行しようとすると、libcufft.so.7.5やlibtiff.so.3がないとエラーが出たので、

$ echo “/usr/local/cuda-7.5/targets/x86_64-linux/lib” > /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf
$ ldconfig
$ yum install campat-libtiff3

を行います。
relionからMotionCor2が実行できるよう、環境設定を行います。

CTFFIND4.1

実行ファイルをhttp://grigoriefflab.janelia.org/ctfからダウンロードします。
ダウンロードするものは、"ctffind-4.1.5.tar.gz"です。解答して使います。
relionからCTFFIND4.1が実行できるよう、環境設定を行います。

RESMAP

実行ファイルをhttp://resmap.sourceforge.net/からダウンロードします。

$ python --version・・・バージョンを確認。>2.7が必要
$ yum install numpy・・・>1.6が必要
$ yum install scipy・・・>0.12が必要
$ yum install python-matplotlib・・・>1.2が必要

relionからRESMAPが実行できるよう、環境設定を行います。


環境設定

  1. Setup openMPI

export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH

  1. Setup RELION
       #Relion-1.4#
  1. export PATH=/home/people/takahiro/src/relion-1.4/bin:$PATH
  2. export LD_LIBRARY_PATH=/home/people/takahieo/src/relion-1.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  3. export RELION_QSUB_TEMPLATE="/home/people/takahiro/src/relion-1.4/bin/qsub.csh"
       #Relion-2.0#

export PATH=/home/people/takahiro/src/relion2-beta/build/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/home/people/takahieo/src/relion2-beta/build/lib:$LD_LIBRARY_PATH

  1. Where is qsub template script stored

export RELION_QSUB_TEMPLATE="/home/people/takahiro/src/relion2-beta/build/bin/relion_qsub.csh"

  1. Default PDF viewer

export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"

  1. Default MOTIONCORR executable

export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/home/people/takahiro/src/MotionCor2-10-19-2016"

  1. For CTFFIND3 this would be
  2. export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/home/people/takahiro/src/ctf/ctffind3_mp.exe"
  3. For Ctffind3_mp
  4. export NCPUS=32
  5. Default CTFFIND executable, version 4.1.x

export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/home/people/takahiro/src/ctffind-4.1.5/ctffind"

  1. Default ResMap executable

export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/home/people/takahiro/src/ResMap-1.1.4-linux64"

  1. Enforce cluster jobs to occupy entire nodes with 24 hyperthreads

export RELION_MINIMUM_DEDICATED=24

  1. Do not allow the user to change the enforcement of entire nodes

export RELION_ALLOW_CHANGE_MINIMUM_DEDICATED=0

  1. Ask for confirmation if users try to submit local jobs with more than 12 MPI nodes

export RELION_WARNING_LOCAL_MPI=12 ↑何のためかよくわからないが、Relionのホームページに載っていた

  1. CUDA for RELION

export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/use/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH export CUDA_HOME="/usr/local/cuda"


その他

gsコマンド latexコマンド dvipdfコマンド