「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分
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2017年2月22日 (水) 15:32時点における版
CentOS7.3 (RHEL系)へのRELION2.0インストール
現在,RELION2.0をCentOS7.3で利用する際に,CentOS7.3が持つパッケージのバグにより,MPIが正常に動作しない現象が発生する模様です.RELIONのベンチマークをコマンドラインで実行しようとすると,
localhost.localdomain.5517hfi_wait_for_device: The /dev/hfi1_0 device failed to appear after 15.0 seconds: Connection timed out
のエラーメッセージが出ます. https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1408316
これは,libfabric1.3のバグによるものなので,libfabric1.4へアップグレードすることで回避できます. https://koji.fedoraproject.org/koji/buildinfo?buildID=814957 から,Fedora用のsrc.rpm(SRPM)を取得し,rpmbuildコマンドでリビルドすることで,インストール可能です.
Ubuntu-16.04 LTS へのインストール
必要なライブラリのインストール
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortrun ubuntu-make build-essential openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev
nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをインストール(自分のPCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])
https://developer.nvidia.com/cuda-downloads
openmpiのインストール
https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/
relion2.0のインストール
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install