「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分
提供: Eospedia
Shgtkmt.tech (トーク | 投稿記録) (→必要なライブラリのインストール) |
Shgtkmt.tech (トーク | 投稿記録) (→openmpiのインストール) |
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行14: | 行14: | ||
https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/ | https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/ | ||
− | + | 上記URL要約 | |
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/ | https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/ | ||
からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、そのディレクトリへ移動し以下コマンド実行 | からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、そのディレクトリへ移動し以下コマンド実行 | ||
行24: | 行24: | ||
上記2行を付け加える | 上記2行を付け加える | ||
$ source /etc/profile | $ source /etc/profile | ||
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====relion2.0のインストール==== | ====relion2.0のインストール==== |
2017年3月12日 (日) 19:44時点における版
Ubuntu-16.04 LTS へのインストール
virtual boxを利用する場合は以下URL参照
http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13
必要なライブラリのインストール
$ sudo apt-get update $ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev
nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをインストール(PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])
https://developer.nvidia.com/cuda-downloads
openmpiのインストール
https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/
上記URL要約 https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/ からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、そのディレクトリへ移動し以下コマンド実行 $ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi" $ make && sudo make install $ sudo vim /etc/profile >>export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" >>export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" 上記2行を付け加える $ source /etc/profile
relion2.0のインストール
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install
インストールできないときは、githubのissuesを参照 https://github.com/3dem/relion/issues