RELION2のUbuntuへの導入

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2017年3月12日 (日) 19:36時点におけるShgtkmt.tech (トーク | 投稿記録)による版

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Ubuntu-16.04 LTS へのインストール 

必要なライブラリのインストール

sudo apt-get update

sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev


nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをインストール(自分のPCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])

https://developer.nvidia.com/cuda-downloads


openmpiのインストール

https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/

要約
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/
からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、そのディレクトリへ移動し以下コマンド実行
$ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
$ make && sudo make install
$ sudo vim /etc/profile
  >>export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
  >>export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
上記2行を付け加える
$ source /etc/profile


relion2.0のインストール

https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install

インストールできないときは、githubのissuesを参照

https://github.com/3dem/relion/issues