RELION tips

マスク

円筒マスクの作成

relion_helix_toolboxを用います。

> relion_helix_toolbox --cylinder --cyl_outer_diameter <円筒の直径> --angpix <ピクセルサイズ Å/pix> --o <出力ファイル名> \
      --boxdim <ボックスサイズ pix> --sphere_percentage <ボックスサイズに対する球面マスクの直径の比率> --width <コサイン型ソフトエッジの幅>

• --cylinderで円筒マスクの作成を指定。
• 円筒マスクは球マスクで両端を削り長さを調整する。(--sphere_percentage)

マスクの位置調整したい

relion_image_handlerで動かせます。

> relion_image_handler --i <入力マップ> --o <出力マップ> --shift_x <xシフト pix> --shift_y <yシフト pix> --shift_z <zシフト pix>