「clusterShow」の版間の差分
提供: Eospedia
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>入力ファイル: [[ASCII]](ログ)</td> | + | <td>入力ファイル: [[ASCII]](ログ)(全体)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-i2</td> | <td>-i2</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>入力ファイル2: [[ASCII]]( | + | <td>入力ファイル2: [[ASCII]](ログ)(ノードのみ)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | <div>-i, -i2 | + | <div>-i, -i2 -ib のいずれかは必須</div> |
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Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc | Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>[[Media:Outdata-clusterLogBin.zip|-ib のデータ]]</div> | ||
+ | <div>ファイル名</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Outdata | ||
+ | Outdata.00000001.00000000.00000002 | ||
+ | Outdata.00000001.00000000.00000004 | ||
+ | Outdata.00000003.00000002.00000003 | ||
+ | Outdata.00000005.00000005.00000005 | ||
</pre> | </pre> | ||
<br> | <br> | ||
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1 0 3 2 1.77375e+11 | 1 0 3 2 1.77375e+11 | ||
1 0 1 0 3.72121e+11 | 1 0 1 0 3.72121e+11 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====-ib のデータで実行==== | ||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 1 0 5 5 1.04435e+11 | ||
+ | 2 0 5 5 1.90062e+11 | ||
+ | 2 1 5 5 1.27924e+11 | ||
+ | 3 0 5 5 2.70151e+11 | ||
+ | 3 1 5 5 2.24399e+11 | ||
+ | 3 2 5 5 2.00805e+11 | ||
+ | 4 0 5 5 2.70277e+11 | ||
+ | 4 1 5 5 2.23333e+11 | ||
+ | 4 2 5 5 2.13958e+11 | ||
+ | 4 3 5 5 1.54653e+11 | ||
+ | 1 0 1 0 1.77375e+11 | ||
+ | 2 0 1 0 2.92444e+11 | ||
+ | 2 1 1 0 2.00805e+11 | ||
+ | 3 0 1 0 2.95344e+11 | ||
+ | 3 1 1 0 2.13958e+11 | ||
+ | 3 2 1 0 1.54653e+11 | ||
+ | 1 0 3 2 1.77375e+11 | ||
+ | 2 0 3 2 3.71482e+11 | ||
+ | 2 1 3 2 2.33577e+11 | ||
+ | 1 0 1 0 37.2121 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-O のデータ</div> | ||
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+ | 1 0 5 5 1.04435e+11 | ||
+ | 3 2 1 0 1.54653e+11 | ||
+ | 1 0 3 2 1.77375e+11 | ||
+ | 1 0 1 0 37.2121 | ||
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2014年5月9日 (金) 00:00時点における版
clusterShowとはmrcImage(2D)に対してクラスター解析のデンドログラム(樹形図)をつくるEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル: ASCII(ログ)(全体) | NULL |
-i2 | 選択 | 入力ファイル2: ASCII(ログ)(ノードのみ) | NULL |
-ib | 選択 | バイナリログファイル名(ベース) | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: ASCII(全部) | stdout |
-O | 選択 | 出力ファイル: ASCII(クラスターのみ) | stdout |
-PS | 選択 | 出力ファイル: ASCII(クラスター: PS, -I が必要) | stdout |
-I | 選択 | ファイルリスト: ASCII | NULL |
-OL | 選択 | 出力ファイル: ASCII(クラスター: リスト) | stdout |
-OT | 選択 | 出力ファイル: ASCII(樹形図) | NULL |
-AL | 選択 | 出力: (OutAL, OutALRange, OutALSuffix) | (stdout, 0, avg) |
-Last | 選択 | 最終No. | 1 |
-S | 選択 | スケール: (Shulder, Arm) | (1, 1) |
-P | 選択 | 座標: (X, Y) | (0, 0) |
-Offset | 選択 | Armのオフセット | 1 |
-Log | 選択 | ArmのLogスケール | |
-Scaling | 選択 | with Scaling | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-i, -i2 -ib のいずれかは必須
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイル
-i のデータ
1 0 5 5 1.04435e+11 2 0 5 5 1.90062e+11 2 1 5 5 1.27924e+11 3 0 5 5 2.70151e+11 3 1 5 5 2.24399e+11 3 2 5 5 2.00805e+11 4 0 5 5 2.70277e+11 4 1 5 5 2.23333e+11 4 2 5 5 2.13958e+11 4 3 5 5 1.54653e+11 1 0 1 0 1.77375e+11 2 0 1 0 2.92444e+11 2 1 1 0 2.00805e+11 3 0 1 0 2.95344e+11 3 1 1 0 2.13958e+11 3 2 1 0 1.54653e+11 1 0 3 2 1.77375e+11 2 0 3 2 3.71482e+11 2 1 3 2 2.33577e+11 1 0 1 0 3.72121e+11
-i2 のデータ
CLUST MIN 1 0 1.04435e+11 0.83054 CLUST MIN 4 3 1.54653e+11 0.643245 CLUST MIN 2 0 1.77375e+11 0.751614 CLUST MIN 3 0 3.72121e+11 0.635649
-I のデータ
Input-1VOM-N-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc
ファイル名
Outdata Outdata.00000001.00000000.00000002 Outdata.00000001.00000000.00000004 Outdata.00000003.00000002.00000003 Outdata.00000005.00000005.00000005
出力ファイル
-i のデータで実行
-o のデータ
1 0 5 5 1.04435e+11 2 0 5 5 1.90062e+11 2 1 5 5 1.27924e+11 3 0 5 5 2.70151e+11 3 1 5 5 2.24399e+11 3 2 5 5 2.00805e+11 4 0 5 5 2.70277e+11 4 1 5 5 2.23333e+11 4 2 5 5 2.13958e+11 4 3 5 5 1.54653e+11 1 0 1 0 1.77375e+11 2 0 1 0 2.92444e+11 2 1 1 0 2.00805e+11 3 0 1 0 2.95344e+11 3 1 1 0 2.13958e+11 3 2 1 0 1.54653e+11 1 0 3 2 1.77375e+11 2 0 3 2 3.71482e+11 2 1 3 2 2.33577e+11 1 0 1 0 3.72121e+11
-O のデータ
1 0 5 5 1.04435e+11 3 2 1 0 1.54653e+11 1 0 3 2 1.77375e+11 1 0 1 0 3.72121e+11
-i2 のデータで実行
-o のデータ
1 0 5 5 1.04435e+11 3 2 1 0 1.54653e+11 1 0 3 2 1.77375e+11 1 0 1 0 3.72121e+11
-ib のデータで実行
-o のデータ
1 0 5 5 1.04435e+11 2 0 5 5 1.90062e+11 2 1 5 5 1.27924e+11 3 0 5 5 2.70151e+11 3 1 5 5 2.24399e+11 3 2 5 5 2.00805e+11 4 0 5 5 2.70277e+11 4 1 5 5 2.23333e+11 4 2 5 5 2.13958e+11 4 3 5 5 1.54653e+11 1 0 1 0 1.77375e+11 2 0 1 0 2.92444e+11 2 1 1 0 2.00805e+11 3 0 1 0 2.95344e+11 3 1 1 0 2.13958e+11 3 2 1 0 1.54653e+11 1 0 3 2 1.77375e+11 2 0 3 2 3.71482e+11 2 1 3 2 2.33577e+11 1 0 1 0 37.2121
-O のデータ
1 0 5 5 1.04435e+11 3 2 1 0 1.54653e+11 1 0 3 2 1.77375e+11 1 0 1 0 37.2121
-i, -I のデータで実行
-PS のファイル
-OL のデータ
Input-1VOM-N-2D.mrc 0 1.500000 267686019072.000000 Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc 1 0.500000 267686019072.000000 Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc 2 -0.500000 194746007552.000000 Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc 3 -1.500000 217468010496.000000 Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc 4 -2.500000 217468010496.000000
-OT のデータ
000003 0.000000 0.000000 1.000000 -1.500000 194746007552.000000 217468010496.000000 000004 217468010496.000000 -1.500000 0.500000 -0.500000 154652999680.000000 154652999680.000000 000002 194746007552.000000 1.000000 0.500000 -1.000000 72940003328.000000 177375002624.000000 000001 267686019072.000000 1.500000 0.500000 -0.500000 104434999296.000000 104434999296.000000
-AL のデータ
AL=(ファイル名, 0, avg)で実行
Input-1VOM-N-2D.mrc.avg 0 1.500000 267686019072.000000 0 0 Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc.avg 1 0.500000 267686019072.000000 0 0 Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc.avg 2 -0.500000 194746007552.000000 0 0 Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc.avg 3 -1.500000 217468010496.000000 0 0 Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc.avg 4 -2.500000 217468010496.000000 0 0
オプション -S, -P, -Log
S=(9, 9), P=(0, 100), -Logで実行
-PS のファイル(一部)
S=(9, 9), P=(100, 200), -Logで実行
-PS のファイル(一部)
S=(6, 15), P=(0, 100), -Logで実行
-PS のファイル(一部)
オプション -Scaling
-Scaling, S=(6, 30), P=(0, 100), -Logで実行
-PS のファイル(一部)
オプション -Offset
Offset=10, -Scaling, S=(6, 30), P=(0, 100), -Logで実行
-PS のファイル(一部)