clusterShow
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clusterShowとはmrcImage(2D)に対してクラスター解析のデンドログラム(樹形図)をつくるEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル: ASCII(ログ) | NULL |
-i2 | 選択 | 入力ファイル2: ASCII(ログ2) | NULL |
-ib | 選択 | バイナリログファイル名(ベース) | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: ASCII(全部) | stdout |
-O | 選択 | 出力ファイル: ASCII(クラスターのみ) | stdout |
-PS | 選択 | 出力ファイル: ASCII(クラスター: PS, -I が必要) | stdout |
-OL | 選択 | 出力ファイル: ASCII(クラスター: リスト) | stdout |
-OT | 選択 | 出力ファイル: ASCII(樹形図) | NULL |
-AL | 選択 | 出力: (OutAL, OutALRange, OutALSuffix) | (stdout, 0, avg) |
-Last | 選択 | 最終No. | 1 |
-S | 選択 | スケール: (Shulder, Arm) | (1, 1) |
-P | 選択 | 座標: (X, Y) | (0, 0) |
-Offset | 選択 | Armのオフセット | 1 |
-I | 選択 | ファイルリスト: ASCII | NULL |
-Log | 選択 | ArmのLogスケール | |
-Scaling | 選択 | with Scaling | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-i, -i2 の組み合わせか-ib のいずれかは必須
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイル
-i のデータ
1 0 5 5 1.04435e+11 2 0 5 5 1.90062e+11 2 1 5 5 1.27924e+11 3 0 5 5 2.70151e+11 3 1 5 5 2.24399e+11 3 2 5 5 2.00805e+11 4 0 5 5 2.70277e+11 4 1 5 5 2.23333e+11 4 2 5 5 2.13958e+11 4 3 5 5 1.54653e+11 1 0 1 0 1.77375e+11 2 0 1 0 2.92444e+11 2 1 1 0 2.00805e+11 3 0 1 0 2.95344e+11 3 1 1 0 2.13958e+11 3 2 1 0 1.54653e+11 1 0 3 2 1.77375e+11 2 0 3 2 3.71482e+11 2 1 3 2 2.33577e+11 1 0 1 0 3.72121e+11
-i2 のデータ
CLUST MIN 1 0 1.04435e+11 0.83054 CLUST MIN 4 3 1.54653e+11 0.643245 CLUST MIN 2 0 1.77375e+11 0.751614 CLUST MIN 3 0 3.72121e+11 0.635649
-I のデータ
Input-1VOM-N-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc
出力ファイル
-i のデータで実行
-o のデータ
1 0 5 5 1.04435e+11 2 0 5 5 1.90062e+11 2 1 5 5 1.27924e+11 3 0 5 5 2.70151e+11 3 1 5 5 2.24399e+11 3 2 5 5 2.00805e+11 4 0 5 5 2.70277e+11 4 1 5 5 2.23333e+11 4 2 5 5 2.13958e+11 4 3 5 5 1.54653e+11 1 0 1 0 1.77375e+11 2 0 1 0 2.92444e+11 2 1 1 0 2.00805e+11 3 0 1 0 2.95344e+11 3 1 1 0 2.13958e+11 3 2 1 0 1.54653e+11 1 0 3 2 1.77375e+11 2 0 3 2 3.71482e+11 2 1 3 2 2.33577e+11 1 0 1 0 3.72121e+11
-O のデータ
1 0 5 5 1.04435e+11 3 2 1 0 1.54653e+11 1 0 3 2 1.77375e+11 1 0 1 0 3.72121e+11
-i, -I のデータで実行
-PS のデータ
-OL のデータ
Input-1VOM-N-2D.mrc 0 1.500000 267686019072.000000 Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc 1 0.500000 267686019072.000000 Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc 2 -0.500000 194746007552.000000 Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc 3 -1.500000 217468010496.000000 Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc 4 -2.500000 217468010496.000000
-OT のデータ
000003 0.000000 0.000000 1.000000 -1.500000 194746007552.000000 217468010496.000000 000004 217468010496.000000 -1.500000 0.500000 -0.500000 154652999680.000000 154652999680.000000 000002 194746007552.000000 1.000000 0.500000 -1.000000 72940003328.000000 177375002624.000000 000001 267686019072.000000 1.500000 0.500000 -0.500000 104434999296.000000 104434999296.000000
-AL のデータ
AL=(ファイル名, 0, avg)で実行
Input-1VOM-N-2D.mrc.avg 0 1.500000 267686019072.000000 0 0 Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc.avg 1 0.500000 267686019072.000000 0 0 Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc.avg 2 -0.500000 194746007552.000000 0 0 Input-1VOM-N-Rot2-2D.mrc.avg 3 -1.500000 217468010496.000000 0 0 Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc.avg 4 -2.500000 217468010496.000000 0 0