「cryoSPARC」の版間の差分
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https://guide.cryosparc.com/processing-data/tutorial-videos | https://guide.cryosparc.com/processing-data/tutorial-videos | ||
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[https://cryosparc.com/docs/reference/install 公式の説明]にまずは従い、失敗したら[https://discuss.cryosparc.com ディスカッションフォーラム]で類似ケースを頑張って探します。それでも無理ならフォーラムで質問します。 | [https://cryosparc.com/docs/reference/install 公式の説明]にまずは従い、失敗したら[https://discuss.cryosparc.com ディスカッションフォーラム]で類似ケースを頑張って探します。それでも無理ならフォーラムで質問します。 | ||
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cryoSPARCはRELIONのような独立したGUIアプリではなく、ウェブブラウザからHTTPでアクセスして使うアプリになっています。遠隔から使うにはsshポートフォワードの設定などが必要になる場合もあると思います。 | cryoSPARCはRELIONのような独立したGUIアプリではなく、ウェブブラウザからHTTPでアクセスして使うアプリになっています。遠隔から使うにはsshポートフォワードの設定などが必要になる場合もあると思います。 | ||
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| + | 経験的には、既存環境へcryoSPARCを入れようとすると問題が起きることが多い印象です。Dockerで環境を用意すれば解放されます。 | ||
Single workstationモードで利用できるDockerfileを試験的に作ってみました( https://github.com/yasunaga-lab/docker )。こちらの使用方法はリポジトリのREADMEに執筆予定です。 | Single workstationモードで利用できるDockerfileを試験的に作ってみました( https://github.com/yasunaga-lab/docker )。こちらの使用方法はリポジトリのREADMEに執筆予定です。 | ||
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| + | Dockerのswarmモードを使ってcryoSPARCのクラスタを作ることもできます。整理の途中ですがこちらをご覧ください [[DockerでcryoSPARCクラスタ]] | ||
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== [[DockerでcryoSPARCクラスタ]] == | == [[DockerでcryoSPARCクラスタ]] == | ||
Docker swarmを使って、複数のホストマシンで構成されるcryoSPARCクラスタを作ってみます。 | Docker swarmを使って、複数のホストマシンで構成されるcryoSPARCクラスタを作ってみます。 | ||
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| + | == cryoSPARC使い方 研究室内向け == | ||
| + | 研究室のファイルサーバー内、"マニュアル\単粒子解析\cryoSPARC"に使用方法のドキュメントを置いてあります。 | ||
2020年9月24日 (木) 02:28時点における版
勉強
youtubeでワークショップの録画が公開されています。10時間以上に及ぶたいへん長いビデオですが、cryoSPARCを使うならば視聴が望ましいと思います。
https://guide.cryosparc.com/processing-data/tutorial-videos
インストール方法
(※ 安永研究室ではすでにcryoSPARCのクラスタが稼働しているので新規インストールは不要です。）
公式の説明にまずは従い、失敗したらディスカッションフォーラムで類似ケースを頑張って探します。それでも無理ならフォーラムで質問します。
こちらも要チェックです→ https://web.chaperone.jp/w/index.php?cryoSPARC
単一の計算機にインストールする場合は、Single workstationモードでのインストールにならえばよいです。
cryoSPARCはRELIONのような独立したGUIアプリではなく、ウェブブラウザからHTTPでアクセスして使うアプリになっています。遠隔から使うにはsshポートフォワードの設定などが必要になる場合もあると思います。
経験的には、既存環境へcryoSPARCを入れようとすると問題が起きることが多い印象です。Dockerで環境を用意すれば解放されます。
Single workstationモードで利用できるDockerfileを試験的に作ってみました( https://github.com/yasunaga-lab/docker )。こちらの使用方法はリポジトリのREADMEに執筆予定です。
Dockerのswarmモードを使ってcryoSPARCのクラスタを作ることもできます。整理の途中ですがこちらをご覧ください DockerでcryoSPARCクラスタ
cryoSPARC tips
cryoSPARCのtipsをまとめます。
DockerでcryoSPARCクラスタ
Docker swarmを使って、複数のホストマシンで構成されるcryoSPARCクラスタを作ってみます。
cryoSPARC使い方 研究室内向け
研究室のファイルサーバー内、"マニュアル\単粒子解析\cryoSPARC"に使用方法のドキュメントを置いてあります。
