cryoSPARC

勉強

youtubeでワークショップの録画が公開されています。10時間以上に及ぶたいへん長いビデオですが、cryoSPARCリファレンスには書いていないパラメータの詳細まで説明されているので、視聴が望ましいと思います。

https://guide.cryosparc.com/processing-data/tutorial-videos

インストールと使い方

公式の説明にまずは従い、失敗したらディスカッションフォーラムで類似ケースを頑張って探します。それでも無理ならフォーラムで質問します。

こちらも要チェックです→ https://web.chaperone.jp/w/index.php?cryoSPARC

単一の計算機にインストールする場合は、Single workstationモードでのインストールにならえばよいです。

cryoSPARCはRELIONのような独立したGUIアプリではなく、ウェブブラウザからHTTPでアクセスして使うアプリになっています。イメージ的にはJupyter Notebookが近いです。遠隔から使うにはsshポートフォワードの設定などが必要になる場合もあると思います。

Single workstationモードで利用できるDockerfileを試験的に作ってみました( https://github.com/yasunaga-lab/docker )。こちらの使用方法はリポジトリのREADMEに執筆予定です。