「cryoSPARC tips」の版間の差分
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=== 参考になるスクリプト === | === 参考になるスクリプト === | ||
cryosparc/cryosparc2_worker/cryosparc2_compute/jobs/workflows/buildrun_bench.py に、T20Sデータセットの自動処理が記述してある。 | cryosparc/cryosparc2_worker/cryosparc2_compute/jobs/workflows/buildrun_bench.py に、T20Sデータセットの自動処理が記述してある。 | ||
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+ | 基本的には以下の流れでジョブを作成してキューへ投下すれば良いようである。 | ||
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+ | $ cryosparcm cli "make_job(...)" | ||
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+ | これを実行するとcryoSPARCのGUIの方でジョブパネルが出現し、ステータスがbuildingになる。 | ||
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+ | make_jobの中に何を書くかは、上記のリファレンスガイドやT20Sベンチマークスクリプトを眺めたり、cryosparc/cryosparc2master/cryosparc2_compute/jobs/ 内の各ジョブディレクトリの build.py を読むとなんとなく把握できる感がある。 | ||
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+ | user_idを渡す必要があるが、それは以下で確認できる。 | ||
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+ | $ cryosparcm cli "GetUser('<ユーザー登録に使用したメールアドレス>')['_id']" | ||
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+ | 2. enqueue_jobでスケジューラにジョブを投下 | ||
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+ | プロジェクトIDはP1とかP2など。ジョブIDは手順1にて作成したジョブのID (J100とか)。レーン名は default としておけばスケジューラがよろしくやってくれる。 | ||
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+ | 上記コマンドにより、GUIでQueueボタンを押したときと同様の処理が行われる。 | ||
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+ | 使用可能なレーン名は、以下で確認できる。 | ||
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+ | $ cryosparcm cli "get_scheduler_lanes()" | ||
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+ | [{u'title': u'Lane default (node)', u'type': u'node', u'name': u'default', u'desc': u''}] | ||
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+ | 'name'キーに対応する値が、指定できるレーン名、のようである。 |
2020年9月11日 (金) 09:25時点における版
メタデータファイル(.cs, .csg)の編集
https://cryosparc.com/docs/tutorials/data-management#faq-cs-csg
コマンドラインインターフェイス
リファレンスガイド
https://guide.cryosparc.com/setup-configuration-and-management/management-and-monitoring/cli
参考になるスクリプト
cryosparc/cryosparc2_worker/cryosparc2_compute/jobs/workflows/buildrun_bench.py に、T20Sデータセットの自動処理が記述してある。
コマンドラインの使い方
基本的には以下の流れでジョブを作成してキューへ投下すれば良いようである。
1. make_jobでジョブを作成
$ cryosparcm cli "make_job(...)"
これを実行するとcryoSPARCのGUIの方でジョブパネルが出現し、ステータスがbuildingになる。
make_jobの中に何を書くかは、上記のリファレンスガイドやT20Sベンチマークスクリプトを眺めたり、cryosparc/cryosparc2master/cryosparc2_compute/jobs/ 内の各ジョブディレクトリの build.py を読むとなんとなく把握できる感がある。
user_idを渡す必要があるが、それは以下で確認できる。
$ cryosparcm cli "GetUser('<ユーザー登録に使用したメールアドレス>')['_id']"
2. enqueue_jobでスケジューラにジョブを投下
$ cryosparcm cli "enqueue_job('<プロジェクトID>', '<ジョブID>', '<レーン名>'"
プロジェクトIDはP1とかP2など。ジョブIDは手順1にて作成したジョブのID (J100とか)。レーン名は default としておけばスケジューラがよろしくやってくれる。
上記コマンドにより、GUIでQueueボタンを押したときと同様の処理が行われる。
使用可能なレーン名は、以下で確認できる。
$ cryosparcm cli "get_scheduler_lanes()" [{u'title': u'Lane default (node)', u'type': u'node', u'name': u'default', u'desc': u''}]
'name'キーに対応する値が、指定できるレーン名、のようである。