「ctfDetermine」の版間の差分

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'''ctfDetermine'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''ctfDetermine'''とは、デフォーカスを決定するための[[Eos]]の[[コマンド]]である。
 
+
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
行14: 行13:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力ファイル設定(mrcImage)</td>  
+
<td>入力ファイル設定: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行19:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>出力ファイル設定(Parameters)</td>  
+
<td>出力ファイル設定: [[ASCII]](パラメータ)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行25:
 
<td>-D</td>  
 
<td>-D</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>デフォーカス初期値: [A]</td>  
<td></td>  
+
<td>0.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>[[球面収差係数]]初期値: [mm]</td>  
<td></td>  
+
<td>1.7</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Cc</td>  
 
<td>-Cc</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>色収差係数初期値: [mm]</td>  
<td></td>  
+
<td>1.2</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-dE</td>  
 
<td>-dE</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>dE初期値: [mm]</td>  
<td></td>  
+
<td>0.2</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Ac</td>  
 
<td>-Ac</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>[[加速電圧]]: [kV]</td>  
<td></td>  
+
<td>200</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-CutLow</td>  
 
<td>-CutLow</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>CutOffLowFrequncy[/A]</td>  
<td></td>  
+
<td>0.05</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-CutHigh</td>  
 
<td>-CutHigh</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>CutOffHighFrequncy[/A]</td>  
<td></td>  
+
<td>0.5</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-I0</td>  
 
<td>-I0</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>I0</td>  
<td></td>  
+
<td>1.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-ratio</td>  
 
<td>-ratio</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>ratioOfAmpToPhase</td>  
<td></td>  
+
<td>0.1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Ai</td>  
 
<td>-Ai</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>[[照射半角]]: [mrad]</td>  
<td></td>  
+
<td>0.03</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-BofMTF</td>  
 
<td>-BofMTF</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>B of MTF [A]</td>  
<td></td>  
+
<td>15.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-BofV</td>  
 
<td>-BofV</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>B of Vibration [A]</td>  
<td></td>  
+
<td>3.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Mag</td>  
 
<td>-Mag</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>倍率</td>  
<td></td>  
+
<td>1.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Noise</td>  
 
<td>-Noise</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>S/N比</td>  
<td></td>  
+
<td>0.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Noise2</td>  
 
<td>-Noise2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>S/N比2</td>  
<td></td>  
+
<td>0.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-MolcEnv</td>  
 
<td>-MolcEnv</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>Gaussian: Molcular Envelop [A]</td>  
<td></td>  
+
<td>0.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-MolcEnv2</td>  
 
<td>-MolcEnv2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>Table: Molcular Envelop</td>  
<td></td>  
+
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-min</td>  
 
<td>-min</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>min of coefficient area</td>  
<td></td>  
+
<td>-10</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-max</td>  
 
<td>-max</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>max of coefficient area</td>  
<td></td>  
+
<td>10</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-s</td>  
 
<td>-s</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>step of coefficient</td>  
<td></td>  
+
<td>0.01</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-d</td>  
 
<td>-d</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>degree of function</td>  
<td></td>  
+
<td>6</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-S</td>  
 
<td>-S</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>section number of fft</td>  
<td></td>  
+
<td>4</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行173: 行172:
 
<td> </td>  
 
<td> </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
</table>  
+
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行183: 行182:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
<td></td>  
+
<td>ミニマックス法 (Henderson-like CTF determination) </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>1</td>  
+
<td>16</td>
<td></td>  
+
<td>フィッティング法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>32</td>
 +
<td>差分法 </td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>64</td>
 +
<td>共分散法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>96</td>
 +
<td>差分法+共分散法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>128</td>
 +
<td>最小二乗法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>160</td>
 +
<td>差分法+最小二乗法 (by Imamura)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>161</td>
 +
<td>差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1) </td>
 +
</tr>
 +
<tr>  
 +
<td>163</td>
 +
<td>差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2) </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
行193: 行220:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[:Media:Input-3D-Data.ctf | 入力ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-ctfDetermine.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.54801 (35, 32, 8)<br>
 +
1.3162 (35, 0, 55)<br>
 +
-7.58399e-11<br>
 +
0.19545<br>
 +
0.000279214<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<pre>
 +
I:                          1
 +
Isignal:                    1
 +
Magnification:              1
 +
defocus:                    0
 +
AoverP:                    0.1
 +
Cs:                        1.7
 +
Cc:                        1.2
 +
dE:                        0.2
 +
Ai:                      0.03
 +
MTFMode:                32767
 +
MTF:                        15
 +
MTF2:              4.59163e-41
 +
flagVibration:              0
 +
BofVibration:                3
 +
flagSN:                      0 
 +
SN:                          0
 +
Inoise:                      0
 +
flagSN2:                    0 
 +
SN2:                        0
 +
Inoise2:                    0
 +
flagMolecEnvTable:    -1922289664
 +
defocus2D0:                  0
 +
defocus2D1:                  0
 +
defocus0axis:                0
 +
kV:                        200
 +
flagWin:          -1906535056 
 +
CutLow:                  0.05
 +
CutHigh:                  0.5
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション -D===
 +
====D=1で実行====
 +
<pre>
 +
defocus:                    1
 +
defocus2D0:                  1
 +
defocus2D1:                  1
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -Cs===
 +
====Cs=2で実行====
 +
<pre>
 +
Cs:                          2
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -Cc===
 +
====Cc=1で実行====
 +
<pre>
 +
Cc:                          1
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -dE===
 +
====dE=0.5で実行====
 +
<pre>
 +
dE:                        0.5
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -Ac===
 +
====Ac=100で実行====
 +
<pre>
 +
kV:                        100
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -CutLow===
 +
====CutLow=0.1で実行====
 +
<pre>
 +
CutLow:                    0.1
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -CutHigh===
 +
====CutHigh=0.3で実行====
 +
<pre>
 +
CutHigh:                  0.3
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -I0===
 +
====I0=2で実行====
 +
<pre>
 +
I:                          2
 +
Isignal:                    2
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -ratio===
 +
====ratio=0.2で実行====
 +
<pre>
 +
AoverP:                    0.2
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -Ai===
 +
====Ai=0.01で実行====
 +
<pre>
 +
Ai:                      0.01
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -BofMTF===
 +
====BofMTF=20で実行====
 +
<pre>
 +
MTF:                        20
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -BofV===
 +
====BofV=5で実行====
 +
<pre>
 +
flagVibration:              1
 +
BofVibration:                5
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -Mag===
 +
====Mag=2で実行====
 +
<pre>
 +
Magnification:              2
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -Noise===
 +
====Noise=0.1で実行====
 +
<pre>
 +
flagSN:                      1 
 +
SN:                        0.1
 +
Inoise:                    0.1
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -Noise2===
 +
====Noise2=0.2で実行====
 +
<pre>
 +
flagSN2:                    1 
 +
SN2:                      0.2
 +
Inoise2:                  0.2
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション -MolcEnv2===
 +
====MolcEnv=(ファイル名)で実行====
 +
<pre>
 +
flagMolecEnvTable:              1
 +
MET-File:      (ファイル名)
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>

2015年1月23日 (金) 09:59時点における最新版

ctfDetermineとは、デフォーカスを決定するためのEosコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル設定: ASCII(パラメータ) NULL
-D 選択 デフォーカス初期値: [A] 0.0
-Cs 選択 球面収差係数初期値: [mm] 1.7
-Cc 選択 色収差係数初期値: [mm] 1.2
-dE 選択 dE初期値: [mm] 0.2
-Ac 選択 加速電圧: [kV] 200
-CutLow 選択 CutOffLowFrequncy[/A] 0.05
-CutHigh 選択 CutOffHighFrequncy[/A] 0.5
-I0 選択 I0 1.0
-ratio 選択 ratioOfAmpToPhase 0.1
-Ai 選択 照射半角: [mrad] 0.03
-BofMTF 選択 B of MTF [A] 15.0
-BofV 選択 B of Vibration [A] 3.0
-Mag 選択 倍率 1.0
-Noise 選択 S/N比 0.0
-Noise2 選択 S/N比2 0.0
-MolcEnv 選択 Gaussian: Molcular Envelop [A] 0.0
-MolcEnv2 選択 Table: Molcular Envelop NULL
-min 選択 min of coefficient area -10
-max 選択 max of coefficient area 10
-s 選択 step of coefficient 0.01
-d 選択 degree of function 6
-S 選択 section number of fft 4
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0 ミニマックス法 (Henderson-like CTF determination)
16 フィッティング法
32 差分法
64 共分散法
96 差分法+共分散法
128 最小二乗法
160 差分法+最小二乗法 (by Imamura)
161 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)
163 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2)


実行例

入力ファイルの画像

Input-ctfDetermine.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.54801 (35, 32, 8)

1.3162 (35, 0, 55)
-7.58399e-11
0.19545

0.000279214


オプション必須項目のみの場合

I:                           1
Isignal:                     1
Magnification:               1
defocus:                     0
AoverP:                    0.1
Cs:                        1.7
Cc:                        1.2
dE:                        0.2
Ai:                       0.03
MTFMode:                 32767
MTF:                        15
MTF2:              4.59163e-41
flagVibration:               0
BofVibration:                3
flagSN:                      0  
SN:                          0
Inoise:                      0
flagSN2:                     0  
SN2:                         0
Inoise2:                     0
flagMolecEnvTable:     -1922289664
defocus2D0:                  0
defocus2D1:                  0
defocus0axis:                0
kV:                        200
flagWin:           -1906535056  
CutLow:                   0.05
CutHigh:                   0.5


オプション -D

D=1で実行

defocus:                     1
defocus2D0:                  1
defocus2D1:                  1
その他の内容は変化なし


オプション -Cs

Cs=2で実行

Cs:                          2
その他の内容は変化なし


オプション -Cc

Cc=1で実行

Cc:                          1
その他の内容は変化なし


オプション -dE

dE=0.5で実行

dE:                        0.5
その他の内容は変化なし


オプション -Ac

Ac=100で実行

kV:                        100
その他の内容は変化なし


オプション -CutLow

CutLow=0.1で実行

CutLow:                    0.1
その他の内容は変化なし


オプション -CutHigh

CutHigh=0.3で実行

CutHigh:                   0.3
その他の内容は変化なし


オプション -I0

I0=2で実行

I:                           2
Isignal:                     2
その他の内容は変化なし


オプション -ratio

ratio=0.2で実行

AoverP:                    0.2
その他の内容は変化なし


オプション -Ai

Ai=0.01で実行

Ai:                       0.01
その他の内容は変化なし


オプション -BofMTF

BofMTF=20で実行

MTF:                        20
その他の内容は変化なし


オプション -BofV

BofV=5で実行

flagVibration:               1
BofVibration:                5
その他の内容は変化なし


オプション -Mag

Mag=2で実行

Magnification:               2
その他の内容は変化なし


オプション -Noise

Noise=0.1で実行

flagSN:                      1  
SN:                        0.1
Inoise:                    0.1
その他の内容は変化なし


オプション -Noise2

Noise2=0.2で実行

flagSN2:                     1  
SN2:                       0.2
Inoise2:                   0.2
その他の内容は変化なし


オプション -MolcEnv2

MolcEnv=(ファイル名)で実行

flagMolecEnvTable:               1
MET-File:      (ファイル名)
その他の内容は変化なし