「ctfDetermine」の版間の差分
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== オプション一覧 == | == オプション一覧 == | ||
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル設定 | + | <td>入力ファイル設定: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>出力ファイル設定( | + | <td>出力ファイル設定: [[ASCII]](パラメータ)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-D</td> | <td>-D</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>デフォーカス初期値: [A]</td> |
− | <td></td> | + | <td>0.0</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Cs</td> | <td>-Cs</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>[[球面収差係数]]初期値: [mm]</td> |
− | <td></td> | + | <td>1.7</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Cc</td> | <td>-Cc</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>色収差係数初期値: [mm]</td> |
− | <td></td> | + | <td>1.2</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-dE</td> | <td>-dE</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>dE初期値: [mm]</td> |
− | <td></td> | + | <td>0.2</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Ac</td> | <td>-Ac</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>[[加速電圧]]: [kV]</td> |
− | <td></td> | + | <td>200</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-CutLow</td> | <td>-CutLow</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>CutOffLowFrequncy[/A]</td> |
− | <td></td> | + | <td>0.05</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-CutHigh</td> | <td>-CutHigh</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>CutOffHighFrequncy[/A]</td> |
− | <td></td> | + | <td>0.5</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-I0</td> | <td>-I0</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>I0</td> |
− | <td></td> | + | <td>1.0</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-ratio</td> | <td>-ratio</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>ratioOfAmpToPhase</td> |
− | <td></td> | + | <td>0.1</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Ai</td> | <td>-Ai</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>[[照射半角]]: [mrad]</td> |
− | <td></td> | + | <td>0.03</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-BofMTF</td> | <td>-BofMTF</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>B of MTF [A]</td> |
− | <td></td> | + | <td>15.0</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-BofV</td> | <td>-BofV</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>B of Vibration [A]</td> |
− | <td></td> | + | <td>3.0</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Mag</td> | <td>-Mag</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>倍率</td> |
− | <td></td> | + | <td>1.0</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Noise</td> | <td>-Noise</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>S/N比</td> |
− | <td></td> | + | <td>0.0</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Noise2</td> | <td>-Noise2</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>S/N比2</td> |
− | <td></td> | + | <td>0.0</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-MolcEnv</td> | <td>-MolcEnv</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>Gaussian: Molcular Envelop [A]</td> |
− | <td></td> | + | <td>0.0</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-MolcEnv2</td> | <td>-MolcEnv2</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>Table: Molcular Envelop</td> |
− | <td></td> | + | <td>NULL</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-min</td> | <td>-min</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>min of coefficient area</td> |
− | <td></td> | + | <td>-10</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-max</td> | <td>-max</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>max of coefficient area</td> |
− | <td></td> | + | <td>10</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-s</td> | <td>-s</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>step of coefficient</td> |
− | <td></td> | + | <td>0.01</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-d</td> | <td>-d</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>degree of function</td> |
− | <td></td> | + | <td>6</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-S</td> | <td>-S</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>section number of fft</td> |
− | <td></td> | + | <td>4</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
行173: | 行172: | ||
<td> </td> | <td> </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
行183: | 行182: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>ミニマックス法 (Henderson-like CTF determination) </td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>1</td> | + | <td>16</td> |
− | <td></td> | + | <td>フィッティング法</td> |
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>32</td> | ||
+ | <td>差分法 </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>64</td> | ||
+ | <td>共分散法</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>96</td> | ||
+ | <td>差分法+共分散法</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>128</td> | ||
+ | <td>最小二乗法</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>160</td> | ||
+ | <td>差分法+最小二乗法 (by Imamura)</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>161</td> | ||
+ | <td>差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1) </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>163</td> | ||
+ | <td>差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2) </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===[[:Media:Input-3D-Data.ctf | 入力ファイル]]の画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-ctfDetermine.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.54801 (35, 32, 8)<br> | ||
+ | 1.3162 (35, 0, 55)<br> | ||
+ | -7.58399e-11<br> | ||
+ | 0.19545<br> | ||
+ | 0.000279214<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <pre> | ||
+ | I: 1 | ||
+ | Isignal: 1 | ||
+ | Magnification: 1 | ||
+ | defocus: 0 | ||
+ | AoverP: 0.1 | ||
+ | Cs: 1.7 | ||
+ | Cc: 1.2 | ||
+ | dE: 0.2 | ||
+ | Ai: 0.03 | ||
+ | MTFMode: 32767 | ||
+ | MTF: 15 | ||
+ | MTF2: 4.59163e-41 | ||
+ | flagVibration: 0 | ||
+ | BofVibration: 3 | ||
+ | flagSN: 0 | ||
+ | SN: 0 | ||
+ | Inoise: 0 | ||
+ | flagSN2: 0 | ||
+ | SN2: 0 | ||
+ | Inoise2: 0 | ||
+ | flagMolecEnvTable: -1922289664 | ||
+ | defocus2D0: 0 | ||
+ | defocus2D1: 0 | ||
+ | defocus0axis: 0 | ||
+ | kV: 200 | ||
+ | flagWin: -1906535056 | ||
+ | CutLow: 0.05 | ||
+ | CutHigh: 0.5 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -D=== | ||
+ | ====D=1で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | defocus: 1 | ||
+ | defocus2D0: 1 | ||
+ | defocus2D1: 1 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Cs=== | ||
+ | ====Cs=2で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | Cs: 2 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Cc=== | ||
+ | ====Cc=1で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | Cc: 1 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -dE=== | ||
+ | ====dE=0.5で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | dE: 0.5 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Ac=== | ||
+ | ====Ac=100で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | kV: 100 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -CutLow=== | ||
+ | ====CutLow=0.1で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | CutLow: 0.1 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -CutHigh=== | ||
+ | ====CutHigh=0.3で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | CutHigh: 0.3 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -I0=== | ||
+ | ====I0=2で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | I: 2 | ||
+ | Isignal: 2 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -ratio=== | ||
+ | ====ratio=0.2で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | AoverP: 0.2 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Ai=== | ||
+ | ====Ai=0.01で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | Ai: 0.01 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -BofMTF=== | ||
+ | ====BofMTF=20で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | MTF: 20 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -BofV=== | ||
+ | ====BofV=5で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | flagVibration: 1 | ||
+ | BofVibration: 5 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Mag=== | ||
+ | ====Mag=2で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | Magnification: 2 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Noise=== | ||
+ | ====Noise=0.1で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | flagSN: 1 | ||
+ | SN: 0.1 | ||
+ | Inoise: 0.1 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Noise2=== | ||
+ | ====Noise2=0.2で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | flagSN2: 1 | ||
+ | SN2: 0.2 | ||
+ | Inoise2: 0.2 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -MolcEnv2=== | ||
+ | ====MolcEnv=(ファイル名)で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | flagMolecEnvTable: 1 | ||
+ | MET-File: (ファイル名) | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>その他の内容は変化なし</div> |
2015年1月23日 (金) 09:59時点における最新版
ctfDetermineとは、デフォーカスを決定するためのEosのコマンドである。
目次
- 1 オプション一覧
- 2 実行例
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル設定: ASCII(パラメータ) | NULL |
-D | 選択 | デフォーカス初期値: [A] | 0.0 |
-Cs | 選択 | 球面収差係数初期値: [mm] | 1.7 |
-Cc | 選択 | 色収差係数初期値: [mm] | 1.2 |
-dE | 選択 | dE初期値: [mm] | 0.2 |
-Ac | 選択 | 加速電圧: [kV] | 200 |
-CutLow | 選択 | CutOffLowFrequncy[/A] | 0.05 |
-CutHigh | 選択 | CutOffHighFrequncy[/A] | 0.5 |
-I0 | 選択 | I0 | 1.0 |
-ratio | 選択 | ratioOfAmpToPhase | 0.1 |
-Ai | 選択 | 照射半角: [mrad] | 0.03 |
-BofMTF | 選択 | B of MTF [A] | 15.0 |
-BofV | 選択 | B of Vibration [A] | 3.0 |
-Mag | 選択 | 倍率 | 1.0 |
-Noise | 選択 | S/N比 | 0.0 |
-Noise2 | 選択 | S/N比2 | 0.0 |
-MolcEnv | 選択 | Gaussian: Molcular Envelop [A] | 0.0 |
-MolcEnv2 | 選択 | Table: Molcular Envelop | NULL |
-min | 選択 | min of coefficient area | -10 |
-max | 選択 | max of coefficient area | 10 |
-s | 選択 | step of coefficient | 0.01 |
-d | 選択 | degree of function | 6 |
-S | 選択 | section number of fft | 4 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | ミニマックス法 (Henderson-like CTF determination) |
16 | フィッティング法 |
32 | 差分法 |
64 | 共分散法 |
96 | 差分法+共分散法 |
128 | 最小二乗法 |
160 | 差分法+最小二乗法 (by Imamura) |
161 | 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1) |
163 | 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2) |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
-1.54801 (35, 32, 8) 1.3162 (35, 0, 55) |
オプション必須項目のみの場合
I: 1 Isignal: 1 Magnification: 1 defocus: 0 AoverP: 0.1 Cs: 1.7 Cc: 1.2 dE: 0.2 Ai: 0.03 MTFMode: 32767 MTF: 15 MTF2: 4.59163e-41 flagVibration: 0 BofVibration: 3 flagSN: 0 SN: 0 Inoise: 0 flagSN2: 0 SN2: 0 Inoise2: 0 flagMolecEnvTable: -1922289664 defocus2D0: 0 defocus2D1: 0 defocus0axis: 0 kV: 200 flagWin: -1906535056 CutLow: 0.05 CutHigh: 0.5
オプション -D
D=1で実行
defocus: 1 defocus2D0: 1 defocus2D1: 1
その他の内容は変化なし
オプション -Cs
Cs=2で実行
Cs: 2
その他の内容は変化なし
オプション -Cc
Cc=1で実行
Cc: 1
その他の内容は変化なし
オプション -dE
dE=0.5で実行
dE: 0.5
その他の内容は変化なし
オプション -Ac
Ac=100で実行
kV: 100
その他の内容は変化なし
オプション -CutLow
CutLow=0.1で実行
CutLow: 0.1
その他の内容は変化なし
オプション -CutHigh
CutHigh=0.3で実行
CutHigh: 0.3
その他の内容は変化なし
オプション -I0
I0=2で実行
I: 2 Isignal: 2
その他の内容は変化なし
オプション -ratio
ratio=0.2で実行
AoverP: 0.2
その他の内容は変化なし
オプション -Ai
Ai=0.01で実行
Ai: 0.01
その他の内容は変化なし
オプション -BofMTF
BofMTF=20で実行
MTF: 20
その他の内容は変化なし
オプション -BofV
BofV=5で実行
flagVibration: 1 BofVibration: 5
その他の内容は変化なし
オプション -Mag
Mag=2で実行
Magnification: 2
その他の内容は変化なし
オプション -Noise
Noise=0.1で実行
flagSN: 1 SN: 0.1 Inoise: 0.1
その他の内容は変化なし
オプション -Noise2
Noise2=0.2で実行
flagSN2: 1 SN2: 0.2 Inoise2: 0.2
その他の内容は変化なし
オプション -MolcEnv2
MolcEnv=(ファイル名)で実行
flagMolecEnvTable: 1 MET-File: (ファイル名)
その他の内容は変化なし